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- EMDB-38362: Cryo-EM map of the Chlamydomonas C* complex from Cdc5L-Flag dataset -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38362
タイトルCryo-EM map of the Chlamydomonas C* complex from Cdc5L-Flag dataset
マップデータ
試料
  • 複合体: Chlamydomonas C* complex
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
    • RNA: x 4種
  • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードChlamydomonas spliceosome / C* complex / Cdc5L / RNA splicing / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / Prp19 complex / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex ...post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / Prp19 complex / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / protein K63-linked ubiquitination / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / helicase activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Torus domain / Torus domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor ...Torus domain / Torus domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / : / : / Myb-like domain profile. / Pre-mRNA-processing factor 17 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / : / STL11, N-terminal / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / : / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / : / Myb-like DNA-binding domain / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / DNA2/NAM7-like helicase / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / U-box domain / zinc finger / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / EF-G domain III/V-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region
類似検索 - ドメイン・相同性
Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm domain-containing protein / Crooked neck protein / Uncharacterized protein / G10 protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm domain-containing protein / Crooked neck protein / Uncharacterized protein / G10 protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / MI domain-containing protein / Intron-binding protein aquarius / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / MPN domain-containing protein / peptidylprolyl isomerase / SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Sm protein F / Elongation factor Tu, chloroplastic / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lu Y / Zhan X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a Step II catalytically activated spliceosome form Chlamydomonas reinhardtii
著者: Lu Y / Zhan X
履歴
登録2023年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38362.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 440 pix.
= 404.8 Å		0.92 Å/pix.
x 440 pix.
= 404.8 Å		0.92 Å/pix.
x 440 pix.
= 404.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-1.5648737 - 2.5933805
平均 (標準偏差)0.0017652584 (±0.03768861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 404.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38362_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38362_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydomonas C* complex

全体名称: Chlamydomonas C* complex
要素
  • 複合体: Chlamydomonas C* complex
    • タンパク質・ペプチド: MPN domain-containing protein
    • RNA: U5 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: U5-40K
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 19
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Sm protein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Sm domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Syf1
    • タンパク質・ペプチド: Crooked neck protein
    • タンパク質・ペプチド: Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein
    • タンパク質・ペプチド: PPIase cyclophilin-type domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: PLRG1
    • タンパク質・ペプチド: Rbm22
    • タンパク質・ペプチド: G10 protein
    • タンパク質・ペプチド: SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein
    • RNA: U2 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
    • タンパク質・ペプチド: Prp17
    • タンパク質・ペプチド: Cdc5L
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
    • タンパク質・ペプチド: CWF21 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: MI domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Intron-binding protein aquarius
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')
    • RNA: RNA (173-mer)
  • RNA: U6 snRNA
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Chlamydomonas C* complex

超分子名称: Chlamydomonas C* complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#31
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: MPN domain-containing protein

分子名称: MPN domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 278.543438 KDa
配列文字列: MEGGGPPPPP GGFRPPMPPG GFPMGGMPPG MRPPMVAPHQ TRYFNQMGGM APVGGIPPPP MGQAPGGAPR PAGPPPVPVL SEELQQKLL EEKAKKWAQL NAKRYGDKRK FGFVEAPKED MPPEHVRKII RDHGDMSSRK FRHDKRVYLG ALKFVPHAVF K LLENMPMP ...文字列:
MEGGGPPPPP GGFRPPMPPG GFPMGGMPPG MRPPMVAPHQ TRYFNQMGGM APVGGIPPPP MGQAPGGAPR PAGPPPVPVL SEELQQKLL EEKAKKWAQL NAKRYGDKRK FGFVEAPKED MPPEHVRKII RDHGDMSSRK FRHDKRVYLG ALKFVPHAVF K LLENMPMP WEQVRHVKVI YHITGAITFV NEIPWVIEPV YLAQWGSMWI MMRREKRDRR HFKRMRFPPF DDEEPPLDYA DN LLDVEPL EAIEMELDEE EDAAVYEWLY DHQPLKYTKF VNGPSYKRWK LPLPVMAALY RLSGQLLTDF PDRNYFYLFE PQA FVTAKS LNMCIPGGPK FEPLFRDMDT RDEDWNEFND INKLIIRSPI RTEYKVAFPY LYNNRPRKVR LSVYHHPMSL YIKT EDPDL PAYYYDPLIH PIAAYRSAAG GRRAKIEEEV GGDDDEWALP SGVEPLLGES PLYTDNTASG IALLWAPPPF NRRSG HTRR AFDVPLVNCW FQEHCPPTYP VKVRVSYQKL LKNYVLNLLH ARPPKSVKKK YLLRALKATK FFQSTELDWV EVGLQV CRQ GYNMLNLLIH RKNLNYLHLD YNFNLKPVKT LTTKERKKSR FGNAFHLCRE ILRLTKLVVD ANVQFRLGNV DAYQLAD GL QYIFAHVGQL TGMYRYKYRL MRQIRMCKDL KHLIYYRFNT GPVGKGPGVG FWAPMWRVWL FFLRGIVPLL ERWLGNLL A RQFEGRQSKG IAKTVTKQRI ESHFDLELRA AVMHDILDMM PEGVKQNKAR TILQHLSEAW RCWKANIPWK VPGLPAPVE NMILRYVKQK ADWWTNVAHY NRERIRRGAT VDKTVCRKNL GRLTRLYLKA EQERQHNYLK DGPYVTPEEA VAIYTTTVHW LESRKYSCI PFPPLNYKHD TKLLILALER LKEQYVVAVR LNSSQREELG LVEQAYDNPH EALQRIKRHL LTQRSFKEVA I EFMDLYSH LIPVYEIEPL EKITDCYLDQ YLWFEADNRH LFPCWVKPAD SEPPPLLVYK WCHGINNVTN VWDTNAGECV VM MQSEFEK MYDKIDLTLM NRLLRLIVDH NIADYITAKN NVVIAYKDMS HTNSYGLIRG LQFASFIIQY YGLILDLLLL GLT RATEIA GPPQCPNEFL TYRDVKTETR HPIRLYSRYL NKVHIMFRFS AEEAKDLIQR YLTEHPDPNN ENIVGYNNKK CWPR DARMR LMKHDVNLGR AVFWDMKNRL PRSLTTFEWD NSFVSVYSRD NPNLLFSMLG FEVRILPKIR MAAESFANKD GVWAL QNVH TKERTAQAFL RVDDEGLKSF ENRVRQVLMS SGSTTFTKIA NKWNTALIGL MTYYREAVLH TQELLDLLVK CENKIQ TRI KIGLNSKMPS RFPPVVFYSP KEVGGLGMLS MGHILIPQSD LRYSQQTDLG VTHFRAGMSH EEDQLIPNLY RYIQPWE SE FMDSERVWSE YALKKEEAKA QNRRLTLDDL DDSWDRGIPR INTLFQKDRH TLAYDRGWRV RQEMKMFQIT KMNPFWWT H QKHDGKLWNL NNYRTDVIQA LGGVEGILEH TLFKGTYFPT WEGLFWEKAS GFEESMKYKK LTNAQRSGLN QIPNRRFTL WWSPTINRAN VYVGFQVQLD LTGIFMHGKI PTLKISLIQI FRAHLWQKIH ESVVMDLCQV FDQELDALEI ETVQKETIHP RKSYKMNSS CADILLFAAY KWNMSKPSLM ADTNDVYDQK PGNKYWVDVQ LRWGDYDSHD IERYTRAKFL DYTTDNMSIY P SPTGVMIG IDLAYNLHSA YGNWFPGIKP LVIQAMAKIM KSNPALYVLR ERIRKGLQLY SSEPTEPYLS SQNYGELFSN QT VWFVDDT NVYRVTIHKT FEGNLTTKPI NGAIFIFNPR TGQLFLKIIH TSVWAGQKRL SQLAKWKTAE EVAALVRSLP VEE QPKRII VTRKGMLDPL EVHLLDFPNI VITGSELQLP FQAAIKLEKF GDLILKATEP QMVLFNIYDD WLKTISSYTA FSRL ILILR ALHVNPEKAR MILRPDKSIV TQPHHVWPSL TDEQWIKVEV ALKDLILADY GKKNNVNTQA LTQSEIRDII LGAEI TPPS QQRQQIAEIE KQAREGGHMT AVTTKTTNVH GDDLIVTTTS PYEQAAFGSK TEWRVRAISA ANLHLRVNHI YVNSDD IRE SGYTYVLPKN LLKKFICIAD LRTQIAGYMY GVSPPDNAAV KEIRAIVMPP QWGNHQLVNL PANLPEHDYL KDLEPLG WI HTQPNELPQM SPQDVVATAK MLEAHRSWDG ERCVCVTVSF TPGSCSLTAY KLTPGGYEWG RSNKDVAANP QGYKPDFY E KSQLLLSDRF MGFYMVPDAG SWNYNFMGVK HSPAMRYGLK LANPREFYHE VHRPTHFLEF STLEDADPGV DVENHFA

UniProtKB: MPN domain-containing protein

+
分子 #3: Elongation factor Tu, chloroplastic

分子名称: Elongation factor Tu, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 109.366844 KDa
配列文字列: MAEDMYDEFG NYIGPALEDS EEEEEEHQVQ HGFGGSEGAD DEDGAPGPGD AMQEDDDEGG PGMAVVLHED KKYYPSAEEI YGAEVETLV MEEDAQPLEV PIVAPVKVKK FETLEAEPLR THYSNEFLAT LMANPELVRN VAVVGHLHHG KTTIMDMFVE Q THELRKMT ...文字列:
MAEDMYDEFG NYIGPALEDS EEEEEEHQVQ HGFGGSEGAD DEDGAPGPGD AMQEDDDEGG PGMAVVLHED KKYYPSAEEI YGAEVETLV MEEDAQPLEV PIVAPVKVKK FETLEAEPLR THYSNEFLAT LMANPELVRN VAVVGHLHHG KTTIMDMFVE Q THELRKMT AAQQAAGKQL RFTDTRLDEQ ARAMSIKMMP MSLVMESHSG KSFLLNLLDC PGHVNFNDEV TAAMRLADGV ML VVDAAEG IMVVTERAVR QALQEGLSIT LMISKVDRLI TELKLPPADA YHKLRHTIEE VNNLIAACCG GEVPPEQLLD PVR GNVTFS AAQSGWSFSL QSFARLYAEI YGAGFDPREF AKRLWGDLYF VPEDRVFRRT PPRAGVERSF VQFVLEPLYK MYSA VIGEH PKTVEGLLAG LGVYLRTATY NLDTKPLLKE VCSSVLGSCA GVVDMLVAHV PPSRKASADK VAAHYSGPSD APAVS FMSA CNPRGPLVVA VAKLFPRQDC SRFDALGRVM SGTLRPGDTV KVLGEAYTPE DEEDSAVATV GSVWVYQARY RVPVAR ATA GNLVLIEGVD ATITRTATLV SDAYDEPVHI FRPLRFQTRS TVKIAAEPLN PSELPKMVEG LRKVSKSYPL CSTRVEE SG EHTIFGTGEM YLDCLMKDLR ELYAEVEVKV ADPVVAFCET VVESSSLKCF AETPNKRNKI TMIAEPLDKG LAEDIEAG N VRLDMGRKQL TEWFQSRYEW DLLAVRGLWA FGPELQGPNV LLDDSLAAET NKGLLNAVRD SVIQGFQWGA REGPLCDEP IRNVKFKILD AAIAPEPIHR GGGQIIPTAR RVCYSAFLMA TPRLMEPVYY VEIQTPADCI AAIYNVLAKR RGHVTADVPK PGTPIFIVK AYLPVVESFG FETDLRYHTQ GQAFCQSVFD HWQVVPGDPL DKSIVLRPLE PAPVQALARE FMVKTRRRKG M SDDVSINK FFDDPMLLEL AKQDADLAMI F

UniProtKB: Elongation factor Tu, chloroplastic

+
分子 #4: U5-40K

分子名称: U5-40K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.437363 KDa
配列文字列: MAEKRERSQS PGPEVDAEID GDTGAIVVSK KPRTDAQLVV GSVTKEGITR TSNLSAPIIQ LSGHAGEVFS MRFSPDGQCI ASGSFDKTI FLWRTYDENE NYNVIAGHRN AVLEVHWFTD GEALLSCSAD KTARCWDAET GAPIKKMGEH TAVVNSCCPL R RGAKVFVT ...文字列:
MAEKRERSQS PGPEVDAEID GDTGAIVVSK KPRTDAQLVV GSVTKEGITR TSNLSAPIIQ LSGHAGEVFS MRFSPDGQCI ASGSFDKTI FLWRTYDENE NYNVIAGHRN AVLEVHWFTD GEALLSCSAD KTARCWDAET GAPIKKMGEH TAVVNSCCPL R RGAKVFVT GADDSTVKVW DMRVKKSVHT LRSEFPVCAV AFADAGDQVY SGGVDNAIKV WDLRRGGGAD VEPSMLLKGH SD SVTGLRV SPDGGHLLSN AMDNTLREWD VRPYAPPNRC TKVFTGHMHN FEKNLLRCDY AADGSKVACG SADRMVYIWD TST RKLLYK LPGHSGSVNE VVFHSKEPIV ASASSDKTIF LGELTQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #6: Pre-mRNA-processing factor 19

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 54.01584 KDa
配列文字列: MFCSISGTVP EQGVVSTKSG HLFEKSLIEK YVRETGKCPV TGEPLSTEDL LPLKVNKTVK PRTAPATSIP GLLSLFHDEW DANMLELHN TRTQLHQTRQ ELSHALYQHD AATRVIARLL KERDEARAAL ADMKQQYAAD VAAAAAAPRE GGGEGGRRPK A GIPEDVIA ...文字列:
MFCSISGTVP EQGVVSTKSG HLFEKSLIEK YVRETGKCPV TGEPLSTEDL LPLKVNKTVK PRTAPATSIP GLLSLFHDEW DANMLELHN TRTQLHQTRQ ELSHALYQHD AATRVIARLL KERDEARAAL ADMKQQYAAD VAAAAAAPRE GGGEGGRRPK A GIPEDVIA DMTEVNATLS KGRKKRPLPD SLASADDIAA MTLAGSHPLH KTTAGGIAAI DVNPQQQGVV VTAGVDTTLQ LF DYLQTRV LASLEGHTKR CTGVSWVAAD VIVSSSADKT ARVWRAGGEG GSEWSCASVL RDHTAEVVGV TTHPSRRYFV TGS TDASWA FYDVASLTCL RQVGADEGPG EPYTCLQFHP DGLILGTGTE GKAIRIWEVK AQKAVAACEG HAGAIRSLAF SENG YHMAS ASDDCIKLWD LRKLANFKTI EPYTDGPCTT VAFDHSGQYL VVGGPVVKIY GQKQQWAELK TLSEVPKRAS ALRWG PDAR SVLVGAADHN LRVFSSPSA

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 19

+
分子 #7: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.789166 KDa
配列文字列:
MATSAKGIGI PVKLLHEAEG HVVTVELKSG EMYRGELCDA EDNMNCQLKD VTATGRDGRV TQLAHLFIRG SRVRFFIIPD MLKNAPMFK RIDPKFKNKN MALGVGGRGR AAAVRAAAKA KTPGRGRG

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

+
分子 #8: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.532996 KDa
配列文字列:
MPKIAPPELK RFMDKKLSIT LNANRHVSGT LRGFDQFMNL VLDATVDEKL KVDIGMVVIR GNSIQTIEAL EPIATGN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

+
分子 #9: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.216069 KDa
配列文字列:
MATKVQKIMT QPINLMFRFL QSKQKVQIWL FDQADLRVEG RIIGFDEYMN LVLDEAEEVS MKRKTRKTLG RILLKGDNIT LIQTTGR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

+
分子 #10: Sm protein F

分子名称: Sm protein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.644063 KDa
配列文字列:
MAAFVPVNPK PFLQDLTGKQ VIVKLKWGME YKGYLVSTDS YMNLQLASTE EYIDGQFTGQ LGEVLIRCNN VMYLRGVPEE DEPMS

UniProtKB: Sm protein F

+
分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 12.630687 KDa
配列文字列:
MAQAPNPTVD ELEKKEEDEY RTGPLSVLTQ SVKTNGQVLI NCRNNHKLLA RVKAFDRHCN MILENVKEMW TEIPKTGKGQ KASRPVNKD RFVSKMFLRG DSVIMVLRNP K

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 12.668932 KDa
配列文字列:
MVKLVRFLMK LANETVQIEL KNGTVIQGTI AGVDIAMNTH LKAVKLTARG KNPVSMDHLS VRGNNIRYYI LPDSLNLDTL LVDIDKPKQ RPTKVRTAVG RGRGRGRGRG RGRAR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #13: Sm domain-containing protein

分子名称: Sm domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.745186 KDa
配列文字列: MALSRTSKLL QYINFRMRVT LVDSRQIVGR FMAFDRHMNL VLGDSEEFRR LPPKKGKSEE EREERRVLGL VLLRGEEIVS LTIEGPPPN EDMRTERNQG PGGPGIGRAV GRGMPAAAPG QAPAGLAGPA RGVGGPAPGM MMPRPQMTAP PMPRPGMPPP G MPPPGMPP ...文字列:
MALSRTSKLL QYINFRMRVT LVDSRQIVGR FMAFDRHMNL VLGDSEEFRR LPPKKGKSEE EREERRVLGL VLLRGEEIVS LTIEGPPPN EDMRTERNQG PGGPGIGRAV GRGMPAAAPG QAPAGLAGPA RGVGGPAPGM MMPRPQMTAP PMPRPGMPPP G MPPPGMPP GMPPGMPPPG MPPPRPGMMP PPGMMPPPGM PPPRPGMPPP GMPPGMPPPG MPPPGMPPGM PPPGMPPPRP GM MPPPGMP PPGMPPPGMP PGMRPPGQ

UniProtKB: Sm domain-containing protein

+
分子 #14: Syf1

分子名称: Syf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 104.377602 KDa
配列文字列: MALVATDAQK KAMEDLLPNQ EDLLYEEELA RNPYNLKMWI RYIHARADAV PKRRYLLYER AVRALPGSYK LWHAYLTERR LAVRGLRPD DVAYEALNNT FERALVSMHK MPRVWLDYLQ LLMDQRLVTR TRRTFDRALG SLPITQHDRV WALYLKFIHT P GIPVETAV ...文字列:
MALVATDAQK KAMEDLLPNQ EDLLYEEELA RNPYNLKMWI RYIHARADAV PKRRYLLYER AVRALPGSYK LWHAYLTERR LAVRGLRPD DVAYEALNNT FERALVSMHK MPRVWLDYLQ LLMDQRLVTR TRRTFDRALG SLPITQHDRV WALYLKFIHT P GIPVETAV RLYRRYLKLE PTHAEEYVAY LKAKNRWGEA ARKLAELLND DTFRSLEGKS KHQLWLELCD MITKHPKEVE GM RVDAIIR GGIRRFTDEV GRLWTSLADY YIRRGMFEKA RDVYEEGLCS VITVHDFSLI YDAYTQFEES LLSASMEQLA GDD EDEEGG KEKEGDDGTD FLLKDDGNDV DLRLARLEHL MNRRPELLSS VILRQNPHNV AEWHKRVKIF TGKPTKQILT YTEA VRTVD PDKAIGKPFT LWCAFAKFYE HHGDVANARI IFQKATEARH KYVDDLAHVW CEWAEMELRH SNFKRALDVV TRAIT PTPR PARMTPEEER ALPVADRVYR NLKLHLMHTD LEESLGTRES TCAAYDRILE LRIATPQVIL NYALFLTEQK AFEDAF KVY ERGIALFKYP HVKDIWTAYL AAFVERYGGK KLERARDLYE QAIKDAPPTE CKPLYLEYAK LEETYGLARH AMDIYAR AL AAVPKAERKS VLDLYVSRAS DFFGIAKVRE IYESAIEAEP PHELSDDDVR EVCMRYSALE TKLGEIDRAR AIYVHGSA V SHPDRAADFW AAWRAFEVRH GNEDTFKEMM RILRSVKVSF SHTQINSIVD AARLTSKADA EAGAGGAVAG AKRPRDGGD AMAELEAQAV AEMGLGAGAA AGGAGRGTAL SGFVSAGVYQ QGADKDKEGG TAAAPQQRKP APVAANPEEI DLDADADDDG AGAGGAEDM DVAEKAVPAG VFGSLAGLAG KGQGEGGEAA AKKQRT

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: Crooked neck protein

分子名称: Crooked neck protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 96.708734 KDa
配列文字列: MSDPKGQLPR TTRVKNKQPA DKQITAEQLL REAKEIQLED DYKAPKQIIT DPEELAEYRL SKRKQFEDLV RRVGRFNGGV WVKYATWEE QQKDFRRARS VWERCLAIEY RNVSMWLKYA EMEMRHRFVN HARNVWDRAV SLLPRIDQLW YKYIHMEEML G NVAGARQV ...文字列:
MSDPKGQLPR TTRVKNKQPA DKQITAEQLL REAKEIQLED DYKAPKQIIT DPEELAEYRL SKRKQFEDLV RRVGRFNGGV WVKYATWEE QQKDFRRARS VWERCLAIEY RNVSMWLKYA EMEMRHRFVN HARNVWDRAV SLLPRIDQLW YKYIHMEEML G NVAGARQV FERWMRFEPD HTGWMAYIKF ELRYNEVDRA RAIFERYIQI LPTVKAWVRY AKFEMQNGEV GLARRCYERA VD ELGEDAQ TEEFFIKFAE FEEKAREVER ARAIYRYALD HIPKASAPSL YQRFVAFEKQ HGDREGIEQV VVSKRRFQYE EDI AKSPYN YDTWFDYIKL EEGTGDIERT REVYERAVAQ LPPSSAEKRF WRRYIYLWVK YALFEELDCA DPDRTRDVYR AVLD LIPHR QFTFAKIWIM AAKFEIRQRN VEGCRKLLGR ALGLCPKEKL FKAYIELELT MGNVDRVRKL YEKYLEWRPS NVGAW VRFA DLERQLGETG RARALYELAI GQPLLDMPEA LWKSYIDFEI AAGERERVRV LYTRLLDRTK HVKVWLSFAR FEATPM PAE GAEGEDGQPA EPAEGPESAP ARAARARSVY DRAFTTLRDV SPDSKEEAVL LLEAWRDFER EQAWSSEADR AARVSEV EK KMPRRVKRKR PVTTEDGHEV GQEEYYDYIF PEEGAAAPGL KLLEAAYRWK RQRQGAAPGE EPQAQQGRGG AGEEAPSA S DAAQAFAAAA MSRFAGAGEK SGSEEPRQEE EQEQDGRPAR GGRRGDEEGD EVEEGRARGR EGGDEEEKQE EGVRAGEVE EGRPGRGHGS QAGEAGVEGE GPGAAGGEAM AGEDS

UniProtKB: Crooked neck protein

+
分子 #16: Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein

分子名称: Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.422254 KDa
配列文字列: MTTAHRPTWA PAIGGEEQGG MRIFKPSVQQ SAKNLPGHTK LKFRQTGQAA EEELRAKDLR AELEAKERKH FGKQSGTDTS FEDERKRDL ELLQSAPPEG GARQLIPKAI DADDEDPESS ESSDDDDDDD EKALLLAELE RIKKERAEDA AKKAREEADV A AKAREEEL ...文字列:
MTTAHRPTWA PAIGGEEQGG MRIFKPSVQQ SAKNLPGHTK LKFRQTGQAA EEELRAKDLR AELEAKERKH FGKQSGTDTS FEDERKRDL ELLQSAPPEG GARQLIPKAI DADDEDPESS ESSDDDDDDD EKALLLAELE RIKKERAEDA AKKAREEADV A AKAREEEL RAGNPLLAIG AAGGAAGADV SFNIKRRWDD DVVFKNQARG EPKQQKRFVN DTIRNDFHRR FLQRYIR

UniProtKB: Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein

+
分子 #17: PPIase cyclophilin-type domain-containing protein

分子名称: PPIase cyclophilin-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 61.094574 KDa
配列文字列: MENPRVWFDI QIGSEAAGRV VMELYADIVP KTAENFRALC TGEKGVGKSG KRLHFKGCVF HRIIPEFMCQ GGDFTASDGT GGESIYGAK FADEAPGLAL KHDKPGILSM ANAGANTNGS QFFICTVPTP WLNGKHVVFG RVVEGMTTVK RMEVVGQRSG K PSRKVIIT ...文字列:
MENPRVWFDI QIGSEAAGRV VMELYADIVP KTAENFRALC TGEKGVGKSG KRLHFKGCVF HRIIPEFMCQ GGDFTASDGT GGESIYGAK FADEAPGLAL KHDKPGILSM ANAGANTNGS QFFICTVPTP WLNGKHVVFG RVVEGMTTVK RMEVVGQRSG K PSRKVIIT DCGQLPSKLQ MMLKLKAEKE EAAKLKSDPN ELNPDQDSLA RLKALQQQTE QQQAAKKARK APAGALGSIA AS LLGIGKE GAAGSEAAAA PAEGGEKRKR KARDASAEPE AEQQQQQQQQ QGGEEMEMEQ EERQHGGAGA GPGPGSEGGE EEG AGGAGG GVVVEGADPF AGLSAKQRKL MELRQRLQVC RKQNQGAVIA EKKRQKSPGA EAAADDSASG QRRWHEEKQR KRAE ELARL GLDPTQAHRL ETAETAALKY EKRDKKGGPT GWGVFAPENL YQAHLKRAEA GVAAAYSVED YERAKAADPE FYRGA DSLK YGQQPKLPAA NVEKMVAELQ ERDRKKDEFS RRRAHNDGSD VDFINDRNAH FNKKIQRAFG QYTTEIKGNL ERGTAL PDR

UniProtKB: peptidylprolyl isomerase

+
分子 #18: PLRG1

分子名称: PLRG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 56.10048 KDa
配列文字列: MAAETTSEVV IESFNPDLSA DAKTIKALTL QSLKRTYEVF ASNYGQPVPL DETSQLIKAA VKFRDEYEHV SHLVAPAPAP KPTAAPPPG PSGRTAAAAG AAGPSADGDA SRPESRSNLA KLIDNIPAAV AKKLGDAPGA GQLTLYQPPG GPAAPGADAE A HQRAVMAV ...文字列:
MAAETTSEVV IESFNPDLSA DAKTIKALTL QSLKRTYEVF ASNYGQPVPL DETSQLIKAA VKFRDEYEHV SHLVAPAPAP KPTAAPPPG PSGRTAAAAG AAGPSADGDA SRPESRSNLA KLIDNIPAAV AKKLGDAPGA GQLTLYQPPG GPAAPGADAE A HQRAVMAV IADKGGNSSA AVSRRIASKW PRPVWHAPWK MYRVISGHLG WVRCVAVDPS NEWFATGSAD RTIKIWDLAS GQ LKLTLTG HIEQVTGLAV SSRHPYMFSC GLDKMVKCWD LEQNKVIRSY HGHLSGVYSI ALHPNLDVLM TGGRDSVVRV WDM RTKVQA MVLSGHDQTV CSLLAQAPDP QVISGSHDST IRLWDLRKGK ASAVLTHHKK SIRALAMHPH EFAFASASAE NIKK WALPD GDFLHNMLSQ QRAIINSMAI NQDGVVATGG DNGSLWLWDW RSGHCFQQDE TVVQPGSLES EGALYDMTFD MTGSR LITA EGDKTVKMWK EVEDATPETH PGLPFRPPKD IKRF

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #19: Rbm22

分子名称: Rbm22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 44.413184 KDa
配列文字列: MAARLLRDPE ADGWERSDMP IVCETCLGPN PFVRMQRIEF GGTCHISGRP YTVFRWRPGN DARYKKTVIC QEVAKAKNVC QVCLLDLEY GLPVQVRDAA MGVKPDEEPQ SEVGKEYKLQ MEADAGTLGG GGVGGASSSY AAGRPNEMLQ KLQRSQPYYK R NQARVCSF ...文字列:
MAARLLRDPE ADGWERSDMP IVCETCLGPN PFVRMQRIEF GGTCHISGRP YTVFRWRPGN DARYKKTVIC QEVAKAKNVC QVCLLDLEY GLPVQVRDAA MGVKPDEEPQ SEVGKEYKLQ MEADAGTLGG GGVGGASSSY AAGRPNEMLQ KLQRSQPYYK R NQARVCSF FAKGQCTRGA ECPYRHELPT ADPALANQSY KDRYYGTNDP VAAKMLKRVD ELNKLTPPED TSITTLYVGG VD ASITEDD VRDAFYSFGE LASVRKMDVK SCAFVTYTTR SAAEKAAEEL GGNPLIKGAR VKLMWGRPPP APAARNAAAA DPM QPSTSG AGGYGGAAPG SAASYYPSMD PSAMGSRAPG GPPGMRPGGE GGGPGGPGGM APPRPMGYGA PPGYGAPPPG YMPP PRPMV SASMQPPQQQ HQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #20: G10 protein

分子名称: G10 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.355854 KDa
配列文字列: MSLRRKLKGK KPPEGWELIE EVIEDFEQQL KEAVNEEHEG KRKTELTWKI HRLHWEKNRF IYDLMYQRKV MSKELFEWLV REKVADGAL IAKWRKPGYE ILCSMLAIQK GNHNFGTTSH CRVPLRARAK QQRITPDVQT GCISCASGDG KFGGPVWWNT P LDEEDSAK ...文字列:
MSLRRKLKGK KPPEGWELIE EVIEDFEQQL KEAVNEEHEG KRKTELTWKI HRLHWEKNRF IYDLMYQRKV MSKELFEWLV REKVADGAL IAKWRKPGYE ILCSMLAIQK GNHNFGTTSH CRVPLRARAK QQRITPDVQT GCISCASGDG KFGGPVWWNT P LDEEDSAK LEENRTTWGQ AGTGEPGDGM GGGGGGPGPS RKRPASTLDG DDDDELPDEV RARLEALKKG TKALD

UniProtKB: G10 protein

+
分子 #21: SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein

分子名称: SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 73.924797 KDa
配列文字列: MSLLGTLPAP QQKHAAPIAP VPASAAIVSA SFKEPPPYLR RKGWVPRRAE DFGDGGAFPE IHVAQYPLDM GKGSTGGKQQ LAISVNEKG EINYDAVVKQ GQNKDRVVHS DHGALVPKVD RLSKEALARP DEEDVEKTVA ETAAALERVV QGKLSSVNPT K LPGGPGGS ...文字列:
MSLLGTLPAP QQKHAAPIAP VPASAAIVSA SFKEPPPYLR RKGWVPRRAE DFGDGGAFPE IHVAQYPLDM GKGSTGGKQQ LAISVNEKG EINYDAVVKQ GQNKDRVVHS DHGALVPKVD RLSKEALARP DEEDVEKTVA ETAAALERVV QGKLSSVNPT K LPGGPGGS TLIKYTPAQQ GAQYASGAGQ RIIKMQDLPV DPLEPPKFRH VKVPRGPG(SEP)P PVPVLH(SEP)PPR PLTV KDQQD WKIPPSISNW KNPKGYTIPL DKRLAADGRG LQQTQINDKF AALSEALFTA EAKAREAITM RASIQKELAL KEKNK RETE LRNLAMQARM ERQGAPGAGA GAGGLPPPPP LAGRAEGSLP GPPPGPPPRG AGGRATAADA FDDHEEDYDR RREPEP ERE RERERDRGGD RERGERDRDY DRDYDRGERG GYDRERERDA DRGGRGGGED ERYQESVAER EERRRRDEIR EERRRER ER ERRLEAANQG GAKKSKITRD RERDISEKVA LGMANVGGGG EVQYDQRLFN QDAGMQSGFG ADDSYNAYDK PLFADRGS H LFKASRATAD DDEDAGGAAA GGDAGPRTER FKPDKGFQGA EGAPGAGGGR GGGGRLEFER QQAEEADPFG LDQFLSEVK GGGRDRGGKG NALDAIGKRG GMSAAGGGAS LDDLAGAGAG MGRRMQFTSG KG

UniProtKB: SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein

+
分子 #23: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.30967 KDa
配列文字列:
MEAPLVQIDT SMGSFTVELY YKHAPRTCKN FEELAKKGYY DGTIFHRIIR DFMCQGGDPT GTGRGGESIY GGKFEDEITR DLKHTGAGI LSMANSGPNT NGSQFFVTLA PTPWLDGKHT IFGRVTSGMA VIKRLGNVQT DNLDRPVTEV KVIRARPV

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

+
分子 #24: Prp17

分子名称: Prp17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 63.995871 KDa
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MDLLASYGDD EDRSPLDAPE SPTAAAIAAS APKLNLSISA APQVDTTGLV LRGNEAKSLG EVRKLQDAGA RKVMYNLPVE DMHAPVLGP AHPYSRDGLA AGLKNHFVGH VEDAHMHPIH FEQQYHNFHA LGFGEAPSGI GVVGKPVDED AVEAAEEGGP S AWKRRKTT QERKAEQVAR AERLAAPFDP SAPFSLQERQ PWASKQAEIA ELTEEQKEFI AKAEAAKLEA AAGSVDKQGP TS FFHAKEE KDYQGRSWIL PPRDKKNESD SCFLPKRWVH TWAGHTKGVN AVRFFPGTGH LLLSAGMDGK VKIWDVYGSG KCM RTYLGH SKGVRDVCFS NDGRRFLSTG YDKNIRLWDT ETGQCIKSFN TGKVYYCVKF HPSDDKQNVF MSGCQDKKIY QFDT DTGES VQEYNYHLGP VNSVTFIDDG RQFVSTSDDK TIRVWEFGIP VQIKYIADPS MHSMPVVATH PSKNYLLMQS LDNQV LTYM VKDGRFKSMK NKTFKGHNTA GYACQVGCSP DGKYVMSGDS EGRCFFWEWG APQKIVRTIK AHDAVCIGAE WNPMES SKV ATCGWDGLIK YWD

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #25: Cdc5L

分子名称: Cdc5L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 91.838617 KDa
配列文字列: MRIMIKGGVW KNTEDEILKA AVMKYGLNQW ARISSLLVRK SAKQCKARWY EWLDPAIKKT EWTREEDEKL LHLAKLMPCQ WRTIAPIVG RTPAQCLDRY ERLLDQAVAK DVNYDPRDDP RRLRPGEIDP NPEAKPARPD AVDMDEDEKE MLSEARARLA N TRGKKAKR ...文字列:
MRIMIKGGVW KNTEDEILKA AVMKYGLNQW ARISSLLVRK SAKQCKARWY EWLDPAIKKT EWTREEDEKL LHLAKLMPCQ WRTIAPIVG RTPAQCLDRY ERLLDQAVAK DVNYDPRDDP RRLRPGEIDP NPEAKPARPD AVDMDEDEKE MLSEARARLA N TRGKKAKR KAREKQLEEA RRLAQLQKKR ELKAAGIDVR ARNKNSRAVD YSSEVAFELK PQAGFYSTAD EEKTTRSMQQ EF RPVTVEE LEGRRRKDIE EALIKKDVKR QKINEMHDAP NAVAKHMGLD QEGPRRRGKL MLPAPQVSEA ELEQIARLGV DGA LEASVS EGAGGDATRT LLGQYNQTPA ARLGMGPGAT PMRTPRAGPG GSDRIMAEAA ALARLQGMGT VLEGGEAGVD VAAM DFAGV TPRNVVAATP NPLAGMTPSV RGAGGATGAR VVPSIAGVSA TPSVAGTPLR AGSGGVGPGA TPLIRDALGL NEADA LTME AAMSKRAAAA RAAVMRGELR ERLAGLPTPQ NEYAFEVPEL PEAEEEAEDA MEEDLADVRA RKAREEAERR RIEELK KSK ALQRQLPRPL NLDSLPAPKP AAPSTAGASA EQLRDRAEEL VAAEMRGLLQ HDAAKYPVKD GRDARKKGKQ QHAAPGP VP VLEEFELEAL QSAAELVDRE VAYLRSAWDH AKLSPDDYSE VWMSVHRDLI YLPSRQRYER AASATNVDRI DSLKSEFD N VRADMEREAK KAAKLEGKLG LLLGGLQRRH GDLTGRVGEL WAQVRDAAQE LVCFKALHER ELRAAPERLE ALGELVDAT KRREVDLQER FKALTRRRDE LAAALAQKRA AAS

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #26: Pre-mRNA-splicing factor SPF27

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 32.563047 KDa
配列文字列: MAAKTSQATL ALEYTAHGAA KGWRANEHLV DALPYVDSVP PELKPHVEAL IEEEKRRSTK LPSDYLREMP SVRAPKFDDH PVLKTEYER VRNKEPMAPL DSVRYRLEPP PQARRGDVGA WKSSLDNAAA QLEHQHLRIL NQELLLKYGD KAWRAQVALD E AAVRGLEA ...文字列:
MAAKTSQATL ALEYTAHGAA KGWRANEHLV DALPYVDSVP PELKPHVEAL IEEEKRRSTK LPSDYLREMP SVRAPKFDDH PVLKTEYER VRNKEPMAPL DSVRYRLEPP PQARRGDVGA WKSSLDNAAA QLEHQHLRIL NQELLLKYGD KAWRAQVALD E AAVRGLEA QLAALRKETD GLNRERKLQQ HAAGSELSKL ERQYLSQVRK NADIERACDR LEDAVAAMEA ELDTHIRADT GA EAEAEAG AAEGQQGPGA AGEAEAAGAD KPAAAADGSG DTDMADGAAA AEGAAANGTH AAGAES

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor SPF27

+
分子 #27: CWF21 domain-containing protein

分子名称: CWF21 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 80.630266 KDa
配列文字列: MYNGIGLVTP RGSGTSGYVQ GNKFNMRGPP QVRTDAPKDG GPRVKQPNQE ILDHKKKRDI ELKVEQERER LEAEGVHSEE EIEELLGLF RQQELAKLTA EANTVKKLDE ETHAVAQRKL EQMSKLKAAL GLKEDVREGD AFNRELQEKI KQDRIAEREK R ERDREADI ...文字列:
MYNGIGLVTP RGSGTSGYVQ GNKFNMRGPP QVRTDAPKDG GPRVKQPNQE ILDHKKKRDI ELKVEQERER LEAEGVHSEE EIEELLGLF RQQELAKLTA EANTVKKLDE ETHAVAQRKL EQMSKLKAAL GLKEDVREGD AFNRELQEKI KQDRIAEREK R ERDREADI KRREKEARRR EKEWAKEQKR REKERKQREK ERREEEERRR NASPEARLYR KHEAAPDRYD PAADREAEQR QR ERARAGR DDRDSGRGDA AERGRSKDAK GPKDGKGKEK GGKEKEEKRR RRRRSPSSSS SSGSSSGSDS DSESGSSGSS SGS GSDSDS GTSSGSGTSS SSSDSEDRGG DRRQARSDPS GDRGAKRGPA DRGLPPPPEP EPKRARNGDG PPPPRDLPLP PPPA AAGRP PAGDDRRRDA GERDRLAERA PEGRRRHDSD DEREQARNVR ARREEEEERG RGREEPGPAR RDARDAGGDR DGGRR PPPP PSREVDREPE RREREREPEP DRRERRDLPP PPAAPSGRER DARDVRDARG DGHRADFERP RGREQPDRER ERERGR EDG AGREDRGGDG RGGDRVGHRG NGREEERPAR GGDRGGDRGG DRERRGGEEP PARGGPWRGE EERRRGGDRE REPERAR EP ELGQGRERER ERAGDGGDRG APARGRDERE RDAGRRRRSP SPSSSSSSGS SSGSGSSSSG SGSSSSSGDS SDSASSGR R

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #28: MI domain-containing protein

分子名称: MI domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 102.389445 KDa
配列文字列: MAPRSDDEDG RRGGGSRRKD RRSPSPSSSG SSGSSSSSGS SSSSDSDSEP PRRDRGSDRG PDRRESERER EREERPAGDR PSGADKQRA EGEDKDAAGA SDAAPPAAGP DAPKESERAA GDDKAAAEAG PDGDQPRRSV FDRLGGGAAG GGGSGRDRER G GDRDEDRY ...文字列:
MAPRSDDEDG RRGGGSRRKD RRSPSPSSSG SSGSSSSSGS SSSSDSDSEP PRRDRGSDRG PDRRESERER EREERPAGDR PSGADKQRA EGEDKDAAGA SDAAPPAAGP DAPKESERAA GDDKAAAEAG PDGDQPRRSV FDRLGGGAAG GGGSGRDRER G GDRDEDRY RSGDRDRDRY EPERDRRRGD DDRYRRGGSY DDRDRRDRDL DRDRRDRDRD RGYDRDRERE RERDRERYRD DD RDRRDRD RDRSRERDRS PRKRRRDDEA DEPRREPAAD AADAPANGGA VDAGAAAGAE GAEAVARKPV ALGKTGGVYI PPF KLARMM AEQGAQDKAS PEYQRLTWEA LKKSLNGIIN KINTVNIKNM LPEVFRENLI RGRGLFCRSL MKSQAASPGY SPVY AALVA VVNTKFPELG ELLLSRLILQ FKRSFKRNDK PVCTAAAKFL AHLVNQGVAH EVLALEVLIL LLEAPSEDSV EMAVE FVRE VGAHLQDVAP QGLHGVFERF RAILHEGSIS KRVQFIIEGM FALRKAGFEA SGFPALKPEL DLVEGEDQIT HEMGLD DAL QAQTNLDIFR VDPDYEEEER KYAVIAKEIL GDEEEEEGGG GAEGAAGEAA DDEDSSDDDD DDEDGGDPGS GGGGGSG GG GIHDATATNL VNLRRTIYLT LMSSFDFEEA GHKLLKIGIQ PGQEIELVTM IIECCSQERT FKRFYGLLAQ RFCYLNRA Y AEQFEDCFRK QYAVIHRLET NKLRNVSCLF AHLLATDALP WSSLSCIMLT EEETTSSSRI FIKYLFQELS STMGLVKLN QRLNDPAFSP WFEGLFPRDS LGNMRFSINF FTSIGLGGVT DVMREQYKSA VAAQAAAQQQ QVAKRMLGSG SGSDSGSSSS DSSSSDDSS SDSSSSSDSD SDDSRGRRRS KGKGKGKKSD KKKKSSKRR

UniProtKB: MI domain-containing protein

+
分子 #29: Intron-binding protein aquarius

分子名称: Intron-binding protein aquarius / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 201.450953 KDa
配列文字列: MADTDKAPEP MAEDDQPQQQ PENETPDAAT EAPPAEGASE EPAAKKARTA PKFVPKQFQV SGPMQGRGQG RGFGRGQQFM GPMGAAGRF GWPRPQFMPQ QQQQQPQRPR GGLTLTEIAE DKLTKTAKQE WSNEARAQEN PPAFKPELVQ TIYKQELGGA S KRAPGHKR ...文字列:
MADTDKAPEP MAEDDQPQQQ PENETPDAAT EAPPAEGASE EPAAKKARTA PKFVPKQFQV SGPMQGRGQG RGFGRGQQFM GPMGAAGRF GWPRPQFMPQ QQQQQPQRPR GGLTLTEIAE DKLTKTAKQE WSNEARAQEN PPAFKPELVQ TIYKQELGGA S KRAPGHKR IMLLEISQYL ENYLWPNFDV EKATFEHVMS LVLMVNEKFR EGVPAWTCFH TREDAFPGFF KRVLSLKDGR EE ELKLHER TAYVLFMIRS FQSLEDEMVR AQVLRLVSLP LWHALSPGRL QLELHAHEAL AKHWKAAAKK EAKAAAKKAK KGE EGGEGG SYVPVTQRPE TRFLPALMDE FLAVLDQVVV PPKLPGCYPS LNRGALLYCE RFLEFLIDLL SQLPTRRFVR TLID DRQLL VKVRMSGLFK YEVPPPGAAA AALANAKAAA RAAARAAKAA ARRAAKEAAK ENGAEEAEDA EDAEEAEEEQ DDGAS DSGS LGDGDAGGDS SSEDGGDAGG EGGKGEEGGE GGAGEEGSEV AAAEDDAAAP AEAAGDERPA AEANEDAAND AAAAGP AST PSKEGEGKDA AAGGQGRGRG RGASRGRGGR GRGGRSPGRG GRGRGRGQGR GASAGRRRGR SAAEGDGSGR GPAPPPS NL LYRQLVDLFS YYMSFPINDH TGEPLTDDEV NAAHYEKVCQ FQRLCFKHWQ GVEAMQELAL SHCGAVEARD TLRRHLAS L TGEQVRELVC RQLRLVGEDD PWAADGAFLL EVLLAAYERR RSQREVVNEM PLYPTEGLLW DESQIPASSE HYTGEGALA LPKLNLQFLT VADYLLRSFH LFRLEATYEV REDLADVLGR VGAYTGDDGR TRFAGWARMA LPLTSFKVTE VRKPNVGEAK PAGVTANVV IDTRPLRGDV RSEWDELKQH DVLFLLTIRP PDAHAAAAAH ADGRTPNPAE KFGLVYVRGC EVIELRDEGG K LMNDFTGR VRRDEVKPPE GTARTVTVAL DTAQYQIDMN TMARHKSEDP YATFNLLMRR KPKENNFKAV LESIRDLMND DT AVIPPWL HDVFLGYGDP AAAQARVPGT AAAAAAAAAE GGTGGEGVGG QAPLRTVDFG DTFLDAQHVV EAFPQFKVSF VNK SGKAVP APPFRITFPT QPLPEDASTS GADAAAAAAE AAAAGSFPAP ADPANPAAGE LVVEAYVPPD PGPYPQDQPR RNAV RFTPV QVEAIASGVQ PGLTMVVGPP GTGKTDTAVQ VMTCLYHNCP GQRTLLITHS NQALNDLFSK IMERDVPERY LLRLG MGEA ELDTEQDFSR VGRVNAMLAR RLELLAEVEK MARQLGVPEA ESVAYTCETA GYFWLIHVLA RWEKFTAAVE RARAGG AGA AVIAELFPFK EYFADAPQPV FAGASFDADM ERARGCFRHL KTLFQELEEC RAFEMLKGQA DRVNYLSTKQ AKIVAMT CT HAALKRREFL QLAFKYDNLL MEEAAQILEI ETFIPMLLQK PEDGVSRLKR VVLIGDHHQL PPVVKNQAFQ KYSHLDQS L FTRFIRLGTP YVQLNMQGRA RASLAQLYNW RYKALGDLPA VQALPAFRAA NPGFVHEYQF VDVPDYLGRG ESEPLPYFY QNLGEAEYVV ATFMFMRLLG YPAHKISILT TYNGQKALIR DVIEQRCAPY PMFGRPYRIA TVDKYQGAQN DYILLSLVRS RAVGHLRDV RRLVVAMSRA RLGLYVFGRK ELFANCYELK NTFRLLMARP TKLALVKGES YGVCSRQVDD PVAQPDLMDG V EAMSGLVA AITEEQTAAA YAAYQTQVPA QAAEGEQGQA QAEGQEDKPM AEAAGEEVKD KEGEEAAKPE GRETVEGKAG AA VMEE

UniProtKB: Intron-binding protein aquarius

+
分子 #2: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 35.37075 KDa
配列文字列:
AUCCGCGACG AGCUGAACGC GUAGCGAAUA UCUCUUUCGC CUUUUACUAA AGAGAUCCGC GAGUUUUGCU CACGCAGUCG CAUAUCCAU CUUUUUGUGG GGCUUUUGCC UU

+
分子 #5: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 32.76043 KDa
配列文字列:
(G5J)UGCUUCGGC ACAACUGUUA AAAUUGGAAA AAUACAGAGA AGAUUAGCAU GGCCCCUGCG CAAGGAUGAC ACGCAU AAA UCGAGAAAUG GUUCCAAAUU UU

+
分子 #22: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 61.386055 KDa
配列文字列: AUACCUUUCU CGGCCUUUUG GCUCAGAUCA UGUGUAGUAU CUGUUCUUAU AAGCUUAAUC GCUUAUAUGG UUCUCAUUGA GAACCUGCG AUUAACUUUA AUAUUUUAGG GGGUCAAGGC AAUGGGGGCG CUUGCGUCCC GCCGCGACAG CUUGGCAGGA G GCUUACAC ...文字列:
AUACCUUUCU CGGCCUUUUG GCUCAGAUCA UGUGUAGUAU CUGUUCUUAU AAGCUUAAUC GCUUAUAUGG UUCUCAUUGA GAACCUGCG AUUAACUUUA AUAUUUUAGG GGGUCAAGGC AAUGGGGGCG CUUGCGUCCC GCCGCGACAG CUUGGCAGGA G GCUUACAC UACCUCUCUU GCCGAGCACC CCAG

GENBANK: GENBANK: X71483.1

+
分子 #30: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3') / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 2.219411 KDa
配列文字列:
CCGAACG

+
分子 #31: RNA (173-mer)

分子名称: RNA (173-mer) / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 55.292445 KDa
配列文字列:
GUAAGAGCCU AGCAUUAGUA CUGGUUACCU GCAGCCCAAG CUUGCUGCAC GUCUAGGGCG CAGUAGUCCA GGGUUUCCUU GAUGAUGUC AUACUUAUCC UGUCCCUUUU UUUUCCACAG CUCGCGGUUG AGGACAAACU CUUCGCGGUC UUUCCAGUGG G GAUCCGAU AUCCG

+
分子 #32: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 518369
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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