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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Treprostinil bound Prostacyclin Receptor G protein complex | |||||||||
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![]() | Agonist / Complex / lipid receptor / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() prostacyclin receptor activity / Prostanoid ligand receptors / sensory perception of chemical stimulus / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...prostacyclin receptor activity / Prostanoid ligand receptors / sensory perception of chemical stimulus / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / beta-2 adrenergic receptor binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
![]() | Wang JJ / Jin S / Zhang H / Xu Y / Hu W / Jiang Y / Chen C / Wang DW / Xu HE / Wu C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition and activation of the prostacyclin receptor by anti-pulmonary arterial hypertension drugs. 著者: James Jiqi Wang / Sanshan Jin / Heng Zhang / Youwei Xu / Wen Hu / Yi Jiang / Chen Chen / Dao Wen Wang / H Eric Xu / Canrong Wu / ![]() 要旨: The prostacyclin (PGI) receptor (IP) is a G-coupled receptor associated with blood pressure regulation, allergy, and inflammatory response. It is a main therapeutic target for pulmonary arterial ...The prostacyclin (PGI) receptor (IP) is a G-coupled receptor associated with blood pressure regulation, allergy, and inflammatory response. It is a main therapeutic target for pulmonary arterial hypertension (PAH) and several other diseases. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the human IP-G complex bound with two anti-PAH drugs, treprostinil and MRE-269 (active form of selexipag), at global resolutions of 2.56 and 2.41 angstrom, respectively. These structures revealed distinct features governing IP ligand binding, receptor activation, and G protein coupling. Moreover, comparison of the activated IP structures uncovered the mechanism and key residues that determine the superior selectivity of MRE-269 over treprostinil. Combined with molecular docking and functional studies, our structures provide insight into agonist selectivity, ligand recognition, receptor activation, and G protein coupling. Our results provide a structural template for further improving IP-targeting drugs to reduce off-target activation of prostanoid receptors and adverse effects. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 61.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 117.7 MB 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 777.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8x7aMC ![]() 8x79C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_38096_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38096_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38096_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : IP-Gs complex
全体 | 名称: IP-Gs complex |
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要素 |
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-超分子 #1: IP-Gs complex
超分子 | 名称: IP-Gs complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #5, #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms sh...
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,GNAS complex locus タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.068906 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GAQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKIEDYFP ...文字列: MNSKTEDQRN EEKAQREANK KIEKQLQKDK QVYRATHRLL LLGADNSGKS TIVKQMRILH GGSGGSGGTS GIFETKFQVD KVNFHMFDV GAQRDERRKW IQCFNDVTAI IFVVDSSDYN RLQEALNLFK SIWNNRWLRT ISVILFLNKQ DLLAEKVLAG K SKIEDYFP EFARYTTPED ATPEPGEDPR VTRAKYFIRD EFLRISTASG DGRHYCYPHF TCSVDTENAR RIFNDCRDII QR MHLRQYE LL UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.613176 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: HHHHHHGSLL QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列: HHHHHHGSLL QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: Nanobody35
分子 | 名称: Nanobody35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.71432 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHH |
-分子 #5: Prostacyclin receptor
分子 | 名称: Prostacyclin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.989914 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MADSCRNLTY VRGSVGPATS TLMFVAGVVG NGLALGILSA RRPARPSAFA VLVTGLAATD LLGTSFLSPA VFVAYARNSS LLGLARGGP ALCDAFAFAM TFFGLASMLI LFAMAVERCL ALSHPYLYAQ LDGPRCARLA LPAIYAFCVL FCALPLLGLG Q HQQYCPGS ...文字列: MADSCRNLTY VRGSVGPATS TLMFVAGVVG NGLALGILSA RRPARPSAFA VLVTGLAATD LLGTSFLSPA VFVAYARNSS LLGLARGGP ALCDAFAFAM TFFGLASMLI LFAMAVERCL ALSHPYLYAQ LDGPRCARLA LPAIYAFCVL FCALPLLGLG Q HQQYCPGS WCFLRMRWAQ PGGAAFSLAY AGLVALLVAA IFLCNGSVTL SLCRMYRQQK RHQGSLGPRP RTGEDEVDHL IL LALMTVV MAVCSLPLTI RCFTQAVAPD SSSEMGDLLA FRFYAFNPIL DPWVFILFRK AVFQRLKLWV CCLCLGPAHG DSQ TPLSQL ASGRRDPRAP SAPVGKEGSC VPLSAWGEGQ VEPLPPTQQS SGSAVGTSSK AEASVACSLC UniProtKB: Prostacyclin receptor |
-分子 #6: 2-[[(1~{R},2~{R},3~{a}~{S},9~{a}~{S})-2-oxidanyl-1-[(3~{S})-3-oxi...
分子 | 名称: 2-[[(1~{R},2~{R},3~{a}~{S},9~{a}~{S})-2-oxidanyl-1-[(3~{S})-3-oxidanyloctyl]-2,3,3~{a},4,9,9~{a}-hexahydro-1~{H}-cyclopenta[g]naphthalen-5-yl]oxy]ethanoic acid タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: Y9J |
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分子量 | 理論値: 390.513 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 257594 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-8x7a: |