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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38088 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus sigB-dependent RNAP-promoter open complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / transcription / Staphylococcus aureus / sigB | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Yuan L / Xu L / Liu Q / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis of promoter recognition by Staphylococcus aureus RNA polymerase. 著者: Linggang Yuan / Qingyang Liu / Liqiao Xu / Bing Wu / Yu Feng / 要旨: Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, ...Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, persistence, cell internalization, membrane transport, and antimicrobial resistance. Besides the sequence difference, the spacers between the -35 element and -10 element of σ regulated promoters are shorter than those of σ regulated promoters. Therefore, how σ recognizes and initiates transcription from target promoters can not be inferred from that of the well studied σ. Here, we report the cryo-EM structures of S. aureus RNAP-promoter open complexes comprising σ and σ, respectively. Structural analyses, in combination with biochemical experiments, reveal the structural basis for the promoter specificity of S. aureus transcription. Although the -10 element of σ regulated promoters is recognized by domain σ as single-stranded DNA, the -10 element of σ regulated promoters is co-recognized by domains σ and σ as double-stranded DNA, accounting for the short spacers of σ regulated promoters. S. aureus RNAP is a validated target of antibiotics, and our structures pave the way for rational drug design targeting S. aureus RNAP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38088.map.gz | 38 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38088-v30.xml emd-38088.xml | 24.3 KB 24.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38088.png | 157 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38088.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_38088_half_map_1.map.gz emd_38088_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38088 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38088 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38088_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38088_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38088_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38088_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38088 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38088 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8x6gMC 8x6fC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38088_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38088_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : sigB-dependent RNAP-promoter open complex
+超分子 #1: sigB-dependent RNAP-promoter open complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
+分子 #7: RNA polymerase sigma factor
+分子 #8: DNA (70-mer)
+分子 #9: DNA (70-mer)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95089 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |