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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38087 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus sigA-dependent RNAP-promoter open complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / transcription / Staphylococcus aureus / sigA / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Yuan L / Xu L / Liu Q / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis of promoter recognition by Staphylococcus aureus RNA polymerase. 著者: Linggang Yuan / Qingyang Liu / Liqiao Xu / Bing Wu / Yu Feng / 要旨: Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, ...Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, persistence, cell internalization, membrane transport, and antimicrobial resistance. Besides the sequence difference, the spacers between the -35 element and -10 element of σ regulated promoters are shorter than those of σ regulated promoters. Therefore, how σ recognizes and initiates transcription from target promoters can not be inferred from that of the well studied σ. Here, we report the cryo-EM structures of S. aureus RNAP-promoter open complexes comprising σ and σ, respectively. Structural analyses, in combination with biochemical experiments, reveal the structural basis for the promoter specificity of S. aureus transcription. Although the -10 element of σ regulated promoters is recognized by domain σ as single-stranded DNA, the -10 element of σ regulated promoters is co-recognized by domains σ and σ as double-stranded DNA, accounting for the short spacers of σ regulated promoters. S. aureus RNAP is a validated target of antibiotics, and our structures pave the way for rational drug design targeting S. aureus RNAP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38087.map.gz | 37.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38087-v30.xml emd-38087.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38087.png | 155.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38087.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_38087_half_map_1.map.gz emd_38087_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38087 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38087_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38087_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38087_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38087_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38087 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8x6fMC 8x6gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38087_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38087_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : sigA-dependent RNAP-promoter open complex
全体 | 名称: sigA-dependent RNAP-promoter open complex |
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要素 |
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-超分子 #1: sigA-dependent RNAP-promoter open complex
超分子 | 名称: sigA-dependent RNAP-promoter open complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 35.052656 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIEIEKPRIE TIEISEDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVKYIEIEG VLHEFSAVDN VVEDVSTIIM NIKQLALKI YSEEDKTLEI DVRDEGEVTA SDITHDSDVE ILNPELKIAT VSKGGHLKIR LVANKGRGYA LAEQNNTSDL P IGVIPVDS ...文字列: MIEIEKPRIE TIEISEDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVKYIEIEG VLHEFSAVDN VVEDVSTIIM NIKQLALKI YSEEDKTLEI DVRDEGEVTA SDITHDSDVE ILNPELKIAT VSKGGHLKIR LVANKGRGYA LAEQNNTSDL P IGVIPVDS LYSPVERVNY TVENTRVGQS SDFDKLTLDV WTNGSITPQE SVSLAAKIMT EHLNIFVGLT DEAQNAEIMI EK EEDQKEK VLEMSIEELD LSVRSYNCLK RAGINSVQEL ADKSEADMMK VRNLGRKSLE EVKYKLEDLG LGLRKED UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha |
-分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 133.381312 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAGQVVQYGR HRKRRNYARI SEVLELPNLI EIQTKSYEWF LREGLIEMFR DISPIEDFTG NLSLEFVDYR LGEPKYDLEE SKNRDATYA APLRVKVRLI IKETGEVKEQ EVFMGDFPLM TDTGTFVING AERVIVSQLV RSPSVYFNEK IDKNGRENYD A TIIPNRGA ...文字列: MAGQVVQYGR HRKRRNYARI SEVLELPNLI EIQTKSYEWF LREGLIEMFR DISPIEDFTG NLSLEFVDYR LGEPKYDLEE SKNRDATYA APLRVKVRLI IKETGEVKEQ EVFMGDFPLM TDTGTFVING AERVIVSQLV RSPSVYFNEK IDKNGRENYD A TIIPNRGA WLEYETDAKD VVYVRIDRTR KLPLTVLLRA LGFSSDQEIV DLLGDNEYLR NTLEKDGTEN TEQALLEIYE RL RPGEPPT VENAKSLLYS RFFDPKRYDL ASVGRYKTNK KLHLKHRLFN QKLAEPIVNT ETGEIVVEEG TVLDRRKIDE IMD VLESNA NSEVFELHGS VIDEPVEIQS IKVYVPNDDE GRTTTVIGNA FPDSEVKCIT PADIIASMSY FFNLLSGIGY TDDI DHLGN RRLRSVGELL QNQFRIGLSR MERVVRERMS IQDTESITPQ QLINIRPVIA SIKEFFGSSQ LSQFMDQANP LAELT HKRR LSALGPGGLT RERAQMEVRD VHYSHYGRMC PIETPEGPNI GLINSLSSYA RVNEFGFIET PYRKVDLDTH AITDQI DYL TADEEDSYVV AQANSKLDEN GRFMDDEVVC RFRGNNTVMA KEKMDYMDVS PKQVVSAATA CIPFLENDDS NRALMGA NM QRQAVPLMNP EAPFVGTGME HVAARDSGAA ITAKHRGRVE HVESNEILVR RLVEENGVEH EGELDRYPLA KFKRSNSG T CYNQRPIVAV GDVVEYNEIL ADGPSMELGE MALGRNVVVG FMTWDGYNYE DAVIMSERLV KDDVYTSIHI EEYESEARD TKLGPEEITR DIPNVSESAL KNLDDRGIVY IGAEVKDGDI LVGKVTPKGV TELTAEERLL HAIFGEKARE VRDTSLRVPH GAGGIVLDV KVFNREEGDD TLSPGVNQLV RVYIVQKRKI HVGDKMCGRH GNKGVISKIV PEEDMPYLPD GRPIDIMLNP L GVPSRMNI GQVLELHLGM AAKNLGIHVA SPVFDGANDD DVWSTIEEAG MARDGKTVLY DGRTGEPFDN RISVGVMYML KL AHMVDDK LHARSTGPYS LVTQQPLGGK AQFGGQRFGE MEVWALEAYG AAYTLQEILT YKSDDTVGRV KTYEAIVKGE NIS RPSVPE SFRVLMKELQ SLGLDVKVMD EQDNEIEMTD VDDDDVVERK VDLQQNDAPE TQKEVTD UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta |
-分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 135.594266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIDVNNFHYM KIGLASPEKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC SCGKYKRVRY KGMVCDRCGV EVTKSKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLLLD MSPRALEEVI YFASYVVVDP GPTGLEKKTL LSEAEFRDYY D KYPGQFVA ...文字列: MIDVNNFHYM KIGLASPEKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC SCGKYKRVRY KGMVCDRCGV EVTKSKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLLLD MSPRALEEVI YFASYVVVDP GPTGLEKKTL LSEAEFRDYY D KYPGQFVA KMGAEGIKDL LEEIDLDEEL KLLRDELESA TGQRLTRAIK RLEVVESFRN SGNKPSWMIL DVLPIIPPEI RP MVQLDGG RFATSDLNDL YRRVINRNNR LKRLLDLGAP GIIVQNEKRM LQEAVDALID NGRRGRPVTG PGNRPLKSLS HML KGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIAV GPSLKMYQCG LPKEMALELF KPFVMKELVQ REIATNIKNA KSKIERMDDE VWDV LEEVI REHPVLLNRA PTLHRLGIQA FEPTLVEGRA IRLHPLVTTA YNADFDGDQM AVHVPLSKEA QAEARMLMLA AQNIL NPKD GKPVVTPSQD MVLGNYYLTL ERKDAVNTGA IFNNTNEVLK AYANGFVHLH TRIGVHASSF NNPTFTEEQN KKILAT SVG KIIFNEIIPD SFAYINEPTQ ENLERKTPNR YFIDPTTLGE GGLKEYFENE ELIEPFNKKF LGNIIAEVFN RFSITDT SM MLDRMKDLGF KFSSKAGITV GVADIVVLPD KQQILDEHEK LVDRITKQFN RGLITEEERY NAVVEIWTDA KDQIQGEL M QSLDKTNPIF MMSDSGARGN ASNFTQLAGM RGLMAAPSGK IIELPITSSF REGLTVLEYF ISTHGARKGL ADTALKTAD SGYLTRRLVD VAQDVIVREE DCGTDRGLLV SDIKEGTEMI EPFIERIEGR YSKETIRHPE TDEIIIRPDE LITPEIAKKI TDAGIEQMY IRSAFTCNAR HGVCEKCYGK NLATGEKVEV GEAVGTIAAQ SIGEPGTQLT MRTFHTGGVA GSDITQGLPR I QEIFEARN PKGQAVITEI EGVVEDIKLA KDRQQEIVVK GANETRSYLA SGTSRIIVEI GQPVQRGEVL TEGSIEPKNY LS VAGLNAT ESYLLKEVQK VYRMQGVEID DKHVEVMVRQ MLRKVRIIEA GDTKLLPGSL VDIHNFTDAN REAFKHRKRP ATA KPVLLG ITKASLETES FLSAASFQET TRVLTDAAIK GKRDDLLGLK ENVIIGKLIP AGTGMRRYSD VKYEKTAKPV AEVE SQTEV TE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' |
-分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 8.161236 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLNPPLNQLT SQIKSKYLIA TTAAKRAREI DEQPETELLS EYHSFKPVGR ALEEIADGKI RPVISSDYYG KE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega |
-分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 8.764739 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAVFKVFYQH NRDEVIVREN TQSLYVEAQT EEQVRRYLKD RNFNIEFITK LEGAHLDYEK ENSEHFNVEI AK UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon |
-分子 #6: RNA polymerase sigma factor SigA
分子 | 名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 42.218754 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSDNTVKIKK QTIDPTLTLE DVKKQLIEKG KKEGHLSHEE IAEKLQNFDI DSDQMDDFFD QLNDNDISLV NEKDSSDTDE KLNPSDLSA PPGVKINDPV RMYLKEIGRV NLLSAQEEIE LAKRIEQGDE VAKSRLAEAN LRLVVSIAKR YVGRGMLFLD L IQEGNMGL ...文字列: MSDNTVKIKK QTIDPTLTLE DVKKQLIEKG KKEGHLSHEE IAEKLQNFDI DSDQMDDFFD QLNDNDISLV NEKDSSDTDE KLNPSDLSA PPGVKINDPV RMYLKEIGRV NLLSAQEEIE LAKRIEQGDE VAKSRLAEAN LRLVVSIAKR YVGRGMLFLD L IQEGNMGL IKAVEKFDFN KGFKFSTYAT WWIRQAITRA IADQARTIRI PVHMVETINK LIRVQRQLLQ DLGRDPAPEE IG EEMDLPA EKVREVLKIA QEPVSLETPI GEEDDSHLGD FIEDQEAQSP SDHAAYELLK EQLEDVLDTL TDREENVLRL RFG LDDGRT RTLEEVGKVF GVTRERIRQI EAKALRKLRH PSRSKRLKDF MD UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA |
-分子 #7: DNA (71-mer)
分子 | 名称: DNA (71-mer) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 21.923221 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC) (DG) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG) (DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG) |
-分子 #8: DNA (71-mer)
分子 | 名称: DNA (71-mer) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 21.797018 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA) ...文字列: (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56457 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |