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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38075 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with astemizole | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR (Gタンパク質共役受容体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒスタミン受容体 / histamine receptor activity / cellular response to histamine / regulation of vascular permeability / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / 電子伝達系 / regulation of synaptic plasticity ...ヒスタミン受容体 / histamine receptor activity / cellular response to histamine / regulation of vascular permeability / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / 電子伝達系 / regulation of synaptic plasticity / visual learning / 記憶 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / ペリプラズム / electron transfer activity / 炎症 / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / シナプス / 樹状突起 / heme binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang DD / Guo Q / Tao YY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of antihistamines recognition and regulation of the histamine H receptor. 著者: Dandan Wang / Qiong Guo / Zhangsong Wu / Ming Li / Binbin He / Yang Du / Kaiming Zhang / Yuyong Tao / 要旨: Histamine receptors are a group of G protein-coupled receptors (GPCRs) that play important roles in various physiological and pathophysiological conditions. Antihistamines that target the histamine H ...Histamine receptors are a group of G protein-coupled receptors (GPCRs) that play important roles in various physiological and pathophysiological conditions. Antihistamines that target the histamine H receptor (HR) have been widely used to relieve the symptoms of allergy and inflammation. Here, to uncover the details of the regulation of HR by the known second-generation antihistamines, thereby providing clues for the rational design of newer antihistamines, we determine the cryo-EM structure of HR in the apo form and bound to different antihistamines. In addition to the deep hydrophobic cavity, we identify a secondary ligand-binding site in HR, which potentially may support the introduction of new derivative groups to generate newer antihistamines. Furthermore, these structures show that antihistamines exert inverse regulation by utilizing a shared phenyl group that inserts into the deep cavity and block the movement of the toggle switch residue W428. Together, these results enrich our understanding of GPCR modulation and facilitate the structure-based design of novel antihistamines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38075.map.gz | 136.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38075-v30.xml emd-38075.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38075.png | 82.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38075.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_38075_half_map_1.map.gz emd_38075_half_map_2.map.gz | 134.4 MB 134.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38075 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38075 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38075_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38075_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab ...
全体 | 名称: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with astemizole |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab ...
超分子 | 名称: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with astemizole タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.629363 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKTT MASPQLMPLV VVLSTICLVT VGLNLLVLYA VRSERKLHTV GNLYIVSLSV ADLIVGAVVM PMNILYLLMS KWSLGRPLC LFWLSMDYVA STASIFSVFI LCIDRYRSVQ QPLRYLKYRT KTRASATILG AWFLSFLWVI PILGWNHFMQ Q TSVRREDK ...文字列: DYKDDDDKTT MASPQLMPLV VVLSTICLVT VGLNLLVLYA VRSERKLHTV GNLYIVSLSV ADLIVGAVVM PMNILYLLMS KWSLGRPLC LFWLSMDYVA STASIFSVFI LCIDRYRSVQ QPLRYLKYRT KTRASATILG AWFLSFLWVI PILGWNHFMQ Q TSVRREDK CETDFYDVTW FKVMTAIINF YLPTLLMLWF YAKIYKAVKR QLADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD AL TKMRAAA LDAQKASGSG SPEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLKFCNRERK AAK QLGFIM AAFILCWIPY FIFFMVIAFC KNCCNEHLHM FTIWLGYINS TLNPLIYPLC NENFKKTFKR ILKIAALKEK IAAL KEKIA ALKEAEEKRA SRLEEELRRR LTEGSHHHHH HHH UniProtKB: Histamine H1 receptor, Soluble cytochrome b562 |
-分子 #2: 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperid...
分子 | 名称: 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperidin-4-yl}-1H-benzimidazol-2-amine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: XB7 |
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分子量 | 理論値: 458.57 Da |
Chemical component information | ChemComp-XB7: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 357476 |