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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the TcsL at pH 5.0 in its open conformation | |||||||||
![]() | Author stated: the relative low model inclusion of map was due to the flexible mobile nature of the molecule. We modeled the C-terminus of the TcsL by rigid docking in to the low-pass filtered map. | |||||||||
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![]() | TcsL / CROP / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | Zhan X / Tao L | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural dynamics of CROPs control stability and toxicity of Paeniclostridium sordellii lethal toxin 著者: Yao Z / Xiechao Z / Liang T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 38.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Author stated: the relative low model inclusion of map was due to the flexible mobile nature of the molecule. We modeled the C-terminus of the TcsL by rigid docking in to the low-pass filtered map. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38011_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38011_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TcsL
全体 | 名称: TcsL |
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要素 |
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-超分子 #1: TcsL
超分子 | 名称: TcsL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Cytotoxin-L
分子 | 名称: Cytotoxin-L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 271.827531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNLVNKAQLQ KMAYVKFRIQ EDEYVAILNA LEEYHNMSES SVVEKYLKLK DINNLTDNYL NTYKKSGRNK ALKKFKEYLT MEVLELKNN SLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYTVKV FYDSNAFLIN TLKKTIVESA TNNTLESFRE N LNDPEFDY ...文字列: MNLVNKAQLQ KMAYVKFRIQ EDEYVAILNA LEEYHNMSES SVVEKYLKLK DINNLTDNYL NTYKKSGRNK ALKKFKEYLT MEVLELKNN SLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYTVKV FYDSNAFLIN TLKKTIVESA TNNTLESFRE N LNDPEFDY NKFYRKRMEI IYDKQKHFID YYKSQIEENP EFIIDNIIKT YLSNEYSKDL EALNKYIEES LNKITANNGN DI RNLEKFA DEDLVRLYNQ ELVERWNLAA ASDILRISML KEDGGVYLDV DMLPGIQPDL FKSINKPDSI TNTSWEMIKL EAI MKYKEY IPGYTSKNFD MLDEEVQRSF ESALSSKSDK SEIFLPLDDI KVSPLEVKIA FANNSVINQA LISLKDSYCS DLVI NQIKN RYKILNDNLN PSINEGTDFN TTMKIFSDKL ASISNEDNMM FMIKITNYLK VGFAPDVRST INLSGPGVYT GAYQD LLMF KDNSTNIHLL EPELRNFEFP KTKISQLTEQ EITSLWSFNQ ARAKSQFEEY KKGYFEGALG EDDNLDFAQN TVLDKD YVS KKILSSMKTR NKEYIHYIVQ LQGDKISYEA SCNLFSKDPY SSILYQKNIE GSETAYYYSV ADAEIKEIDK YRIPYQI SN KRKIKLTFIG HGKSEFNTDT FANLDVDSLS SEIETILNLA KADISPKYIE INLLGCNMFS YSISAEETYP GKLLLKIK D RVSELMPSIS QDSITVSANQ YEVRINEEGK REILDHSGKW INKEESIIKD ISSKEYISFN PKENKIIVKS KYLHELSTL LQEIRNNANS SDIDLEKKVM LTECEINVAS NIDRQIVEGR IEEAKNLTSD SINYIKNEFK LIESISDSLY DLKHQNGLDD SHFISFEDI SKTENGFRIR FINKETGNSI FIETEKEIFS EYATHISKEI SNIKDTIFDN VNGKLVKKVN LDAAHEVNTL N SAFFIQSL IEYNTTKESL SNLSVAMKVQ VYAQLFSTGL NTITDASKVV ELVSTALDET IDLLPTLSEG LPIIATIIDG VS LGAAIKE LSETNDPLLR QEIEAKIGIM AVNLTAASTA IVTSALGIAS GFSILLVPLA GISAGIPSLV NNELILQDKA TKV IDYFKH ISLAETEGAF TLLDDKIIMP QDDLVLSEID FNNNSITLGK CEIWRAEGGS GHTLTDDIDH FFSSPSITYR KPWL SIYDV LNIKKEKIDF SKDLMVLPNA PNRVFGYEMG WTPGFRSLDN DGTKLLDRIR DHYEGQFYWR YFAFIADALI TKLKP RYED TNVRINLDGN TRSFIVPVIT TEQIRKNLSY SFYGSGGSYS LSLSPYNMNI DLNLVENDTW VIDVDNVVKN ITIESD EIQ KGELIENILS KLNIEDNKII LNNHTINFYG DINESNRFIS LTFSILEDIN IIIEIDLVSK SYKILLSGNC MKLIENS SD IQQKIDHIGF NGEHQKYIPY SYIDNETKYN GFIDYSKKEG LFTAEFSNES IIRNIYMPDS NNLFIYSSKD LKDIRIIN K GDVKLLIGNY FKDDMKVSLS FTIEDTNTIK LNGVYLDENG VAQILKFMNN AKSALNTSNS LMNFLESINI KNIFYNNLD PNIEFILDTN FIISGSNSIG QFELICDKDK NIQPYFIKFK IKETSYTLYV GNRQNLIVEP SYHLDDSGNI SSTVINFSQK YLYGIDRYV NKVIIAPNLY TDEINITPVY KPNYICPEVI ILDANYINEK INVNINDLSI RYVWDNDGSD LILIANSEED N QPQVKIRF VNVFKSDTAA DKLSFNFSDK QDVSVSKIIS TFSLAAYSDG FFDYEFGLVS LDNDYFYINS FGNMVSGLIY IN DSLYYFK PPKNNLITGF TTIDGNKYYF DPTKSGAASI GEITIDGKDY YFNKQGILQV GVINTSDGLK YFAPAGTLDE NLE GESVNF IGKLNIDGKI YYFEDNYRAA VEWKLLDDET YYFNPKTGEA LKGLHQIGDN KYYFDDNGIM QTGFITINDK VFYF NNDGV MQVGYIEVNG KYFYFGKNGE RQLGVFNTPD GFKFFGPKDD DLGTEEGELT LYNGILNFNG KIYFFDISNT AVVGW GTLD DGSTYYFDDN TAEACIGLTV INDCKYYFDD NGIRQLGFIT INDNIFYFSE SGKIELGYQN INGNYFYIDE SGLVLI GVF DTPDGYKYFA PLNTVNDNIY GQAVKYSGLV RVNEDVYYFG ETYKIETGWI ENETDKYYFD PETKKAYKGI NVVDDIK YY FDENGIMRTG LISFENNNYY FNEDGKMQFG YLNIKDKMFY FGKDGKMQIG VFNTPDGFKY FAHQNTLDEN FEGESINY T GWLDLDGKRY YFTDEYIAAT GSLTIDGYNY YFDPDTAELV VSEHHHHHHH H UniProtKB: Cytotoxin-L |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |