[日本語] English
万見
- EMDB-38010: Cryo-EM structure of the TcsL at pH 5.0 in its closed conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38010
タイトルCryo-EM structure of the TcsL at pH 5.0 in its closed conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: TcsL
    • タンパク質・ペプチド: Cytotoxin-L
  • リガンド: ZINC ION
キーワードTcsL / CROP / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily ...Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Paeniclostridium sordellii (strain ATCC 9714 / DSM 2141 / JCM 3814 / LMG 15708 / NCIMB 10717 / 211) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhan X / Tao L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural dynamics of CROPs control stability and toxicity of Paeniclostridium sordellii lethal toxin
著者: Yao Z / Xiechao Z / Liang T
履歴
登録2023年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38010.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38010.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-2.5938065 - 4.3472953
平均 (標準偏差)0.00031760128 (±0.052261256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38010_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_38010_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : TcsL

全体名称: TcsL
要素
  • 複合体: TcsL
    • タンパク質・ペプチド: Cytotoxin-L
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: TcsL

超分子名称: TcsL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Paeniclostridium sordellii (strain ATCC 9714 / DSM 2141 / JCM 3814 / LMG 15708 / NCIMB 10717 / 211) (バクテリア)

-
分子 #1: Cytotoxin-L

分子名称: Cytotoxin-L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Paeniclostridium sordellii (strain ATCC 9714 / DSM 2141 / JCM 3814 / LMG 15708 / NCIMB 10717 / 211) (バクテリア)
分子量理論値: 271.827531 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列: MNLVNKAQLQ KMAYVKFRIQ EDEYVAILNA LEEYHNMSES SVVEKYLKLK DINNLTDNYL NTYKKSGRNK ALKKFKEYLT MEVLELKNN SLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYTVKV FYDSNAFLIN TLKKTIVESA TNNTLESFRE N LNDPEFDY ...文字列:
MNLVNKAQLQ KMAYVKFRIQ EDEYVAILNA LEEYHNMSES SVVEKYLKLK DINNLTDNYL NTYKKSGRNK ALKKFKEYLT MEVLELKNN SLTPVEKNLH FIWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYTVKV FYDSNAFLIN TLKKTIVESA TNNTLESFRE N LNDPEFDY NKFYRKRMEI IYDKQKHFID YYKSQIEENP EFIIDNIIKT YLSNEYSKDL EALNKYIEES LNKITANNGN DI RNLEKFA DEDLVRLYNQ ELVERWNLAA ASDILRISML KEDGGVYLDV DMLPGIQPDL FKSINKPDSI TNTSWEMIKL EAI MKYKEY IPGYTSKNFD MLDEEVQRSF ESALSSKSDK SEIFLPLDDI KVSPLEVKIA FANNSVINQA LISLKDSYCS DLVI NQIKN RYKILNDNLN PSINEGTDFN TTMKIFSDKL ASISNEDNMM FMIKITNYLK VGFAPDVRST INLSGPGVYT GAYQD LLMF KDNSTNIHLL EPELRNFEFP KTKISQLTEQ EITSLWSFNQ ARAKSQFEEY KKGYFEGALG EDDNLDFAQN TVLDKD YVS KKILSSMKTR NKEYIHYIVQ LQGDKISYEA SCNLFSKDPY SSILYQKNIE GSETAYYYSV ADAEIKEIDK YRIPYQI SN KRKIKLTFIG HGKSEFNTDT FANLDVDSLS SEIETILNLA KADISPKYIE INLLGCNMFS YSISAEETYP GKLLLKIK D RVSELMPSIS QDSITVSANQ YEVRINEEGK REILDHSGKW INKEESIIKD ISSKEYISFN PKENKIIVKS KYLHELSTL LQEIRNNANS SDIDLEKKVM LTECEINVAS NIDRQIVEGR IEEAKNLTSD SINYIKNEFK LIESISDSLY DLKHQNGLDD SHFISFEDI SKTENGFRIR FINKETGNSI FIETEKEIFS EYATHISKEI SNIKDTIFDN VNGKLVKKVN LDAAHEVNTL N SAFFIQSL IEYNTTKESL SNLSVAMKVQ VYAQLFSTGL NTITDASKVV ELVSTALDET IDLLPTLSEG LPIIATIIDG VS LGAAIKE LSETNDPLLR QEIEAKIGIM AVNLTAASTA IVTSALGIAS GFSILLVPLA GISAGIPSLV NNELILQDKA TKV IDYFKH ISLAETEGAF TLLDDKIIMP QDDLVLSEID FNNNSITLGK CEIWRAEGGS GHTLTDDIDH FFSSPSITYR KPWL SIYDV LNIKKEKIDF SKDLMVLPNA PNRVFGYEMG WTPGFRSLDN DGTKLLDRIR DHYEGQFYWR YFAFIADALI TKLKP RYED TNVRINLDGN TRSFIVPVIT TEQIRKNLSY SFYGSGGSYS LSLSPYNMNI DLNLVENDTW VIDVDNVVKN ITIESD EIQ KGELIENILS KLNIEDNKII LNNHTINFYG DINESNRFIS LTFSILEDIN IIIEIDLVSK SYKILLSGNC MKLIENS SD IQQKIDHIGF NGEHQKYIPY SYIDNETKYN GFIDYSKKEG LFTAEFSNES IIRNIYMPDS NNLFIYSSKD LKDIRIIN K GDVKLLIGNY FKDDMKVSLS FTIEDTNTIK LNGVYLDENG VAQILKFMNN AKSALNTSNS LMNFLESINI KNIFYNNLD PNIEFILDTN FIISGSNSIG QFELICDKDK NIQPYFIKFK IKETSYTLYV GNRQNLIVEP SYHLDDSGNI SSTVINFSQK YLYGIDRYV NKVIIAPNLY TDEINITPVY KPNYICPEVI ILDANYINEK INVNINDLSI RYVWDNDGSD LILIANSEED N QPQVKIRF VNVFKSDTAA DKLSFNFSDK QDVSVSKIIS TFSLAAYSDG FFDYEFGLVS LDNDYFYINS FGNMVSGLIY IN DSLYYFK PPKNNLITGF TTIDGNKYYF DPTKSGAASI GEITIDGKDY YFNKQGILQV GVINTSDGLK YFAPAGTLDE NLE GESVNF IGKLNIDGKI YYFEDNYRAA VEWKLLDDET YYFNPKTGEA LKGLHQIGDN KYYFDDNGIM QTGFITINDK VFYF NNDGV MQVGYIEVNG KYFYFGKNGE RQLGVFNTPD GFKFFGPKDD DLGTEEGELT LYNGILNFNG KIYFFDISNT AVVGW GTLD DGSTYYFDDN TAEACIGLTV INDCKYYFDD NGIRQLGFIT INDNIFYFSE SGKIELGYQN INGNYFYIDE SGLVLI GVF DTPDGYKYFA PLNTVNDNIY GQAVKYSGLV RVNEDVYYFG ETYKIETGWI ENETDKYYFD PETKKAYKGI NVVDDIK YY FDENGIMRTG LISFENNNYY FNEDGKMQFG YLNIKDKMFY FGKDGKMQIG VFNTPDGFKY FAHQNTLDEN FEGESINY T GWLDLDGKRY YFTDEYIAAT GSLTIDGYNY YFDPDTAELV VSEHHHHHHH H

UniProtKB: Cytotoxin-L

-
分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 410049
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る