EMDB-37996: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dc-cParM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-37996

タイトル

ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dc-cParM1

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: Dh-cParM1
- タンパク質・ペプチド: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1
リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
リガンド: MAGNESIUM ION

キーワード

ParM / genome / segregation / plasmid / STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

: / Archaeal actin homologue MreB-like, C-terminal / ParM-like / Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å

データ登録者

Ali S / Robinson RC / Narita A

資金援助

日本, 3件

Organization	Grant number	国
Japan Science and Technology	JPMJCR19S5	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H02410	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H02440	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacterial genome encoded ParMs
著者: Ali S / Robinson RC / Narita A

履歴

登録	2023年11月7日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年11月13日	-
マップ公開	2024年11月13日	-
更新	2024年11月13日	-
現状	2024年11月13日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_37996.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_37996.map.gz	116.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-37996-v30.xml emd-37996.xml	18.7 KB 18.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_37996_fsc.xml	11.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_37996.png	28.7 KB
Filedesc metadata	emd-37996.cif.gz	6.2 KB
その他	emd_37996_additional_1.map.gz emd_37996_half_map_1.map.gz emd_37996_half_map_2.map.gz	5.1 MB 97.8 MB 97.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37996	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_37996_validation.pdf.gz	817.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_37996_full_validation.pdf.gz	817.4 KB	表示
XML形式データ	emd_37996_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_37996_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37996	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x1iMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_37996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.024
最小 - 最大	-0.07135027 - 0.15528093
平均 (標準偏差)	-0.000016924738 (±0.0062450753)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_37996_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_37996_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_37996_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Dh-cParM1

全体	名称: Dh-cParM1
要素	細胞器官・細胞要素: Dh-cParM1 タンパク質・ペプチド: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1 リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Dh-cParM1

超分子	名称: Dh-cParM1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1
由来(天然)	生物種: Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
分子量	理論値: 0.405 kDa/nm

-
分子 #1: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1

分子	名称: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: genome encode ParM1 from Desulfitobacterium species / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
分子量	理論値: 40.592141 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: MFENDILVAG GDPGFGAIKL DAGDTKVLFP AVICKGNERI FSALGNGNVS RGTDEEMQTG SLDVIVTNHS TGVSRHYFMG SLAESLNPN EAHYCWDEDK STDEEATALL VVALAVAQKE PKANIYLGTG VPVKYYAALK DKYEAELKGT WSVAFRSGPF K GQTRQLTI ...文字列: MFENDILVAG GDPGFGAIKL DAGDTKVLFP AVICKGNERI FSALGNGNVS RGTDEEMQTG SLDVIVTNHS TGVSRHYFMG SLAESLNPN EAHYCWDEDK STDEEATALL VVALAVAQKE PKANIYLGTG VPVKYYAALK DKYEAELKGT WSVAFRSGPF K GQTRQLTI IRSRVLPQSY GVFIKETLNE YGIPISPKLF NGYVVVIDPG FRTTDVATFY DGVMLDPPNS FSIEKGLKWA YT GVAEQLK EMTINHANPI ETDDKELDKV FRVNEGMYPW NNGAINLNPV MQDMLGQLGT DISREVKKSL KPMLGKIHTV LVA GKVGEM IFEHLQFENK VLIENPQFGN ATGFRIMAAN LVNNITKKAN AAP UniProtKB: Uncharacterized protein

-
分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子	名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量	理論値: 427.201 Da
Chemical component information	ChemComp-ADP: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子	名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量	理論値: 24.305 Da

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

濃度	10.0 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
詳細	ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dc-cParM1

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	使用したクラス数: 2 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 24.5 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 156.03 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1/4.0) ソフトウェア - 詳細: 3D structure was reconstructed using RELION software 使用した粒子像数: 2100
Segment selection	選択した数: 2500
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Model reconstructed from negative stained images
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細	Initial fitting was performed using chimera and MDFF performed by ISOLDE and final real space refine by Phenix real space refinement.
精密化	空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル	PDB-8x1i: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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全体 : Dh-cParM1

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超分子 #1: Dh-cParM1

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分子 #1: ParM present of genome of Desufitobacterium hafniense - Dh-cParM1

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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分子 #3: MAGNESIUM ION

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