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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3779 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet from p23 mutant Chlamydomonas axoneme | |||||||||
マップデータ | This file was averaged from subtomograms and masked based on the WT cilia density map (EMD2132). | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sale WS / Ishikawa T / Yamamoto R / Obbineni JM / Alford LM / Hwang J / Ide T / Owa M / Kon T / Inaba K ...Sale WS / Ishikawa T / Yamamoto R / Obbineni JM / Alford LM / Hwang J / Ide T / Owa M / Kon T / Inaba K / Noliyanda J / King SM / Dutcher S | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2017 タイトル: Chlamydomonas DYX1C1/PF23 is essential for axonemal assembly and proper morphology of inner dynein arms. 著者: Ryosuke Yamamoto / Jagan M Obbineni / Lea M Alford / Takahiro Ide / Mikito Owa / Juyeon Hwang / Takahide Kon / Kazuo Inaba / Noliyanda James / Stephen M King / Takashi Ishikawa / Winfield S ...著者: Ryosuke Yamamoto / Jagan M Obbineni / Lea M Alford / Takahiro Ide / Mikito Owa / Juyeon Hwang / Takahide Kon / Kazuo Inaba / Noliyanda James / Stephen M King / Takashi Ishikawa / Winfield S Sale / Susan K Dutcher / 要旨: Cytoplasmic assembly of ciliary dyneins, a process known as preassembly, requires numerous non-dynein proteins, but the identities and functions of these proteins are not fully elucidated. Here, we ...Cytoplasmic assembly of ciliary dyneins, a process known as preassembly, requires numerous non-dynein proteins, but the identities and functions of these proteins are not fully elucidated. Here, we show that the classical Chlamydomonas motility mutant pf23 is defective in the Chlamydomonas homolog of DYX1C1. The pf23 mutant has a 494 bp deletion in the DYX1C1 gene and expresses a shorter DYX1C1 protein in the cytoplasm. Structural analyses, using cryo-ET, reveal that pf23 axonemes lack most of the inner dynein arms. Spectral counting confirms that DYX1C1 is essential for the assembly of the majority of ciliary inner dynein arms (IDA) as well as a fraction of the outer dynein arms (ODA). A C-terminal truncation of DYX1C1 shows a reduction in a subset of these ciliary IDAs. Sucrose gradients of cytoplasmic extracts show that preassembled ciliary dyneins are reduced compared to wild-type, which suggests an important role in dynein complex stability. The role of PF23/DYX1C1 remains unknown, but we suggest that DYX1C1 could provide a scaffold for macromolecular assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3779.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3779-v30.xml emd-3779.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3779.png | 87.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3779 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3779_validation.pdf.gz | 218.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3779_full_validation.pdf.gz | 217.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3779_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3779 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3779 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This file was averaged from subtomograms and masked based on the WT cilia density map (EMD2132). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other ...
全体 | 名称: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other binding proteins |
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要素 |
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-超分子 #1: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other ...
超分子 | 名称: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other binding proteins タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: pf23 / Organelle: cilia |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: HMDEK 詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 1 mM EGTA, and 50 mM potassium acetate, pH7.4 |
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グリッド | モデル: Plano lacey / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: one side blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: JEOL in-column エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 20000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: Visual estimation, compared with datasets in the past 使用したサブトモグラム数: 464 |
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抽出 | トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 660 / ソフトウェア - 名称: Bsoft |
最終 3次元分類 | クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 120 / ソフトウェア - 名称: Xmipp 詳細: This particular uploaded map is from 464 subtomograms. |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: 3D cross correlation by Spider |