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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37752 | |||||||||
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タイトル | Structure of the DDB1-AMBRA1 E3 ligase receptor complex linked to cell cycle regulation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / : / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of mitophagy / autophagy of mitochondrion / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / positive regulation of regulatory T cell differentiation / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex ...positive regulation of free ubiquitin chain polymerization / : / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of mitophagy / autophagy of mitochondrion / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / positive regulation of regulatory T cell differentiation / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / neural tube development / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / オートファジー / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / axoneme / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / マイトファジー / autophagosome assembly / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / viral release from host cell / オートファゴソーム / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of autophagy / positive regulation of protein dephosphorylation / positive regulation of gluconeogenesis / phagocytic vesicle / cellular response to starvation / proteasomal protein catabolic process / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / オートファジー / Wntシグナル経路 / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / GTPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / 細胞分化 / 細胞骨格 / protein ubiquitination / 細胞周期 / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / focal adhesion / apoptotic process / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu M / Wang Y / Su MY / Stjepanovic G | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of the DDB1-AMBRA1 E3 ligase receptor complex linked to cell cycle regulation. 著者: Ming Liu / Yang Wang / Fei Teng / Xinyi Mai / Xi Wang / Ming-Yuan Su / Goran Stjepanovic / 要旨: AMBRA1 is a tumor suppressor protein that functions as a substrate receptor of the ubiquitin conjugation system with roles in autophagy and the cell cycle regulatory network. The intrinsic disorder ...AMBRA1 is a tumor suppressor protein that functions as a substrate receptor of the ubiquitin conjugation system with roles in autophagy and the cell cycle regulatory network. The intrinsic disorder of AMBRA1 has thus far precluded its structural determination. To solve this problem, we analyzed the dynamics of AMBRA1 using hydrogen deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS). The HDX results indicated that AMBRA1 is a highly flexible protein and can be stabilized upon interaction with DDB1, the adaptor of the Cullin4A/B E3 ligase. Here, we present the cryo-EM structure of AMBRA1 in complex with DDB1 at 3.08 Å resolution. The structure shows that parts of the N- and C-terminal structural regions in AMBRA1 fold together into the highly dynamic WD40 domain and reveals how DDB1 engages with AMBRA1 to create a binding scaffold for substrate recruitment. The N-terminal helix-loop-helix motif and WD40 domain of AMBRA1 associate with the double-propeller fold of DDB1. We also demonstrate that DDB1 binding-defective AMBRA1 mutants prevent ubiquitination of the substrate Cyclin D1 in vitro and increase cell cycle progression. Together, these results provide structural insights into the AMBRA1-ubiquitin ligase complex and suggest a mechanism by which AMBRA1 acts as a hub involved in various physiological processes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37752.map.gz | 50.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37752-v30.xml emd-37752.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37752.png | 38 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37752.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_37752_half_map_1.map.gz emd_37752_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37752 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37752 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wqrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37752_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37752_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DDB1-AMBRA1 complex
全体 | 名称: DDB1-AMBRA1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: DDB1-AMBRA1 complex
超分子 | 名称: DDB1-AMBRA1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
分子 | 名称: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.496871 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKVVPEKNAV RILWGRERGA RAMGAQRLLQ ELVEDKTRWM KWEGKRVELP DSPRSTFLLA FSPDRTLLAS THVNHNIYIT EVKTGKCVH SLIGHRRTPW CVTFHPTISG LIASGCLDGE VRIWDLHGGS ESWFTDSNNA IASLAFHPTA QLLLIATANE I HFWDWSRR ...文字列: MKVVPEKNAV RILWGRERGA RAMGAQRLLQ ELVEDKTRWM KWEGKRVELP DSPRSTFLLA FSPDRTLLAS THVNHNIYIT EVKTGKCVH SLIGHRRTPW CVTFHPTISG LIASGCLDGE VRIWDLHGGS ESWFTDSNNA IASLAFHPTA QLLLIATANE I HFWDWSRR EPFAVVKTAS EMERVRLVRF DPLGHYLLTA IVNPSNSNIA NTTYRLQWWD FTKFDLPEIS NASVNVLVQN CK IYNDASC DISADGQLLA AFIPSSQRGF PDEGILAVYS LAPHNLGEML YTKRFGPNAI SVSLSPMGRY VMVGLASRRI LLH PSTEHM VAQVFRLQQA HGGETSMRRV FNVLYPMPAD QRRHVSINSA RWLPEPGLGL AYGTNKGDLV ICRPEALNSG UniProtKB: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1 |
-分子 #2: DNA damage-binding protein 1
分子 | 名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 127.097469 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH UniProtKB: DNA damage-binding protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.96 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 780090 |