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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37697 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SIDT1 protein with C1 symmetry at low pH | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ceramidase / putative RNA and cholesterol transport protein / HYDROLASE (加水分解酵素) | |||||||||
機能・相同性 | RNA transmembrane transporter activity / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / リソソーム / 細胞膜 / SID1 transmembrane family member 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu W / Tang M / Wang J / Zhang X / Wu S / Ru H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural insights into cholesterol transport and hydrolase activity of a putative human RNA transport protein SIDT1. 著者: Wenxia Liu / Mengyuan Tang / Jiening Wang / Fangfang Wang / Gaojie Song / Xiaokang Zhang / Shan Wu / Heng Ru / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37697.map.gz | 140.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37697-v30.xml emd-37697.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37697_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37697.png | 32.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37697.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_37697_half_map_1.map.gz emd_37697_half_map_2.map.gz | 138.2 MB 138.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37697 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37697 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.851 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37697_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37697_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human SIDT1 at low pH
全体 | 名称: human SIDT1 at low pH |
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要素 |
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-超分子 #1: human SIDT1 at low pH
超分子 | 名称: human SIDT1 at low pH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 1
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 99.695211 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH ...文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH FQLRTNVAFH FTASPSQPQY FLYKFPKDVD SVIIKVVSEM AYPCSVVSVQ NIMCPVYDLD HNVEFNGVYQ SM TKKAAIT LQKKDFPGEQ FFVVFVIKPE DYACGGSFFI QEKENQTWNL QRKKNLEVTI VPSIKESVYV KSSLFSVFIF LSF YLGCLL VGFVHYLRFQ RKSIDGSFGS NDGSGNMVAS HPIAASTPEG SNYGTIDESS SSPGRQMSSS DGGPPGQSDT DSSV EESDF DTMPDIESDK NIIRTKMFLY LSDLSRKDRR IVSKKYKIYF WNIITIAVFY ALPVIQLVIT YQTVVNVTGN QDICY YNFL CAHPLGVLSA FNNILSNLGH VLLGFLFLLI VLRRDILHRR ALEAKDIFAV EYGIPKHFGL FYAMGIALMM EGVLSA CYH VCPNYSNFQF DTSFMYMIAG LCMLKLYQTR HPDINASAYS AYASFAVVIM VTVLGVVFGK NDVWFWVIFS AIHVLAS LA LSTQIYYMGR FKIDVSDTDL GIFRRAAMVF YTDCIQQCSR PLYMDRMVLL VVGNLVNWSF ALFGLIYRPR DFASYMLG I FICNLLLYLA FYIIMKLRSS EKVLPVPLFC IVATAVMWAA ALYFFFQNLS SWEGTPAESR EKNRECILLD FFDDHDIWH FLSATALFFS FLVLLTLDDD LDVVRRDQIP VFSRENLYFQ GSGWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSDYKDDDD K UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.52 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |