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万見- EMDB-37642: The structure of PSI-CAC(L-14)of R.salina at 2.7 angstroms resolution -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37642 | |||||||||
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タイトル | The structure of PSI-CAC(L-14)of R.salina at 2.7 angstroms resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | thylakoid membrane / chlorophyll plastid / photosynthesis / oxyphototroph | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhodomonas salina (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang SM / Si L / Li M | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Growth phase-dependent reorganization of cryptophyte photosystem I antennae. 著者: Shumeng Zhang / Long Si / Xiaodong Su / Xuelin Zhao / Xiaomin An / Mei Li / 要旨: Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. ...Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. Cryptophytes go through logarithmic and stationary growth phases, and may adjust their light-harvesting capability according to their particular growth state. How cryptophytes change the type/arrangement of the photosynthetic antenna proteins to regulate their light-harvesting remains unknown. Here we solve four structures of cryptophyte photosystem I (PSI) bound with CACs that show the rearrangement of CACs at different growth phases. We identify a cryptophyte-unique protein, PsaQ, which harbors two chlorophyll molecules. PsaQ specifically binds to the lumenal region of PSI during logarithmic growth phase and may assist the association of PBPs with photosystems and energy transfer from PBPs to photosystems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37642.map.gz | 17.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37642-v30.xml emd-37642.xml | 43.9 KB 43.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37642.png | 59.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37642.cif.gz | 10.5 KB | ||
その他 | emd_37642_half_map_1.map.gz emd_37642_half_map_2.map.gz | 141.1 MB 141.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37642 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37642_validation.pdf.gz | 872.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37642_full_validation.pdf.gz | 872.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37642_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37642_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37642_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37642_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : PSI-CAC
+超分子 #1: PSI-CAC
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #11: PsaO
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit PsaK
+分子 #13: chain s
+分子 #14: cac-c
+分子 #15: cac-a
+分子 #16: cac-b
+分子 #17: cac-h
+分子 #18: cac-f
+分子 #19: cac-e
+分子 #20: cac-l
+分子 #21: cac-k
+分子 #22: cac-i
+分子 #23: cac-d
+分子 #24: cac-g
+分子 #25: PsaR
+分子 #26: cac-n
+分子 #27: PsaQ
+分子 #28: CHLOROPHYLL A
+分子 #29: PHYLLOQUINONE
+分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #31: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tet...
+分子 #32: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #33: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #34: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #35: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #36: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #37: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...
+分子 #38: Chlorophyll c2
+分子 #39: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #40: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86231 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |