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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37535 | |||||||||
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タイトル | Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state | |||||||||
マップデータ | DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state | |||||||||
試料 |
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キーワード | complex / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / structural protein-hydrolase-dna complex (構造) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-mediated transformation / トランスポゾン / chloroplast thylakoid / chromocenter / チラコイド / response to water deprivation / 原形質連絡 / plant-type vacuole / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...DNA-mediated transformation / トランスポゾン / chloroplast thylakoid / chromocenter / チラコイド / response to water deprivation / 原形質連絡 / plant-type vacuole / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 色素体 / 葉緑体 / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / DNA helicase activity / 葉緑体 / response to bacterium / response to wounding / ペルオキシソーム / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / ヘリカーゼ / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / 核小体 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular region / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu Y / Zhang Z / Du J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of chromatin remodelling by DDM1 involved in plant DNA methylation. 著者: Yue Liu / Zhihui Zhang / Hongmiao Hu / Wei Chen / Fan Zhang / Qian Wang / Changshi Wang / Kaige Yan / Jiamu Du / 要旨: Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, ...Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, chromatin remodellers function in various biological processes and possess both conserved and plant-specific components. DECREASE IN DNA METHYLATION 1 (DDM1) is a plant chromatin remodeller that plays a key role in the maintenance DNA methylation. Here we determined the structures of Arabidopsis DDM1 in complex with nucleosome in ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free conformations. We show that DDM1 specifically recognizes the H4 tail and nucleosomal DNA. The conformational differences between ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free DDM1 suggest a chromatin remodelling cycle coupled to ATP binding, hydrolysis and ADP release. This, in turn, triggers conformational changes in the DDM1-bound nucleosomal DNA, which alters the nucleosome structure and promotes DNA sliding. Together, our data reveal the molecular basis of chromatin remodelling by DDM1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37535.map.gz | 6.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37535-v30.xml emd-37535.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37535_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37535.png | 101 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37535.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_37535_half_map_1.map.gz emd_37535_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37535 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half1 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state
ファイル | emd_37535_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state
ファイル | emd_37535_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 map of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state
+超分子 #1: DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state
+分子 #1: Histone H3.1
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A.6
+分子 #4: Histone H2B.6
+分子 #7: ATP-dependent DNA helicase DDM1
+分子 #5: DNA (sense strand)
+分子 #6: DNA (antisense strand)
+分子 #8: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 実像数: 6776 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-8wh9: |