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- EMDB-37511: Cryo-EM structure of the ZAC zinc-activated channel in the Cys-lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37511
タイトルCryo-EM structure of the ZAC zinc-activated channel in the Cys-loop receptor superfamily
マップデータ
試料
  • 複合体: ZAC pentamer
    • タンパク質・ペプチド: ZAC
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードChannel / TRANSPORT PROTEIN
生物種Oryzias latipes (ヒメダカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jin F / Hattori M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the zinc-activated channel (ZAC) in the Cys-loop receptor superfamily.
著者: Fei Jin / Yi-Yu Lin / Ru-Chun Wang / Tang-Xuan Xie / Yimeng Zhao / Cheng Shen / Danqi Sheng / Muneyoshi Ichikawa / Ye Yu / Jin Wang / Motoyuki Hattori /
要旨: Cys-loop receptors are a large superfamily of pentameric ligand-gated ion channels with various physiological roles, especially in neurotransmission in the central nervous system. Among them, zinc- ...Cys-loop receptors are a large superfamily of pentameric ligand-gated ion channels with various physiological roles, especially in neurotransmission in the central nervous system. Among them, zinc-activated channel (ZAC) is a Zn-activated ion channel that is widely expressed in the human body and is conserved among eukaryotes. Due to its gating by extracellular Zn, ZAC has been considered a Zn sensor, but it has undergone minimal structural and functional characterization since its molecular cloning. Among the families in the Cys-loop receptor superfamily, only the structure of ZAC has yet to be determined. Here, we determined the cryo-EM structure of ZAC in the apo state and performed structure-based mutation analyses. We identified a few residues in the extracellular domain whose mutations had a mild impact on Zn sensitivity. The constriction site in the ion-conducting pore differs from the one in other Cys-loop receptor structures, and further mutational analysis identified a key residue that is important for ion selectivity. In summary, our work provides a structural framework for understanding the ion-conducting mechanism of ZAC.
履歴
登録2023年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0774498 - 0.130682
平均 (標準偏差)0.0003635712 (±0.0049640983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ZAC pentamer

全体名称: ZAC pentamer
要素
  • 複合体: ZAC pentamer
    • タンパク質・ペプチド: ZAC
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: ZAC pentamer

超分子名称: ZAC pentamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryzias latipes (ヒメダカ)

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分子 #1: ZAC

分子名称: ZAC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryzias latipes (ヒメダカ)
分子量理論値: 47.255855 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRTPLLVAF LILVLGSGTV DSTCTTRRCL AQMLIDMEML SMPQDENCTL PIYVPFIEYQ TLSVNTKSLR LNSRLRAIVK WTDPQLAWD TSVYPYDAVM LPVDKIWTPV LQVKNGISTN MKHDANDLLV YSNGTVNHEV QINAEINCEV NLFNYPFAGD E CPVAIETF ...文字列:
MKRTPLLVAF LILVLGSGTV DSTCTTRRCL AQMLIDMEML SMPQDENCTL PIYVPFIEYQ TLSVNTKSLR LNSRLRAIVK WTDPQLAWD TSVYPYDAVM LPVDKIWTPV LQVKNGISTN MKHDANDLLV YSNGTVNHEV QINAEINCEV NLFNYPFAGD E CPVAIETF SSGECVTTLI LDQVRSLDGS TGDWQTTYAR LKKQREDRNF IAVGLKINYS SPLMTLLLPT VLIVLADFVS FA LPLHGGG RNGFKVTLVL SFVMFLNLLN SQLPGNGDCS PIIRIHFCIC LVLLVLSMLV SMVLTRLAHD GSLAFFSPSK RQA PQNTKD NEKKDEEELK ADIHVVLPDG PEDVQMLRKV VTFLQRLDDQ KNQNERKHAF ADKLDKIFFL FYVILGLIYM CVML GIMVA YKCEIDHFNF WY

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49759
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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