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万見
- EMDB-37499: Cryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37499
タイトルCryo-EM structure of CRISPR-Csm effector complex from Mycobacterium canettii
マップデータ
試料
  • 複合体: Csm effector complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • RNA: RNA (50-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
キーワードCsm effector complex / Mycobacterium canettii / Cryo-EM structure / Csm1 / Csm2 / Csm3 / Csm4 / Csm5 / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / : / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium canettii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Huo Y / Ma X / Jiang T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2024
タイトル: Type-III-A structure of mycobacteria CRISPR-Csm complexes involving atypical crRNAs.
著者: Hongtai Zhang / Mingmin Shi / Xiaoli Ma / Mengxi Liu / Nenhan Wang / Qiuhua Lu / Zekai Li / Yanfeng Zhao / Hongshen Zhao / Hong Chen / Huizhi Zhang / Tao Jiang / Songying Ouyang / Yangao Huo / Lijun Bi /
要旨: Tuberculosis (TB), a leading cause of mortality globally, is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis that primarily infiltrates the lung. The mature crRNAs in M. ...Tuberculosis (TB), a leading cause of mortality globally, is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis that primarily infiltrates the lung. The mature crRNAs in M. tuberculosis transcribed from the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) locus exhibit an atypical structure featured with 5' and 3' repeat tags at both ends of the intact crRNA, in contrast to typical Type-III-A crRNAs that possess 5' repeat tags and partial crRNA sequences. However, this structural peculiarity particularly concerning the specific binding characteristics of the 3' repeat end within the mature crRNA within the Csm complex, has not been comprehensively elucidated. Here, our Mycobacteria CRISPR-Csm complexes structure represents the largest Csm complex reported to date. It incorporates an atypical Type-III-A CRISPR RNA (crRNA) (46 nt) with 5' 8-nt and 3' 4-nt repeat sequences in the stoichiometry of Mycobacteria Csm12345 The PAM-independent single-stranded RNAs (ssRNAs) are the most suitable substrate for the Csm complex. The 3'-repeat end trimming of mature crRNA was not necessary for its cleavage activity in Type-III-A Csm complex. Our work broadens our understanding of the Type-III-A Csm complex and identifies another mature crRNA processing mechanism in the Type-III-A CRISPR-Cas system based on structural biology.
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.022574814 - 0.054853544
平均 (標準偏差)-0.000013726374 (±0.0015719461)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37499_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37499_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Csm effector complex

全体名称: Csm effector complex
要素
  • 複合体: Csm effector complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm4
    • RNA: RNA (50-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm5
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms protein Csm2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

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超分子 #1: Csm effector complex

超分子名称: Csm effector complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)

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分子 #1: CRISPR system Cms protein Csm4

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)
分子量理論値: 32.26477 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNSRLFRFDV VRTHFGDHGL ESSTIGCPAD TLYSALCVEA LRMGGQQLLD ELVACSTLRL TDLLPYVGPD YLVPKPLKSV RSDSSSLQK KLAKKIGFLP AAQLGSFLDG TADLDDLAAR QTKIGVHAVS AKAAIHNGKK DADPYRVGYF RFEPDAGLWL L ATGSESEL ...文字列:
MNSRLFRFDV VRTHFGDHGL ESSTIGCPAD TLYSALCVEA LRMGGQQLLD ELVACSTLRL TDLLPYVGPD YLVPKPLKSV RSDSSSLQK KLAKKIGFLP AAQLGSFLDG TADLDDLAAR QTKIGVHAVS AKAAIHNGKK DADPYRVGYF RFEPDAGLWL L ATGSESEL GLLTRLLKGI SALGGERTSG FGAFIPTESE VPAALTPTTA AASLMTLTTS LPTDDELEQA LAGATYRLVK RS GFVASAT YAETPRRKRD IYKLAAGSVF SRPFQGGILD VSLGGNHPVY SYARPLFLAL PESAA

UniProtKB: UNIPROTKB: G0TFC1

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分子 #3: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1...

分子名称: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)
分子量理論値: 91.957586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIPALIETVI GCLLHDIGKP VQRAALGYRG RHSAIGRAFV KKIWLRDGRN PSEFADEVYE PDIEVFDRRI LDAISYHHSS ALRTAAENG RLAADAPAYV AYIADNIAAG TDRRKADSDD GQGASTWDSD TPLYSVFNRF GADTANLTFA PEMLDDREPM N IPSARRIE ...文字列:
MIPALIETVI GCLLHDIGKP VQRAALGYRG RHSAIGRAFV KKIWLRDGRN PSEFADEVYE PDIEVFDRRI LDAISYHHSS ALRTAAENG RLAADAPAYV AYIADNIAAG TDRRKADSDD GQGASTWDSD TPLYSVFNRF GADTANLTFA PEMLDDREPM N IPSARRIE FDKYRYTEIV NKLEAVLVDL ECSDTYLASL LNVLEATLSF VPSSTDASEV VDVSLFDHLK LTGALGACIW HY LQATGQS DFKSALFDKQ DTFYNEKAFL LTTFDVSGIQ DFIYTIHSSG AAKMLRARSF YLEMLTEHLI DELLARVGLS RAN LNYSGG GHAYLLLPNT EFARNSLEEF EREANEWLLE NFATWLFIAT GSVPLAANDL MRRPNESGPQ AHDRALRYSG LYRE LSEQL SAKKLARYSA DQLRELNSSD HDGQKGDREC SVCHTVNRTI KTINDLLLCS LCQALTAASQ QIQSESRRFL LISEE SSDG LPLPFGATLT FCSESGAKQA LQQPQTRRLY AKNKFFAGES LGTGLWVGDY VAQMEFGDYV KRASGIARLG VLRLDV DNL GQAFTHGFMK QGNGKFNTIS RTAAFSRMLS LFFRQHINYV LKHPKLRPLT GDDPERSRRA TIIYSGGDDV FVVGAWD DV IEFGIELRER FHEFTQGKLT VSAGIGMFPD KYPISVMARE VGDLEGAAKS LPGKNGVALF DPEFTFRWDE LLSKVIEE K YRHIADYFRC NEERGMAFIY KLLELLDQRG DRITEARWVY FLMRMRGPTD DTTRFQQFAN RLHQWFQDPS DAKQLKTAL HLYIYRNRKE ESE

UniProtKB: UNIPROTKB: G0TFC4

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分子 #4: CRISPR system Cms protein Csm5

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)
分子量理論値: 42.167949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSQYLKPFEL TLRCLGPVFI GSGEKRTPKE YVASTSMVYF PDMERLYADV AAQGKSESFE EFMMNTGKAQ PDERFNEWIA ENGVKVSPK NHGGYGVKIG SIVPGRAHRG RDGQMIQEQR QLNDIHSFIK DVLGNPYVPG SSVKGMLRSI YLQSLVHQRT A QPVRVPGH ...文字列:
MSQYLKPFEL TLRCLGPVFI GSGEKRTPKE YVASTSMVYF PDMERLYADV AAQGKSESFE EFMMNTGKAQ PDERFNEWIA ENGVKVSPK NHGGYGVKIG SIVPGRAHRG RDGQMIQEQR QLNDIHSFIK DVLGNPYVPG SSVKGMLRSI YLQSLVHQRT A QPVRVPGH QTREHRQYGE RFERKELRKS GRPNTRPQDA VNDLFQAIRV TDSPGLRTSD LLICQKMDVN VHGKPDGLPL FR ECLAPGT SISLRVVVDT SPTARGGWPA GERFLETLSD TVAFVNKARY AEYAAKYWDD DPQFGPIVYL GGGAGYRSKT FVT QQDDMA KVLDAQFPKI KHVAKTRDLG VSPLVLKLTK IGDKYYEMGQ CELSIRRAE

UniProtKB: UNIPROTKB: G0TFC0

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分子 #5: CRISPR system Cms protein Csm2

分子名称: CRISPR system Cms protein Csm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)
分子量理論値: 15.006156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSVIQDDYVK QAEQVIRGLP KKNGDFELTT TQLRVLLSLT AQLFDEAQLS SDQNLSPALR DKVQYLRVRF VYQAGREKAV RVFVERAGL LDELAQIGDS RDRLLKFCHY MEALVAYKKF LDPKETSKET E

UniProtKB: UNIPROTKB: G0TFC3

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分子 #6: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

分子名称: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)
分子量理論値: 25.952537 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MITGYAKIEI TGTITVVTGL HIGAGDGFSA IGAVDKPVVR DPLTKWPMIP GTSLKGKVRT LLSRQYGADT ETFYRKPNDD PAQIRRLFG DTKEYKTGRL VFRDTKLTNK DDLEARGAKT LTEVKFENAI NRVTAKANPR QMERVIPGSE FAFSLVYEVS F GTPDEEQK ...文字列:
MITGYAKIEI TGTITVVTGL HIGAGDGFSA IGAVDKPVVR DPLTKWPMIP GTSLKGKVRT LLSRQYGADT ETFYRKPNDD PAQIRRLFG DTKEYKTGRL VFRDTKLTNK DDLEARGAKT LTEVKFENAI NRVTAKANPR QMERVIPGSE FAFSLVYEVS F GTPDEEQK ASLPSSDEII EDFNAIARGL KLLELDYLGG SGTRGYGQVK FSDLKARAAV GTLDRSLLEM LNHELAAV

UniProtKB: UNIPROTKB: G0TFC2

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分子 #2: RNA (50-MER)

分子名称: RNA (50-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium canettii (バクテリア)
分子量理論値: 16.001554 KDa
配列文字列:
ACGGAAACUU AAAACCGUGU UGCACUGCAA CCCGGAAUUC UUGCACGUCG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110023
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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