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万見
- EMDB-37456: Structural organization of the palisade layer in isolated vaccini... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37456
タイトルStructural organization of the palisade layer in isolated vaccinia virus cores
マップデータ
試料
  • ウイルス: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein OPG136
キーワードpoxvirus / assembly / core / palisade layer / A10 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Poxvirus P4A / Poxvirus P4A protein / virion component / structural molecule activity / Major core protein OPG136 precursor
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス) / Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Liu Y / Qu X / Duan M / Shi X / Liu S / Shi Y / Gao GF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-ET reveals A10 protein as a major component of the poxvirus palisade layer
著者: Liu Y / Qu X / Duan M / Shi X / Liu S / Shi Y / Gao GF
履歴
登録2023年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37456.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37456.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 120 pix.
= 480. Å		4 Å/pix.
x 120 pix.
= 480. Å		4 Å/pix.
x 120 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0016
最小 - 最大-0.025322722 - 0.01429427
平均 (標準偏差)0.000042559517 (±0.0008079759)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_37456_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37456_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37456_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia virus Western Reserve

全体名称: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein OPG136

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超分子 #1: Vaccinia virus Western Reserve

超分子名称: Vaccinia virus Western Reserve / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Vaccinia virus was grown in HeLa cells and purified. The resultant mature virions were treated with DTT and NP40 and then purified to yield viral cores.
NCBI-ID: 696871 / 生物種: Vaccinia virus Western Reserve / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Core protein OPG136

分子名称: Core protein OPG136 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (strain Western Reserve) (ウイルス)
分子量理論値: 71.073477 KDa
配列文字列: MMPIKSIVTL DQLEDSEYLF RIVSTVLPHL CLDYKVCDQL KTTFVHPFDI LLNNSLGSVT KQDELQAAIS KLGINYLIDT TSRELKLFN VTLNAGNIDI INTPINISSE TNPIINTHSF YDLPPFTQHL LNIRLTDTEY RARFIGGYIK PDGSDSMDVL A EKKYPDLN ...文字列:
MMPIKSIVTL DQLEDSEYLF RIVSTVLPHL CLDYKVCDQL KTTFVHPFDI LLNNSLGSVT KQDELQAAIS KLGINYLIDT TSRELKLFN VTLNAGNIDI INTPINISSE TNPIINTHSF YDLPPFTQHL LNIRLTDTEY RARFIGGYIK PDGSDSMDVL A EKKYPDLN FDNTYLFNIL YKDVINAPIK EFKAKIVNGV LSRQDFDNLI GVRQYITIQD RPRFDDAYNI ADAARHYGVN LN TLPLPNV DLTTMPTYKH LIMFEQYFIY TYDRVDIYYN GNKMLFDDEI INFTISMRYQ SLIPRLVDFF PDIPVNNNIV LHT RDPQNA AVNVTVALPN VQFVDINRNN KFFINFFNLL AKEQRSTAIK VTKSMFWDGM DYEEYKSKNL QDMMFINSTC YVFG LYNHN NTTYCSILSD IISAEKTPIR VCLLPRVVGG KTVTNLISET LKSISSMTIR EFPRKDKSIM HIGLSETGFM RFFQL LRLM ADKPHETAIK EVVMAYVGIK LGDKGSPYYI RKESYQDFIY LLFASMGFKV TTRRSIMGSN NISIISIRPR VTKQYI VAT LMKTSCSKNE AEKLITSAFD LLNFMVSVSD FRDYQSYRQY RNYCPRYFYA G

UniProtKB: Major core protein OPG136 precursor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 9 / 詳細: 1mM Tris pH 9
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Vaccinia virus was grown in HeLa cells and purified. The resultant mature virions were treated with DTT and NP40 and then purified to yield viral cores. Isolated cores were used as a specimen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector
色収差補正装置: Microscope was equipped with a Cc corrector
エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 2.9 e/Å2 / 詳細: Dose rate 5.2 e-/pixel/s, EER (241 frames/sec)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.13) / 使用したサブトモグラム数: 207056
抽出トモグラム数: 74 / 使用した粒子像数: 572775 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
詳細: Tomograms generated in Warp were denoised and corrected for missing wedge information using IsoNet. Subtomograms were selected by oversampling points at 4 nm distance using a surface model in ...詳細: Tomograms generated in Warp were denoised and corrected for missing wedge information using IsoNet. Subtomograms were selected by oversampling points at 4 nm distance using a surface model in Dynamo. In essence, for each viral core, a 3D surface was generated by fitting manually selected points on the core surface.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: RELION, Dynamo)
詳細: Initially based on particle position on the modelled 3D surface during particle picking in Dynamo, where the in plane rotation angle is randomized. Refinement of particle translation and ...詳細: Initially based on particle position on the modelled 3D surface during particle picking in Dynamo, where the in plane rotation angle is randomized. Refinement of particle translation and orientation was performed in RELION 3.1.3.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8wd7:
Structural organization of the palisade layer in isolated vaccinia virus cores

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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