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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37352 | |||||||||
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タイトル | human co-transcriptional RNA capping enzyme RNGTT | |||||||||
マップデータ | RNGTT-pol II-NELF overall | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / capping / pausing / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA guanylyltransferase activity / NELF complex / positive regulation of protein modification process / inorganic triphosphate phosphatase activity / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity ...RNA guanylyltransferase activity / NELF complex / positive regulation of protein modification process / inorganic triphosphate phosphatase activity / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / mRNA 5'-phosphatase / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / polynucleotide 5'-phosphatase activity / negative regulation of stem cell differentiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / : / : / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / organelle membrane / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of macroautophagy / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 7-methylguanosine mRNA capping / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / localization / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / 転写後修飾 / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / 脱リン酸化 / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation by RNA polymerase II / 細胞分化 / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / P-body / ribonucleoside binding / 核小体 / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / mRNA guanylyltransferase activity / chromatin organization / single-stranded DNA binding / mRNA guanylyltransferase / cell population proliferation / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / molecular adaptor activity / single-stranded RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Y / Wang Q / Xu Y / Li Z | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Strcutures of co-transcriptional RNA capping enzymes on paused transcription complex 著者: Li Y / Wang Q / Xu Y / Li Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37352.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37352-v30.xml emd-37352.xml | 49 KB 49 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37352.png | 99.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37352.cif.gz | 12.4 KB | ||
その他 | emd_37352_additional_1.map.gz emd_37352_additional_2.map.gz emd_37352_half_map_1.map.gz emd_37352_half_map_2.map.gz | 927.6 KB 416.3 KB 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37352 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37352 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8w8eMC 8w8fC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | RNGTT-pol II-NELF overall | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.334 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: halfRNGTT-pol II stalk-RNA exit channel local map
ファイル | emd_37352_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfRNGTT-pol II stalk-RNA exit channel local map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RNGTT local map
ファイル | emd_37352_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RNGTT local map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_37352_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_37352_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human co-transcriptional RNA capping enzyme RNGTT
+超分子 #1: human co-transcriptional RNA capping enzyme RNGTT
+超分子 #2: DNA-directed RNA polimerase
+超分子 #3: DNA,RNA
+超分子 #4: Negative elongation factor, transcription elongation factor, mRNA...
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
+分子 #12: RPB12
+分子 #16: Negative elongation factor A
+分子 #17: Negative elongation factor B
+分子 #18: Negative elongation factor C/D
+分子 #19: Negative elongation factor E
+分子 #20: Transcription elongation factor SPT4
+分子 #21: Transcription elongation factor SPT5
+分子 #22: mRNA-capping enzyme
+分子 #13: DNA (36-MER)
+分子 #15: DNA (45-MER)
+分子 #14: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*C...
+分子 #23: MAGNESIUM ION
+分子 #24: ZINC ION
+分子 #25: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69000 |