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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3733 | |||||||||
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タイトル | Minor class in a preparation of mitochondrial complex I set in the deactive state | |||||||||
マップデータ | A minor class found in a preparation of mitochondrial complex I set in the deactive state. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Blaza JN / Vinothkumar KR / Hirst J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Structure of the Deactive State of Mammalian Respiratory Complex I. 著者: James N Blaza / Kutti R Vinothkumar / Judy Hirst / 要旨: Complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase) is central to energy metabolism in mammalian mitochondria. It couples NADH oxidation by ubiquinone to proton transport across the energy-conserving inner ...Complex I (NADH:ubiquinone oxidoreductase) is central to energy metabolism in mammalian mitochondria. It couples NADH oxidation by ubiquinone to proton transport across the energy-conserving inner membrane, catalyzing respiration and driving ATP synthesis. In the absence of substrates, active complex I gradually enters a pronounced resting or deactive state. The active-deactive transition occurs during ischemia and is crucial for controlling how respiration recovers upon reperfusion. Here, we set a highly active preparation of Bos taurus complex I into the biochemically defined deactive state, and used single-particle electron cryomicroscopy to determine its structure to 4.1 Å resolution. We show that the deactive state arises when critical structural elements that form the ubiquinone-binding site become disordered, and we propose reactivation is induced when substrate binding to the NADH-reduced enzyme templates their reordering. Our structure both rationalizes biochemical data on the deactive state and offers new insights into its physiological and cellular roles. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3733.map.gz | 166.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3733-v30.xml emd-3733.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3733_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3733.png | 62.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3733 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3733_validation.pdf.gz | 315.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3733_full_validation.pdf.gz | 314.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3733_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3733 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A minor class found in a preparation of mitochondrial complex I set in the deactive state. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Minor class found in a preparation of mitochondrial complex I set...
全体 | 名称: Minor class found in a preparation of mitochondrial complex I set in the deactive state |
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要素 |
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-超分子 #1: Minor class found in a preparation of mitochondrial complex I set...
超分子 | 名称: Minor class found in a preparation of mitochondrial complex I set in the deactive state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 実験値: 1.0 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.55 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / 詳細: The grid was PEGylated before use | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Monodisperse bovine mitochondrial complex I isolated in the detergent cymal-7 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2954 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 101499 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |