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- EMDB-37321: CryoEM structure of NaDC1 in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37321
タイトルCryoEM structure of NaDC1 in apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of NaDC1 in apo state
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 13 member 2
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードNaDC1 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity sodium:dicarboxylate symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / fumarate transmembrane transporter activity / fumarate transport / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / succinate transmembrane transport / succinate transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion ...low-affinity sodium:dicarboxylate symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / fumarate transmembrane transporter activity / fumarate transport / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / succinate transmembrane transport / succinate transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 13 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chi X / Chen Y / Li Y / Zhang Y / Shen Y / Wang Z / Yan R
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32100975 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of the human NaS1 and NaDC1 transporters revealed the elevator transport and allosteric regulation mechanism.
著者: Ximin Chi / Yiming Chen / Yaning Li / Lu Dai / Yuanyuan Zhang / Yaping Shen / Yun Chen / Tianhao Shi / Haonan Yang / Zilong Wang / Renhong Yan /
要旨: The solute carrier 13 (SLC13) family comprises electrogenic sodium ion-coupled anion cotransporters, segregating into sodium ion-sulfate cotransporters (NaSs) and sodium ion-di- and-tricarboxylate ...The solute carrier 13 (SLC13) family comprises electrogenic sodium ion-coupled anion cotransporters, segregating into sodium ion-sulfate cotransporters (NaSs) and sodium ion-di- and-tricarboxylate cotransporters (NaDCs). NaS1 and NaDC1 regulate sulfate homeostasis and oxidative metabolism, respectively. NaS1 deficiency affects murine growth and fertility, while NaDC1 affects urinary citrate and calcium nephrolithiasis. Despite their importance, the mechanisms of substrate recognition and transport remain insufficiently characterized. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structures of human NaS1, capturing inward-facing and combined inward-facing/outward-facing conformations within a dimer both in apo and sulfate-bound states. In addition, we elucidated NaDC1's outward-facing conformation, encompassing apo, citrate-bound, and -(-amylcinnamoyl) anthranilic acid (ACA) inhibitor-bound states. Structural scrutiny illuminates a detailed elevator mechanism driving conformational changes. Notably, the ACA inhibitor unexpectedly binds primarily anchored by transmembrane 2 (TM2), Loop 10, TM11, and TM6a proximate to the cytosolic membrane. Our findings provide crucial insights into SLC13 transport mechanisms, paving the way for future drug design.
履歴
登録2023年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37321.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.13039485 - 0.27430713
平均 (標準偏差)-0.00006161692 (±0.006258897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37321_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37321_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of NaDC1 in apo state

全体名称: Structure of NaDC1 in apo state
要素
  • 複合体: Structure of NaDC1 in apo state
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 13 member 2
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Structure of NaDC1 in apo state

超分子名称: Structure of NaDC1 in apo state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 13 member 2

分子名称: Solute carrier family 13 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.93425 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGRMATCWQA LWAYRSYLIV FFVPILLLPL PILVPSKEAY CAYAIILMAL FWCTEALPLA VTALFPLILF PMMGIVDAS EVAVEYLKDS NLLFFGGLLV AIAVEHWNLH KRIALRVLLI VGVRPAPLIL GFMLVTAFLS MWISNTATSA M MVPIAHAV ...文字列:
MADYKDDDDK SGRMATCWQA LWAYRSYLIV FFVPILLLPL PILVPSKEAY CAYAIILMAL FWCTEALPLA VTALFPLILF PMMGIVDAS EVAVEYLKDS NLLFFGGLLV AIAVEHWNLH KRIALRVLLI VGVRPAPLIL GFMLVTAFLS MWISNTATSA M MVPIAHAV LDQLHSSQAS SNVEEGSNNP TFELQEPSPQ KEVTKLDNGQ ALPVTSASSE GRAHLSQKHL HLTQCMSLCV CY SASIGGI ATLTGTAPNL VLQGQINSLF PQNGNVVNFA SWFSFAFPTM VILLLLAWLW LQILFLGFNF RKNFGIGEKM QEQ QQAAYC VIQTEHRLLG PMTFAEKAIS ILFVILVLLW FTREPGFFLG WGNLAFPNAK GESMVSDGTV AIFIGIIMFI IPSK FPGLT QDPENPGKLK APLGLLDWKT VNQKMPWNIV LLLGGGYALA KGSERSGLSE WLGNKLTPLQ SVPAPAIAII LSLLV ATFT ECTSNVATTT IFLPILASMA QAICLHPLYV MLPCTLATSL AFMLPVATPP NAIVFSFGDL KVLDMARAGF LLNIIG VLV IALAINSWGI PLFSLHSFPS WAQSNTTAQC LPSLANTTTP SP

UniProtKB: Solute carrier family 13 member 2

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 461481
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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