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- EMDB-3727: RNA polymerase I pre-initiation complex -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3727
タイトルRNA polymerase I pre-initiation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • DNA: x 2種
  • 複合体: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
  • 複合体: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / regulation of cell size / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / TBP-class protein binding / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / ribosome biogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 ...RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor RRN3 / Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / : / : / : / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn11 / Rrn6, beta-propeller / RRN6, K-rich C-terminal domain / Rrn6, helical bundle domain / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Sadian Y / Tafur L / Kosinski J / Jakobi AJ / Wetzel R / Buczak K / Hagen WJH / Beck M / Sachse C / Muller CW
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: Structural insights into transcription initiation by yeast RNA polymerase I.
著者: Yashar Sadian / Lucas Tafur / Jan Kosinski / Arjen J Jakobi / Rene Wetzel / Katarzyna Buczak / Wim Jh Hagen / Martin Beck / Carsten Sachse / Christoph W Müller /
要旨: In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of ...In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of a multi-subunit pre-initiation complex (PIC) at the ribosomal RNA promoter. In yeast, the minimal PIC includes Pol I, the transcription factor Rrn3, and Core Factor (CF) composed of subunits Rrn6, Rrn7, and Rrn11. Here, we present the cryo-EM structure of the 18-subunit yeast Pol I PIC bound to a transcription scaffold. The cryo-EM map reveals an unexpected arrangement of the DNA and CF subunits relative to Pol I. The upstream DNA is positioned differently than in any previous structures of the Pol II PIC. Furthermore, the TFIIB-related subunit Rrn7 also occupies a different location compared to the Pol II PIC although it uses similar interfaces as TFIIB to contact DNA. Our results show that although general features of eukaryotic transcription initiation are conserved, Pol I and Pol II use them differently in their respective transcription initiation complexes.
履歴
登録2017年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月31日-
マップ公開2017年7月26日-
更新2018年3月28日-
現状2018年3月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5oa1
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3727.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.037984867 - 0.06979046
平均 (標準偏差)0.00024136012 (±0.0025315944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.800388.800388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0380.0700.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...

全体名称: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
要素
  • 複合体: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
    • タンパク質・ペプチド: RPA1_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
    • タンパク質・ペプチド: RPA2_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
    • タンパク質・ペプチド: RPA49_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit
    • タンパク質・ペプチド: RPA43_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit
    • タンパク質・ペプチド: RPAC1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
    • タンパク質・ペプチド: RPA34_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
    • タンパク質・ペプチド: RPAB1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • タンパク質・ペプチド: RPAB2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: RPAC2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
    • タンパク質・ペプチド: RPAB3_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: RPA14_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14
    • タンパク質・ペプチド: RPA12_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
    • タンパク質・ペプチド: RPAB4_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • タンパク質・ペプチド: RPAB5_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: RRN3_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
    • タンパク質・ペプチド: RRN6_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
    • タンパク質・ペプチド: RRN7_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
    • タンパク質・ペプチド: RRN11_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
    • DNA: non-template DNA strand
    • DNA: template DNA strand
  • 複合体: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
  • 複合体: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold

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超分子 #1: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...

超分子名称: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 875 MDa

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超分子 #2: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...

超分子名称: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #3: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...

超分子名称: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 and transcription scaffold
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #19-#20
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: RPA1_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190

分子名称: RPA1_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDE KFCPGHQGHI ELPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA C KLRLLQYG LIDESYKLDE ITLGSLNSSM YTDDEAIEDN EDEMDGEGSK ...文字列:
MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDE KFCPGHQGHI ELPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA C KLRLLQYG LIDESYKLDE ITLGSLNSSM YTDDEAIEDN EDEMDGEGSK QSKDISSTLL NE LKSKRSE YVDMAIAKAL SDGRTTERGS FTATVNDERK KLVHEFHKKL LSRGKCDNCG MFS PKFRKD GFTKIFETAL NEKQITNNRV KGFIRQDMIK KQKQAKKLDG SNEASANDEE SFDV GRNPT TRPKTGSTYI LSTEVKNILD TVFRKEQCVL QYVFHSRPNL SRKLVKADSF FMDVL VVPP TRFRLPSKLG EEVHENSQNQ LLSKVLTTSL LIRDLNDDLS KLQKDKVSLE DRRVIF SRL MNAFVTIQND VNAFIDSTKA QGRTSGKVPI PGVKQALEKK EGLFRKHMMG KRVNYAA RS VISPDPNIET NEIGVPPVFA VKLTYPEPVT AYNIAELRQA VINGPDKWPG ATQIQNED G SLVSLIGMSV EQRKALANQL LTPSSNVSTH TLNKKVYRHI KNRDVVLMNR QPTLHKASM MGHKVRVLPN EKTLRLHYAN TGAYNADFDG DEMNMHFPQN ENARAEALNL ANTDSQYLTP TSGSPVRGL IQDHISAGVW LTSKDSFFTR EQYQQYIYGC IRPEDGHTTR SKIVTLPPTI F KPYPLWTG KQIITTVLLN VTPPDMPGIN LISKNKIKNE YWGKGSLENE VLFKDGALLC GI LDKSQYG ASKYGIVHSL HEVYGPEVAA KVLSVLGRLF TNYITATAFT CGMDDLRLTA EGN KWRTDI LKTSVDTGRE AAAEVTNLDK DTPADDPELL KRLQEILRDN NKSGILDAVT SSKV NAITS QVVSKCVPDG TMKKFPCNSM QAMALSGAKG SNVNVSQIMC LLGQQALEGR RVPVM VSGK TLPSFKPYET DAMAGGYVKG RFYSGIKPQE YYFHCMAGRE GLIDTAVKTS RSGYLQ RCL TKQLEGVHVS YDNSIRDADG TLVQFMYGGD AIDITKESHM TQFEFCLDNY YALLKKY NP SALIEHLDVE SALKYSKKTL KYRKKHSKEP HYKQSVKYDP VLAKYNPAKY LGSVSENF Q DKLESFLDKN SKLFKSSDGV NEKKFRALMQ LKYMRSLINP GEAVGIIASQ SVGEPSTQM TLNTFHFAGH GAANVTLGIP RLREIVMTAS AAIKTPQMTL PIWNDVSDEQ ADTFCKSISK VLLSEVIDK VIVTETTGTS NTAGGNAARS YVIHMRFFDN NEYSEEYDVS KEELQNVISN Q FIHLLEAA IVKEIKKQKR TTGPDIGVAV PRLQTDVANS SSNSKRLEED NDEEQSHKKT KQ AVSYDEP DEDEIETMRE AEKSSDEEGI DSDKESDSDS EDEDVDMNEQ INKSIVEANN NMN KVQRDR QSAIISHHRF ITKYNFDDES GKWCEFKLEL AADTEKLLMV NIVEEICRKS IIRQ IPHID RCVHPEPENG KRVLVTEGVN FQAMWDQEAF IDVDGITSND VAAVLKTYGV EAARN TIVN EINNVFSRYA ISVSFRHLDL IADMMTRQGT YLAFNRQGME TSTSSFMKMS YETTCQ FLT KAVLDNEREQ LDSPSARIVV GKLNNVGTGS FDVLAKVPNA A

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分子 #2: RPA2_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135

分子名称: RPA2_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIG EKVIFDGKPL NSEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER K VYPSESRQ RLTSYRGKLL LKLKWSVNNG EENLFEVRDC GGLPVMLQSN ...文字列:
MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIG EKVIFDGKPL NSEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER K VYPSESRQ RLTSYRGKLL LKLKWSVNNG EENLFEVRDC GGLPVMLQSN RCHLNKMSPY EL VQHKEES DEIGGYFIVN GIEKLIRMLI VQRRNHPMAI IRPSFANRGA SYSHYGIQIR SVR PDQTSQ TNVLHYLNDG QVTFRFSWRK NEYLVPVVMI LKALCHTSDR EIFDGIIGND VKDS FLTDR LELLLRGFKK RYPHLQNRTQ VLQYLGDKFR VVFQASPDQS DLEVGQEVLD RIVLV HLGK DGSQDKFRML LFMIRKLYSL VAGECSPDNP DATQHQEVLL GGFLYGMILK EKIDEY LQN IIAQVRMDIN RGMAINFKDK RYMSRVLMRV NENIGSKMQY FLSTGNLVSQ SGLDLQQ VS GYTVVAEKIN FYRFISHFRM VHRGSFFAQL KTTTVRKLLP ESWGFLCPVH TPDGSPCG L LNHFAHKCRI STQQSDVSRI PSILYSLGVA PASHTFAAGP SLCCVQIDGK IIGWVSHEQ GKIIADTLRY WKVEGKTPGL PIDLEIGYVP PSTRGQYPGL YLFGGHSRML RPVRYLPLDK EDIVGPFEQ VYMNIAVTPQ EIQNNVHTHV EFTPTNILSI LANLTPFSDF NQSPRNMYQC Q MGKQTMGT PGVALCHRSD NKLYRLQTGQ TPIVKANLYD DYGMDNFPNG FNAVVAVISY TG YDMDDAM IINKSADERG FGYGTMYKTE KVDLALNRNR GDPITQHFGF GNDEWPKEWL EKL DEDGLP YIGTYVEEGD PICAYFDDTL NKTKIKTYHS SEPAYIEEVN LIGDESNKFQ ELQT VSIKY RIRRTPQIGD KFSSRHGQKG VCSRKWPTID MPFSETGIQP DIIINPHAFP SRMTI GMFV ESLAGKAGAL HGIAQDSTPW IFNEDDTPAD YFGEQLAKAG YNYHGNEPMY SGATGE ELR ADIYVGVVYY QRLRHMVNDK FQVRSTGPVN SLTMQPVKGR KRHGGIRVGE MERDALI GH GTSFLLQDRL LNSSDYTQAS VCRECGSILT TQQSVPRIGS ISTVCCRRCS MRFEDAKK L LTKSEDGEKI FIDDSQIWED GQGNKFVGGN ETTTVAIPFV LKYLDSELSA MGIRLRYNV EPK

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分子 #3: RPA49_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit

分子名称: RPA49_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSS SQASNQYVVG LFNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT R PSALRNAL GEAFGTKKAK KAIADLERNR IDSDKLTDSA IDIVDSVRTA ...文字列:
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分子 #4: RPA43_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit

分子名称: RPA43_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQVKRANEN RETARFIKKH KKQVTNPIDE KNGTSNCIVR VPIALYVSLA PMYLENPLQG VMKQHLNPL VMKYNNKVGG VVLGYEGLKI LDADPLSKED TSEKLIKITP DTPFGFTWCH V NLYVWQPQ VGDVLEGYIF IQSASHIGLL IHDAFNASIK KNNIPVDWTF ...文字列:
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分子 #5: RPAC1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: RPAC1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MSNIVGIEYN RVTNTTSTDF PGFSKDAENE WNVEKFKKDF EVNISSLDAR EANFDLINID TSIANAFRR IMISEVPSVA AEYVYFFNNT SVIQDEVLAH RIGLVPLKVD PDMLTWVDSN L PDDEKFTD ENTIVLSLNV KCTRNPDAPK GSTDPKELYN NAHVYARDLK FEPQGRQSTT FA DCPVVPA DPDILLAKLR PGQEISLKAH CILGIGGDHA KFSPVSTASY RLLPQINILQ PIK GESARR FQKCFPPGVI GIDEGSDEAY VKDARKDTVS REVLRYEEFA DKVKLGRVRN HFIF NVESA GAMTPEEIFF KSVRILKNKA EYLKNCPITQ

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分子 #6: RPA34_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

分子名称: RPA34_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKS LPVDFESSTT MTIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL K IASTAKDN APLQFDKVFS VSETAKIPAI DYSKVRVPRK DVPKVEGLKL EHFATGYDAE DF HVAEEVK ENKKEPKKRS HHDDEEESSE KKKKKKEKRE KREKKDKKDK KKKHRD

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分子 #7: RPAB1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: RPAB1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESI SKFPDMGSLW VEFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS A MKLVPSIP PATIETFNEA ALVVNITHHE LVPKHIRLSS DEKRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESI SKFPDMGSLW VEFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS A MKLVPSIP PATIETFNEA ALVVNITHHE LVPKHIRLSS DEKRELLKRY RLKESQLPRI QR ADPVALY LGLKRGEVVK IIRKSETSGR YASYRICM

+
分子 #8: RPAB2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: RPAB2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTL KEKAIPKDQR ATTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR I AMKELAEK KIPLVIRRYL PDGSFEDWSV EELIVDL

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分子 #9: RPAC2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: RPAC2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTEDIEQKKT ATEVTPQEPK HIQEEEEQDV DMTGDEEQEE EPDREKIKLL TQATSEDGTS ASFQIVEED HTLGNALRYV IMKNPDVEFC GYSIPHPSEN LLNIRIQTYG ETTAVDALQK G LKDLMDLC DVVESKFTEK IKSM

+
分子 #10: RPAB3_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: RPAB3_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTP ANDSSATRSW RPPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG G LLMRLEGN YRNLNNLKQE NAYLLIRR

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分子 #11: RPA14_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14

分子名称: RPA14_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MMKGSRRTGN NTATTLNTPV VIHATQLPQH VSTDEVLQFL ESFIDEKENI IDSTTMNTIS GNAADADAA AVANTSLNID TNLSSSISQL KRIQRDFKGL PPAQDFSAAP IQVSTTEKKE T SIGVSATG GKKTTFADE

+
分子 #12: RPA12_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

分子名称: RPA12_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSVVGSLIFC LDCGDLLENP NAVLGSNVEC SQCKAIYPKS QFSNLKVVTT TADDAFPSSL RAKKSVVKT SLKKNELKDG ATIKEKCPQC GNEEMNYHTL QLRSADEGAT VFYTCTSCGY K FRTNN

+
分子 #13: RPAB4_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: RPAB4_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEA R

+
分子 #14: RPAB5_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: RPAB5_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKR D

+
分子 #15: RRN3_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fac...

分子名称: RRN3_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MMAFENTSKR PPQDFVAPID QKKRKVQFSD STGLVTLQPE EIKDEVFSAA MYSRFVKSAL DDLDKNDST QIGIIANQVA LPSKNPERIN DKNLNILLDI LSSNINRIES SRGTFLIQSI I NFEKWWEL PPHTLSKYIY FIKILCSSIP KWWQDVSMIL VSCFILPIKQ ...文字列:
MMAFENTSKR PPQDFVAPID QKKRKVQFSD STGLVTLQPE EIKDEVFSAA MYSRFVKSAL DDLDKNDST QIGIIANQVA LPSKNPERIN DKNLNILLDI LSSNINRIES SRGTFLIQSI I NFEKWWEL PPHTLSKYIY FIKILCSSIP KWWQDVSMIL VSCFILPIKQ TVCHHDMLKY FL RMIPSSM GFIDTYLAKF FPNKNDTRRK LVNYTSNLLK LRGYCSELGF QIWSLLIEKI ISI DVELQN ELDELDDDVD DDDLEEVDLE DDDDLDDDSG DDDDENCGNS NEELRSGAAD GSQS DSEDM DIIEGMDGTE EYNVELTQGI KELSTKLDSI LTLVSTHVEE QVTPESLESG EGVGV FNTL TTLFKTHVLP TYYTRSIQYI MFHVSQQQLE LMDSFLVTLI DISFAVNEAA EKKIKS LQY LGSYIARAKK LSRTQIIFVA SYLTSWLNRY VIEREEEVDQ RGGMERFKHF YAAFQAL CY IFCFRHNIFR DTDGNWECEL DKFFQRMVIS KFNPLKFCNE NVMLMFARIA QQESVAYC F SIIENNNNER LRGIIGKADS DKKENSAQAN TTSSSWSLAT RQQFIDLQSY FPYDPLFLK NYKILMKEYY IEWSEASGEY ESDGSDD

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分子 #16: RRN6_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fac...

分子名称: RRN6_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM ...文字列:
MSEGQIPSSD VLGSQLGVGV QGASLYCPQE NYTTKKQEKP QWLRPVDDTL AEDALDLHIV VKSLLCDTA IRYISDDKVL QESDADDDLI TSDIDEDTDN QGDTSIVVNP VIPVVPKDVH F FKKVDVGN DSMFGVNCDT PVSFQDYIPS DLLRNLDDTL QESTNSSRPM QDAFFWDPTV AN RLDSQYI QTASDLRNYR DGTEIIAYAS GKTGSVLNIA VLTRQNTLHL NRHNNVTSIE LHS PIKSIK IPGASESIGR RSNLVGIITE NSFQIFRIES VHSRSCDVMV SSSEPLYFVE IDDL QVVDF AFNPWDLQQF AIIDIKGNWS IGRIPKNFNN NNKRKLQLID NLHGTIFDPE ELSSW KRIE WFSHFQKILV FDRSKMIEID FMNNWQTEVV QAKAWSNIRD YKRIDDKNGI LLTSRE III VGASESNDPV RRISWKHDLD PDDTTLRITV QKVKKPDHIL LVAFVYSMRH KRIYMHV FS HRKANLFQSL GCSTVLEIPG GTPTGIETIL TLDHIDDESR REEDADENFE LVVDFLVK L RNSSEVYYYA LSNTQNSEPN KQETPIIVDH PEWASLFNNA DEREKESIGA LVSQIKLKE RERISRVQNL IEHENSHDED KYLQDLGYRL SIATNELLES WQKTKDESIL SGSLSHSKLK NLLENSDSF ASIPEFSSLL DQFFQYYQDQ DVTFIGFEKL LHLFLHEDVP GLDIFYNKLL Q CWVLVSPQ AELLTKEIVK DIIWSLARLE KPSLFEPIQN EISRSLSGPY QDIISSWDMD DI NEEDESN EFNFDSQFSA PFNGRPPFNL NSQSQIPTIK SSQSSGLARR KRILKTQSQK ATP LSQSTQ NLSVLPDSMT PAFTLMQPPS SQISFVNDSQ PRNSQKAKKK KKRIRGFG

+
分子 #17: RRN7_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fac...

分子名称: RRN7_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA ...文字列:
MSTFIRGPIC GTDNCPSRLW RIIDGRRTCQ YGHVMEGDVE FNDDEDDLNG LGAGVITRRL NLTTNATGS FQSSQLTNSQ LLQQQQRQSH KKFKKLIGHE AKLLFLKSFQ FILKRQIRWL I TEMRFPKE FEHVAKIIWL KILKTINDQP QEELKLQLHM TSTISILYLA STHLSLPVYT CD YIKWICT AKMPYFQASE ILPKSWRIQL PNYYVSILEG SISPFNGQLY NKIALTCGMI HFK EFFNSE ISCQGLLLKL VMQCALPPEF YFYTKQVIEF EETDIRNLTL WERTDERHTG RVSN HAELR VLSYFMLTIN WMLSFDRDRQ YPLKWILSLT ESLTQRTTTS ESIGRNIVKV VYPDK PTSS DYFQWSEEET LEFLKWMEKQ FLPTQTKSLH NENGSMEMTI DQKIARRKLY KIFPLD REA NHDGEFNDST HQLTFIEDLQ ERYAKQTPFF ESNKIRDSLN YQEANPPARK EAIGRLL TH IASQLLVDFA ISKEQLKDCI SRIKNACLHR MN

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分子 #18: RRN11_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fa...

分子名称: RRN11_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI ...文字列:
MFEVPITLTN RKFAQRRKLK YQYINYISRR FDRISKKSTT TDSLPTPENS AAENNDEEEG QNSEAGTYR RSVLQQKKRR RERHWRSVVG EIYSTTESET DSQEEETEEG GEHDTGIDKE D SDEERKFW KKYEKPEKSF EIWRTVSSQN KQPINKQKMT YHNFKKIEKI PLRKMEIPLL HC TKENKLY FQSISRGLEP LKTSTSEVRN YRTRHIVTLT DLLHLNVSRH NWSLAYKIFA TLI RIPGVQ IKSLWGIGVE ILDNLSNSSS GLDFLQWMCQ IYSSKSRFVQ NINYRSIVPP FQTG SRTHT AKFAITYLWS SLINCQKSME PSSNIIDKPF DTENDLLQEL IDKISEWVLT PPFME DAEV WFIYASCHLL KADTLSRQFV NDNKNNDLIG LDRDIKINQV IKHIHYVRTF LKICLD KGG FAVPSRLIEN QLKSFESRLY GEAQDIQERD VANVYDSIDN SSVENSFGDV YETNAEF LD TQLMDLSPED NGLDEMHYSD EDSSE

+
分子 #19: non-template DNA strand

分子名称: non-template DNA strand / タイプ: dna / ID: 19 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
GGTTTAGTCA TGGAGTACAA GTGTGAGGAA AAGTAGTTGG CGTAGCAGGA GAAGTAAAGC AGTTGAAGAC

+
分子 #20: template DNA strand

分子名称: template DNA strand / タイプ: dna / ID: 20 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CCAAATCAGT ACCTCATGTT CACACTCCTT TTCATCAACC CTCCATGAAG TACGCTTTCG TCAACTTCTG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 4235 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 38589
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る