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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3711 | |||||||||
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タイトル | Negative-stain surface of human SorCS3 dimer | |||||||||
マップデータ | Negative-stain surface of human SorCS3 dimer | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Moeller A / Januliene D | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Hidden Twins: SorCS Neuroreceptors Form Stable Dimers. 著者: Dovile Januliene / Arulmani Manavalan / Peter Lund Ovesen / Karen-Marie Pedersen / Søren Thirup / Anders Nykjær / Arne Moeller / 要旨: SorCS1, SorCS2 and SorCS3 belong to the Vps10p-domain family of multiligand receptors. Genetic and functional studies have linked SorCS receptors to psychiatric disorders, Alzheimer's disease and ...SorCS1, SorCS2 and SorCS3 belong to the Vps10p-domain family of multiligand receptors. Genetic and functional studies have linked SorCS receptors to psychiatric disorders, Alzheimer's disease and type 2 diabetes, demonstrating critical roles in neuronal functionality and metabolic control. Surprisingly, their structural composition has so far not been studied. Here we have characterized SorCS1, SorCS2 and SorCS3 using biochemical methods and electron microscopy. We found that their purified extracellular domains co-exist in stable dimeric and monomeric populations. This was supported by co-immunoprecipitation experiments, where membrane-bound dimers were successfully pulled down from cell lysate. While dimers were virtually unbreakable, dimerization of the monomeric population was promoted through enzymatic deglycosylation. We conclude that post-translational modifications, specifically the degree and pattern of glycosylation, regulate the oligomeric state of the protein. Hence, cells may dictate ligand specificity by controlling the ratio between monomers and dimers and, therefore, regulate the multiple functions of SorCS receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3711.map.gz | 881.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3711-v30.xml emd-3711.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3711.png | 32.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3711 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3711 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3711_validation.pdf.gz | 191.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3711_full_validation.pdf.gz | 190.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3711_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3711 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3711 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative-stain surface of human SorCS3 dimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : hSorCS3
全体 | 名称: hSorCS3 |
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要素 |
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-超分子 #1: hSorCS3
超分子 | 名称: hSorCS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |