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万見
- EMDB-37105: ATP-bound hMRP5 outward-open -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37105
タイトルATP-bound hMRP5 outward-open
マップデータ
試料
  • 複合体: ATP-bound hMRP5 outward-open
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードATP-bound hMRP5 outward-open / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleotide transport / macromolecule transmembrane transporter activity / cGMP transport / carbohydrate derivative transmembrane transporter activity / Hyaluronan biosynthesis and export / folate transmembrane transport / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / heme transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport ...purine nucleotide transport / macromolecule transmembrane transporter activity / cGMP transport / carbohydrate derivative transmembrane transporter activity / Hyaluronan biosynthesis and export / folate transmembrane transport / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / heme transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / glutathione transmembrane transporter activity / heme transmembrane transport / hyaluronan biosynthetic process / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / ABC-type xenobiotic transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / Azathioprine ADME / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / Golgi lumen / basolateral plasma membrane / endosome membrane / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...: / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Liu ZM / Huang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Inhibition and transport mechanisms of the ABC transporter hMRP5.
著者: Ying Huang / Chenyang Xue / Ruiqian Bu / Cang Wu / Jiachen Li / Jinqiu Zhang / Jinyu Chen / Zhaoying Shi / Yonglong Chen / Yong Wang / Zhongmin Liu /
要旨: Human multidrug resistance protein 5 (hMRP5) effluxes anticancer and antivirus drugs, driving multidrug resistance. To uncover the mechanism of hMRP5, we determine six distinct cryo-EM structures, ...Human multidrug resistance protein 5 (hMRP5) effluxes anticancer and antivirus drugs, driving multidrug resistance. To uncover the mechanism of hMRP5, we determine six distinct cryo-EM structures, revealing an autoinhibitory N-terminal peptide that must dissociate to permit subsequent substrate recruitment. Guided by these molecular insights, we design an inhibitory peptide that could block substrate entry into the transport pathway. We also identify a regulatory motif, comprising a positively charged cluster and hydrophobic patches, within the first nucleotide-binding domain that modulates hMRP5 localization by engaging with membranes. By integrating our structural, biochemical, computational, and cell biological findings, we propose a model for hMRP5 conformational cycling and localization. Overall, this work provides mechanistic understanding of hMRP5 function, while informing future selective hMRP5 inhibitor development. More broadly, this study advances our understanding of the structural dynamics and inhibition of ABC transporters.
履歴
登録2023年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å		0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.381
最小 - 最大-1.5642548 - 3.0029867
平均 (標準偏差)0.014198669 (±0.08973193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37105_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37105_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATP-bound hMRP5 outward-open

全体名称: ATP-bound hMRP5 outward-open
要素
  • 複合体: ATP-bound hMRP5 outward-open
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: ATP-bound hMRP5 outward-open

超分子名称: ATP-bound hMRP5 outward-open / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family C member 5

分子名称: ATP-binding cassette sub-family C member 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: ATP-bound hMRP5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 160.815812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKDIDIGKEY IIPSPGYRSV RERTSTSGTH RDREDSKFRR TRPLECQDAL ETAARAEGLS LDASMHSQLR ILDEEHPKGK YHHGLSALK PIRTTSKHQH PVDNAGLFSC MTFSWLSSLA RVAHKKGELS MEDVWSLSKH ESSDVNCRRL ERLWQEELNE V GPDAASLR ...文字列:
MKDIDIGKEY IIPSPGYRSV RERTSTSGTH RDREDSKFRR TRPLECQDAL ETAARAEGLS LDASMHSQLR ILDEEHPKGK YHHGLSALK PIRTTSKHQH PVDNAGLFSC MTFSWLSSLA RVAHKKGELS MEDVWSLSKH ESSDVNCRRL ERLWQEELNE V GPDAASLR RVVWIFCRTR LILSIVCLMI TQLAGFSGPA FMVKHLLEYT QATESNLQYS LLLVLGLLLT EIVRSWSLAL TW ALNYRTG VRLRGAILTM AFKKILKLKN IKEKSLGELI NICSNDGQRM FEAAAVGSLL AGGPVVAILG MIYNVIILGP TGF LGSAVF ILFYPAMMFA SRLTAYFRRK CVAATDERVQ KMNEVLTYIK FIKMYAWVKA FSQSVQKIRE EERRILEKAG YFQS ITVGV APIVVVIASV VTFSVHMTLG FDLTAAQAFT VVTVFNSMTF ALKVTPFSVK SLSEASVAVD RFKSLFLMEE VHMIK NKPA SPHIKIEMKN ATLAWDSSHS SIQNSPKLTP KMKKDKRASR GKKEKVRQLQ RTEHQAVLAE QKGHLLLDSD ERPSPE EEE GKHIHLGHLR LQRTLHSIDL EIQEGKLVGI CGSVGSGKTS LISAILGQMT LLEGSIAISG TFAYVAQQAW ILNATLR DN ILFGKEYDEE RYNSVLNSCC LRPDLAILPS SDLTEIGERG ANLSGGQRQR ISLARALYSD RSIYILDDPL SALCAHVG N HIFNSAIRKH LKSKTVLFVT HQLQYLVDCD EVIFMKEGCI TERGTHEELM NLNGDYATIF NNLLLGETPP VEINSKKET SGSQKKSQDK GPKTGSVKKE KAVKPEEGQL VQLEEKGQGS VPWSVYGVYI QAAGGPLAFL VIMALFMLNV GSTAFSTWWL SYWIKQGSG NTTVTRGNET SVSDSMKDNP HMQYYASIYA LSMAVMLILK AIRGVVFVKG TLRASSRLHD ELFRRILRSP M KFFDTTPT GRILNRFSKD MDEVDVRLPF QAEMFIQNVI LVFFCVGMIA GVFPWFLVAV GPLVILFSVL HIVSRVLIRE LK RLDNITQ SPFLSHITSS IQGLATIHAY NKGQEFLHRY QELLDDNQAP FFLFTCAMRW LAVRLDLISI ALITTTGLMI VLM HGQIPP AYAGLAISYA VQLTGLFQFT VRLASETEAR FTSVERINHY IKTLSLEAPA RIKNKAPSPD WPQEGEVTFE NAEM RYREN LPLVLKKVSF TIKPKEKIGI VGRTGSGKSS LGMALFRLVE LSGGCIKIDG VRISDIGLAD LRSKLSIIPQ EPVLF SGTV RSNLDPFNQY TEDQIWDALE RTHMKECIAQ LPLKLESEVM ENGDNFSVGE RQLLCIARAL LRHCKILILD QATAAM DTE TDLLIQETIR EAFADCTMLT IACRLHTVLG SDRIMVLAQG QVVEFDTPSV LLSNDSSRFY AMFAAAENKV AVKG

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 5

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1397085
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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