EMDB-36998: Metaphase dinucleosome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-36998

タイトル

Metaphase dinucleosome

マップデータ

Metaphase dinucleosome

試料

複合体: Nucleosome gyre proximal from RPE-1

キーワード

Cell / RPE-1 / nucleus / nucleosome / NUCLEAR PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.3 Å

データ登録者

Chen JK / Cai S / Liu T / Ruan W / Ng CT / Shi J / Surana U / Gan L

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanoscale analysis of human G1 and metaphase chromatin in situ
著者: Chen JK / Liu T / Cai S / Ruan W / Ng CT / Shi J / Surana U / Gan L

履歴

登録	2023年8月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年8月7日	-
マップ公開	2024年8月7日	-
更新	2024年8月7日	-
現状	2024年8月7日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_36998.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_36998.map.gz	743.3 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-36998-v30.xml emd-36998.xml	14.1 KB 14.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_36998.png	54.2 KB
Filedesc metadata	emd-36998.cif.gz	4.4 KB
その他	emd_36998_half_map_1.map.gz emd_36998_half_map_2.map.gz	742.8 KB 742.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36998 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36998	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_36998_validation.pdf.gz	593.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_36998_full_validation.pdf.gz	592.7 KB	表示
XML形式データ	emd_36998_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_36998_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36998 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36998	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	36992C 36993C 36994C 36999C 37000C 37001C 37002C 37003C 37004C 37005C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_36998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Metaphase dinucleosome

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	6.77 Å/pix. x 64 pix. = 433.024 Å	6.77 Å/pix. x 64 pix. = 433.024 Å	6.77 Å/pix. x 64 pix. = 433.024 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 6.766 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.4
最小 - 最大	-0.5726537 - 1.2309784
平均 (標準偏差)	0.000046399873 (±0.07194086)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: half map 2

ファイル

emd_36998_half_map_1.map

注釈

half map 2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイル

emd_36998_half_map_2.map

注釈

half map 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Nucleosome gyre proximal from RPE-1

全体	名称: Nucleosome gyre proximal from RPE-1
要素	複合体: Nucleosome gyre proximal from RPE-1

-
超分子 #1: Nucleosome gyre proximal from RPE-1

超分子	名称: Nucleosome gyre proximal from RPE-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: Nucleus

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	倍率（補正後）: 30369 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用したサブトモグラム数: 4668
抽出	トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 145804 / 参照モデル: Featureless cylinder / 手法: Template matching
最終 3次元分類	クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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