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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36960 | |||||||||
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タイトル | F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RECOMBINATION / REPLICATION / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / DNA replication / DNA polymerase processivity factor 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) / DNA molecule (その他) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen YP / Li YN / Yan RH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of the DNA polymerase holoenzyme from mpox virus. 著者: Yaping Shen / Yaning Li / Renhong Yan / 要旨: There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is ...There are three key components at the core of the mpox virus (MPXV) DNA polymerase holoenzyme: DNA polymerase F8, processivity factors A22, and the Uracil-DNA glycosylase E4. The holoenzyme is recognized as a vital antiviral target because MPXV replicates in the cytoplasm of host cells. Nucleotide analogs such as cidofovir and cytarabine (Ara-C) have shown potential in curbing MPXV replication and they also display promise against other poxviruses. However, the mechanism behind their inhibitory effects remains unclear. Here, we present the cryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme F8/A22/E4 bound with its competitive inhibitor Ara-C-derived cytarabine triphosphate (Ara-CTP) at an overall resolution of 3.0 Å and reveal its inhibition mechanism. Ara-CTP functions as a direct chain terminator in proximity to the deoxycytidine triphosphate (dCTP)-binding site. The extra hydrogen bond formed with Asn665 makes it more potent in binding than dCTP. Asn665 is conserved among eukaryotic B-family polymerases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36960.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36960-v30.xml emd-36960.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36960.png | 45.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36960.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_36960_half_map_1.map.gz emd_36960_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36960 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36960 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36960_validation.pdf.gz | 754.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36960_full_validation.pdf.gz | 754.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36960_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36960_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36960 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36960 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36960_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36960_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
全体 | 名称: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP |
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要素 |
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-超分子 #1: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP
超分子 | 名称: F8-A22-E4 complex of MPXV in complex with DNA and Ara-CTP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
-分子 #1: DNA polymerase F8
分子 | 名称: DNA polymerase F8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 117.045055 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLAIA ...文字列: MDVRCINWFE SHGENRFLYL KSRCRNGETV FIRFPHYFYY VVTDEIYQSL SPPPFNARPM GKMRTIDIDE TISYNLDIKD RKCSVADMW LIEEPKKRSI QNATMDEFFN ISWFYISNGI SPDGCYSLDE QYLTKINNGC YHCDDPRNCF AKEIPRFDIP R SYLFLAIA CHFDKKFPSV FINPISHTSY CYIDLSGKRL LFTLINEEML TEQEIQEAVD RGCLRIQSLM EMDYERELVL CS EIVLLRI AKQLLELTFD YVVTFNGHNF DLRYITNRLE LLTGEKIIFR SPDKKEAVHL CIYERNQSSH KGVCGMANTT FHV NNNNGT IFFDLYSFIQ KSEKLDSYKL DSISKNAFSC MGKVLNRGVR EMTFIGDDTT DAKGKADTFA KVLTTGNYVT VDED IICKV IRKDILENGF KVVLSCPTLP NDIYKLSFGK DDIDLAQMYK DYNLNIALDM ARYCIHDACL CQYLWEYYGV ETKTD AGAA TYVLPQSMVF EYRASTIIKG PLLKLLLETK TILVRSETKQ KFPYEGGKVF APKQKMFSNN VLIFDYNSLY PNVCIF GNL SPETLVGVVV STNRLEEEIN NQLLLQKYPP PRYITVHCEP RLPNLISEIA IFDRSIEGTI PRLLRTFLAE RARYKKM LK QATSSTEKAI YDSMQYTYKI VANSVYGLMG FRNSALYSYA SAKSCTSIGR RMILYLESVL NGAELSNGML RFANTLSN P FYMDDRDINP IVKTSLPIDY RFRFRSVYGD TDSVFTEIDS QDVDKSIEIA KELERLINSR VLFNNFKIEF EAVYKNLIM QSKKKYTTMK YSASSNSKSV PERINKGTSE TRRDVSKFHK NMIKTYKTRL SEMLSEGRMN SNQVCIDILR SLETDLRSEF DSRSSPLEL FMLSRMHHSN YKSADNPNMY LVTEYNKNNP ETIELGERYY FAYICPANVP WTKKLVNIKT YETIIDRSFK L GSNQRIFY EVYFKRLTSE IVNLLDNKVL CISFFQRMFG SRPTFYEA |
-分子 #2: Uracil-DNA glycosylase E4
分子 | 名称: Uracil-DNA glycosylase E4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.107742 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA ...文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA KLESPVTTIV GYHPAARDHQ FEKDRSFEII NVLLELDNKT PINWAQGFIY |
-分子 #3: DNA polymerase processivity factor component A20
分子 | 名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
分子量 | 理論値: 49.203926 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E UniProtKB: DNA polymerase processivity factor |
-分子 #4: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3') / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: DNA molecule (その他) |
分子量 | 理論値: 3.518307 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC) |
-分子 #5: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3') タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: DNA molecule (その他) |
分子量 | 理論値: 5.067301 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #7: 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]...
分子 | 名称: 4-amino-1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HF4 |
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分子量 | 理論値: 483.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-HF4: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 326139 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |