+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3693 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Arabis Mosaic Virus capsid protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Arabis mosaic virus (isolate Syrah) (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Lecorre F | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Arabis Mosaic Virus capsid protein 著者: Lecorre F / Trapani S / Laikeehim J / Bron P | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3693.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3693-v30.xml emd-3693.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3693_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3693.png | 335.1 KB | ||
その他 | emd_3693_half_map_1.map.gz emd_3693_half_map_2.map.gz | 283.2 MB 283.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3693 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3693 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3693_validation.pdf.gz | 441.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_3693_full_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3693_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3693 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3693 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5nsi M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3693_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3693_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Arabis mosaic virus (isolate Syrah)
全体 | 名称: Arabis mosaic virus (isolate Syrah) (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Arabis mosaic virus (isolate Syrah)
超分子 | 名称: Arabis mosaic virus (isolate Syrah) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 283676 / 生物種: Arabis mosaic virus (isolate Syrah) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Rubus odoratus (植物) |
宿主 | 生物種: Rheum rhabarbarum (カラダイオウ) |
Host system | 生物種: Chenopodium quinoa (植物) |
-分子 #1: RNA2 polyprotein
分子 | 名称: RNA2 polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabis mosaic virus (isolate Syrah) (ウイルス) 株: isolate Syrah |
分子量 | 理論値: 55.765406 KDa |
組換発現 | 生物種: Chenopodium quinoa (植物) |
配列 | 文字列: GLAGRGTVPV PKDCQAGKYL KTLDLRDMVS GFSGIQYEKW ITAGLVMPDF KVVIRYPANA FTGITWVMSF DAYNRITSSI STTASPAYT LSVPHWLLHH KNGTTSCDID YGELCGHAMW FSATTFESPK LHFTCLTGNN KELAADWEFV VELYAEFEAA K SFLGKPNF ...文字列: GLAGRGTVPV PKDCQAGKYL KTLDLRDMVS GFSGIQYEKW ITAGLVMPDF KVVIRYPANA FTGITWVMSF DAYNRITSSI STTASPAYT LSVPHWLLHH KNGTTSCDID YGELCGHAMW FSATTFESPK LHFTCLTGNN KELAADWEFV VELYAEFEAA K SFLGKPNF IYSADAFNGS LKFLTIPPLE YDLSATSAYK SVSLLLGQTL VDGTHKVYNF NNTLLSYYLG IGGIVKGKVH VC SPCTYGI VLRVVSEWNG VTNNWNQLFK YPGCYIEEDG SFAIEIRSPY HRTPLRLIDA QSASSFTSTL NFYAISGPIA PSG ETAKMP VVVQIEEIAL PDLSVPSFPN DYFLWVDFSS FTVDVEEYVI GSRFFDISST TSTVALGDNP FSHMIACHGL HHGI LDLKL MWDLEGEFGK SSGGVTITKL CGDKATGMDG ASRVCALQNM GCETELYIGN YAGANPNTAL SLYSRWLAIK LDKAK SMKM LRILCKPRGN FEFYGRTCFK V |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
---|---|
得られたモデル |
PDB-5nsi: |