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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36920 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from Gluconobacter japonicus variant-H1147A | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / OXIDOREDUCTASE Membrane-bound protein / OXIDEREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / fructose metabolic process / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Gluconobacter japonicus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Fukawa E / Miyata T / Makino F / Adachi T / Suzuki Y / Tanaka H / Namba K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Electrochim Acta / 年: 2024 タイトル: Structural and electrochemical elucidation of biocatalytic mechanisms in direct electron transfer-type D-fructose dehydrogenase. 著者: Fukawa E / Suzuki Y / Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36920.map.gz | 42.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36920-v30.xml emd-36920.xml | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36920_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36920.png | 99.5 KB | ||
マスクデータ | emd_36920_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36920.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_36920_half_map_1.map.gz emd_36920_half_map_2.map.gz | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36920 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36920_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36920_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36920_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : D-fructose dehydrogenase (H1147A) from Gluconobacter japonicus
全体 | 名称: D-fructose dehydrogenase (H1147A) from Gluconobacter japonicus |
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要素 |
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-超分子 #1: D-fructose dehydrogenase (H1147A) from Gluconobacter japonicus
超分子 | 名称: D-fructose dehydrogenase (H1147A) from Gluconobacter japonicus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: Fructose dehydrogenase (H1147A) large subunit
分子 | 名称: Fructose dehydrogenase (H1147A) large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 1.1.99.11 |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 59.731238 KDa |
組換発現 | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSNETLSADV VIIGAGICGS LLAHKLVRNG LSVLLLDAGP RRDRSQIVEN WRNMPPDNKS QYDYATPYPS VPWAPHTNYF PDNNYLIVK GPDRTAYKQG IIKGVGGTTW HWAASSWRYL PNDFKLHSTY GVGRDYAMSY DELEPYYYEA ECEMGVMGPN G EEITPSAP ...文字列: MSNETLSADV VIIGAGICGS LLAHKLVRNG LSVLLLDAGP RRDRSQIVEN WRNMPPDNKS QYDYATPYPS VPWAPHTNYF PDNNYLIVK GPDRTAYKQG IIKGVGGTTW HWAASSWRYL PNDFKLHSTY GVGRDYAMSY DELEPYYYEA ECEMGVMGPN G EEITPSAP RQNPWPMTSM PYGYGDRTFT EIVSKLGFSN TPVPQARNSR PYDGRPQCCG NNNCMPICPI GAMYNGVYAA IK AEKLGAK IIPNAVVYAM ETDAKNRITA ISFYDPDKQS HRVVAKTFVI AANGIETPKL LLLAANDRNP HGIANSSDLV GRN MMDHPG IGMSFQSAEP IWAGGGSVQM SSITNFRDGD FRSEYAATQI GYNNTAQNSR AGMKALSMGL VGKKLDEEIR RRTA HGVDI YANHEVLPDP NNRLVLSKDY KDALGIPHPE VTYDVGEYVR KSAAISRQRL MDIAKAMGGT EIEMTPYFTP NNAIT GGTI MGHDPRDSVV DKWLRTHDHS NLFLATGATM AASGTVNSTL TMAALSLRAA DAILNDLKQG |
-分子 #2: Fructose dehydrogenase small subunit
分子 | 名称: Fructose dehydrogenase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 20.106732 KDa |
組換発現 | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
配列 | 文字列: MEKIADSGPV QIFLSRRKLL AFSGASLTVA AIGAPSKGST QDVVASNRDS ISDFMQLSAF ATGHKNLDLN IGSALLLAFE AQKHDFSTQ IKALREHITK NNYQDVEALD AAMKDDPLHP TLIQIIRAWY SGVIEDETNA KVYAFEKALM YQPSRDVVVI P TYAHNGPN YWVSEPASVD VMPAF UniProtKB: Fructose dehydrogenase small subunit |
-分子 #3: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit
分子 | 名称: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 52.252652 KDa |
組換発現 | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
配列 | 文字列: MRYFRPLSAT AMTTVLLLAG TNVRAQPTEP TPASAHRPSI SRGHYLAIAA DCAACHTNGR DGQFLAGGYA ISSPMGNIYS TNITPSKTH GIGNYTLEQF SKALRHGIRA DGAQLYPAMP YDAYNRLTDE DVKSLYAYIM TEVKPVDAPS PKTQLPFPFS I RASLGIWK ...文字列: MRYFRPLSAT AMTTVLLLAG TNVRAQPTEP TPASAHRPSI SRGHYLAIAA DCAACHTNGR DGQFLAGGYA ISSPMGNIYS TNITPSKTH GIGNYTLEQF SKALRHGIRA DGAQLYPAMP YDAYNRLTDE DVKSLYAYIM TEVKPVDAPS PKTQLPFPFS I RASLGIWK IAARIEGKPY VFDHTHNDDW NRGRYLVDEL AHCGECHTPR NFLLAPNQSA YLAGADIGSW RAPNITNAPQ SG IGSWSDQ DLFQYLKTGK TAHARAAGPM AEAIEHSLQY LPDADISAIV TYLRSVPAKA ESGQTVANFE HAGRPSSYSV ANA NSRRSN STLTKTTDGA ALYEAVCASC HQSDGKGSKD GYYPSLVGNT TTGQLNPNDL IASILYGVDR TTDNHEILMP AFGP DSLVQ PLTDEQIATI ADYVLSHFGN AQATVSADAV KQVRAGGKQV PLAKLASPGV MLLLGTGGIL GAILVVAGLW WLISR RKKR SA UniProtKB: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit |
-分子 #4: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ChemComp-FAD: |
-分子 #5: FE3-S4 CLUSTER
分子 | 名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: F3S |
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分子量 | 理論値: 295.795 Da |
Chemical component information | ChemComp-F3S: |
-分子 #6: HEME C
分子 | 名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: HEC |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEC: |
-分子 #7: UBIQUINONE-10
分子 | 名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: U10 |
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分子量 | 理論値: 863.343 Da |
Chemical component information | ChemComp-U10: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 56754 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 60000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8127 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |