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万見
- PDB-8xcn: Cryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xcn
タイトルCryo-EM Structure of Membrane-bound Fructose Dehydrogenase from Gluconobacter japonicus variant-N1190A
要素(Fructose dehydrogenase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex / OXIDOREDUCTASE Membrane-bound protein / OXIDEREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose 5-dehydrogenase / fructose 5-dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / fructose metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FAD-containing D-sorbitol dehydrogenase small subunit / Membrane bound FAD containing D-sorbitol dehydrogenase / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase ...FAD-containing D-sorbitol dehydrogenase small subunit / Membrane bound FAD containing D-sorbitol dehydrogenase / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / : / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / HEME C / UBIQUINONE-10 / Fructose dehydrogenase cytochrome subunit / Fructose dehydrogenase small subunit / Fructose dehydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter japonicus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Fukawa, E. / Miyata, T. / Makino, F. / Adachi, T. / Suzuki, Y. / Tanaka, H. / Namba, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H01961 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K14831 日本
引用ジャーナル: Electrochim Acta / 年: 2024
タイトル: Structural and electrochemical elucidation of biocatalytic mechanisms in direct electron transfer-type D-fructose dehydrogenase.
著者: Fukawa, E. / Suzuki, Y. / Adachi, T. / Miyata, T. / Makino, F. / Tanaka, H. / Namba, K. / Sowa, K. / Kitazumi, Y. / Shirai, O.
履歴
登録2023年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose dehydrogenase large subunit
B: Fructose dehydrogenase small subunit
C: Fructose dehydrogenase cytochrome subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9159
ポリマ－132,1153
非ポリマー3,8006
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Fructose dehydrogenase ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Fructose dehydrogenase large subunit


分子量: 59755.285 Da / 分子数: 1 / 変異: N1190A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fdhL
由来: (組換発現) Gluconobacter japonicus (バクテリア)
遺伝子: fdhL / 発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア) / 参照: UniProt: M1VMF7
#2: タンパク質 Fructose dehydrogenase small subunit / Fructose dehydrogenase subunit III


分子量: 20106.732 Da / 分子数: 1 / 変異: N1190A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fdhS
由来: (組換発現) Gluconobacter japonicus (バクテリア)
遺伝子: fdhS / 発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア) / 参照: UniProt: M1VB40
#3: タンパク質 Fructose dehydrogenase cytochrome subunit / Fructose dehydrogenase subunit II


分子量: 52252.652 Da / 分子数: 1 / 変異: N1190A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fdhC
由来: (組換発現) Gluconobacter japonicus (バクテリア)
遺伝子: fdhC / 発現宿主: Gluconobacter oxydans (バクテリア) / 参照: UniProt: M1V1V5

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非ポリマー , 4種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#6: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: D-fructose dehydrogenase (N1190A) from Gluconobacter japonicus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.14 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Gluconobacter japonicus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1176 mmol / LSodium dihydrogen phosphateNaH2PO41
224 mmol / LSodium hydrogen phosphateNa2HPO41
31.5 mmol / L2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanolC14H22O(C2H4O)n1
41 mmol / L2-MercaptethanolC2H6OS1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 倍率（補正後）: 56754 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 0.01 mradians
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6843
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.0粒子像選択
2SerialEM3.9画像取得
4cryoSPARC4.2.0CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.0最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.0分類
12cryoSPARC4.2.0３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3435583
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64345 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0098835
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.2812078
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.2341241
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511276
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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