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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of human CNTN2 immunoglobulin domains 1-6 homo-dimer | |||||||||
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![]() | neural cell adhesion / CELL ADHESION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / dendrite self-avoidance / protein localization to juxtaparanode region of axon / cell-cell adhesion mediator activity / NrCAM interactions / axon initial segment ...establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / dendrite self-avoidance / protein localization to juxtaparanode region of axon / cell-cell adhesion mediator activity / NrCAM interactions / axon initial segment / node of Ranvier / juxtaparanode region of axon / NCAM1 interactions / fat cell differentiation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / side of membrane / axon guidance / synapse organization / myelin sheath / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Zhang ZZ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of human CNTN2 immunoglobulin domains 1-6 homo-dimer 著者: Zhang ZZ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k3jMC ![]() 8k53C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36853_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36853_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : CNTN2
全体 | 名称: CNTN2 |
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要素 |
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-超分子 #1: CNTN2
超分子 | 名称: CNTN2 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Contactin-2
分子 | 名称: Contactin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 107.585203 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SQTTFGPVFE DQPLSVLFPE ESTEEQVLLA CRARASPPAT YRWKMNGTEM KLEPGSRHQL VGGNLVIMNP TKAQDAGVYQ CLASNPVGT VVSREAILRF GFLQEFSKEE RDPVKAHEGW GVMLPCNPPA HYPGLSYRWL LNEFPNFIPT DGRHFVSQTT G NLYIARTN ...文字列: SQTTFGPVFE DQPLSVLFPE ESTEEQVLLA CRARASPPAT YRWKMNGTEM KLEPGSRHQL VGGNLVIMNP TKAQDAGVYQ CLASNPVGT VVSREAILRF GFLQEFSKEE RDPVKAHEGW GVMLPCNPPA HYPGLSYRWL LNEFPNFIPT DGRHFVSQTT G NLYIARTN ASDLGNYSCL ATSHMDFSTK SVFSKFAQLN LAAEDTRLFA PSIKARFPAE TYALVGQQVT LECFAFGNPV PR IKWRKVD GSLSPQWTTA EPTLQIPSVS FEDEGTYECE AENSKGRDTV QGRIIVQAQP EWLKVISDTE ADIGSNLRWG CAA AGKPRP TVRWLRNGEP LASQNRVEVL AGDLRFSKLS LEDSGMYQCV AENKHGTIYA SAELAVQALA PDFRLNPVRR LIPA ARGGE ILIPCQPRAA PKAVVLWSKG TEILVNSSRV TVTPDGTLII RNISRSDEGK YTCFAENFMG KANSTGILSV RDATK ITLA PSSADINLGD NLTLQCHASH DPTMDLTFTW TLDDFPIDFD KPGGHYRRTN VKETIGDLTI LNAQLRHGGK YTCMAQ TVV DSASKEATVL VRGPPGPPGG VVVRDIGDTT IQLSWSRGFD NHSPIAKYTL QARTPPAGKW KQVRTNPANI EGNAETA QV LGLTPWMDYE FRVIASNILG TGEPSGPSSK IRTREAAPSV APSGLSGGGG APGELIVNWT PMSREYQNGD GFGYLLSF R RQGSTHWQTA RVPGADAQYF VYSNESVRPY TPFEVKIRSY NRRGDGPESL TALVYSAEEE PRVAPTKVWA KGVSSSEMN VTWEPVQQDM NGILLGYEIR YWKAGDKEAA ADRVRTAGLD TSARVSGLHP NTKYHVTVRA YNRAGTGPAS PSANATTMKP PPRRPPGNI SWTFSSSSLS IKWDPVVPFR NESAVTGYKM LYQNDLHLTP TLHLTGKNWI EIPVPEDIGH ALVQIRTTGP G GDGIPAEV HIVRNGGTSM MVEN UniProtKB: Contactin-2 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 292684 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |