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万見- EMDB-36827: ICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form), C2 symmetry -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36827 | |||||||||
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タイトル | ICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form), C2 symmetry | |||||||||
マップデータ | this is a composite map | |||||||||
試料 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang LX / Feng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of csy complex with long DNA State2 著者: Zhang LX / Feng Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36827.map.gz | 6.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36827-v30.xml emd-36827.xml | 25.9 KB 25.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36827_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36827.png | 27 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36827.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_36827_additional_1.map.gz emd_36827_half_map_1.map.gz emd_36827_half_map_2.map.gz | 230.1 MB 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36827 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36827 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36827_validation.pdf.gz | 823.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36827_full_validation.pdf.gz | 823 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36827_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36827_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36827 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36827 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k24MC 8k22C 8k29C 38807 C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | this is a composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: this is a original map
ファイル | emd_36827_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | this is a original map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36827_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36827_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : csy complex
+超分子 #1: csy complex
+分子 #1: HD Cas3-type domain-containing protein
+分子 #2: Csy1
+分子 #3: Csy2
+分子 #4: Cas1
+分子 #5: Csy3
+分子 #6: Csy4
+分子 #7: RNA (60-MER)
+分子 #8: DNA (43-MER)
+分子 #9: DNA (31-MER)
+分子 #10: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*...
+分子 #11: MANGANESE (II) ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |