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- EMDB-36826: ICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form) composi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36826
タイトルICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form) composited structure with C1 symmetry
マップデータthis is a composite map
試料
  • 複合体: csy complex
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • RNA: x 1種
    • DNA: x 3種
  • リガンド: x 1種
キーワードIMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) ...CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Csy4 / Csy3 / Csy2 / Csy1 / HD Cas3-type domain-containing protein / Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Zhang LX / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32171274 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ICP1 Csy-dsDNA-Cas1-Cas2/3 complex (fully assembled form) composited structure with C1 symmetry
著者: Zhang LX / Feng Y
履歴
登録2023年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈this is a composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å		1.1 Å/pix.
x 400 pix.
= 440. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.31335562 - 2.5518427
平均 (標準偏差)0.001916899 (±0.027060254)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: this is a original map

ファイルemd_36826_additional_1.map
注釈this is a original map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_36826_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36826_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : csy complex

全体名称: csy complex
要素
  • 複合体: csy complex
    • タンパク質・ペプチド: Csy1
    • タンパク質・ペプチド: Csy2
    • タンパク質・ペプチド: Cas1
    • タンパク質・ペプチド: Csy3
    • タンパク質・ペプチド: Csy4
    • RNA: RNA (60-MER)
    • DNA: DNA (43-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
    • タンパク質・ペプチド: HD Cas3-type domain-containing protein
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*T)-3')
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

+
超分子 #1: csy complex

超分子名称: csy complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)

+
分子 #1: Csy1

分子名称: Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 20.224736 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIKEMIEDFI SKGGLIFTHS GRYTNTNNSC FIFNKNDIGV DTKVDMYTPK SAGIKNEEGE NLWQVLNKAN MFYRIYSGEL GEELQYLLK SCCTAKEDVT TLPQIYFKNG EGYDILVPIG NAHNLISGTE YLWEHKYYNT FTQKLGGSNP QNCTHACNKM R GGFKQFNC TPPQVEDNY

UniProtKB: Csy1

+
分子 #2: Csy2

分子名称: Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 27.401547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRKFIIVKNV KVDGINAKSS DITVGMPPAT TFCGLGETMS IKTGIVVKAV SYGSVKFEVR GSRFNTSVTK FAWQDRGNGG KANNNSPIQ PKPLADGVFT LCFEVEWEDC AEVLVDKVTN FINTARIAGG TIASFNKPFV KVAKDAEELA SVKNAMMPCY V VVDCGVEV ...文字列:
MRKFIIVKNV KVDGINAKSS DITVGMPPAT TFCGLGETMS IKTGIVVKAV SYGSVKFEVR GSRFNTSVTK FAWQDRGNGG KANNNSPIQ PKPLADGVFT LCFEVEWEDC AEVLVDKVTN FINTARIAGG TIASFNKPFV KVAKDAEELA SVKNAMMPCY V VVDCGVEV NIFEDAVNRK LQPMVNGYKK LEKIVDNKHM RDKFTPAYLA TPTYTMIGYK MVSNVDNFDQ ALWQYGENTK VK TIGGIYN D

UniProtKB: Csy2

+
分子 #3: Cas1

分子名称: Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 34.286137 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQKQILTSQK RNMYILSRCK VLVKNGQVCH LHEDGNVYTV PYANTVFIGL AEGTSITNEA MSMLAANGVI VFWTKGGGYD MFAADIICH LPQADYRPTK YMQNWVRLWL DEEKKLSAAK EILKMRVDSL STHVHDFGVD VENKRVSSIV NKFDKGVTQA T SFESLLGH ...文字列:
MQKQILTSQK RNMYILSRCK VLVKNGQVCH LHEDGNVYTV PYANTVFIGL AEGTSITNEA MSMLAANGVI VFWTKGGGYD MFAADIICH LPQADYRPTK YMQNWVRLWL DEEKKLSAAK EILKMRVDSL STHVHDFGVD VENKRVSSIV NKFDKGVTQA T SFESLLGH EGTFVKSLYK EYALEYEIEF KRDHKSADNY NKFLTLGNYY AYGIARSSLW ALGIDNSFPL LHGSTRRGGL VF DVADIIK TSIILPLAFH AADQGMSNTE FKRSCVAYFD KNDILAYLIN NIKRLCMENS DVHQD

UniProtKB: Cas1

+
分子 #4: Csy3

分子名称: Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 33.399301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTKLKAPAVL AYSRKINPTN ALMFAVNWSD RDNTTAVMVG TKTVAGTQSV RGNPNDADKG NIQTVNFANL PHNKNTLLVK YNVKFVGDV FKAELGGGEY SNTLQTALEN TDFGTLAYRY VYNIAAGRTL WRNRVGAESI ETVITVNDQT FTFSDLLVNE F DEDVDVAE ...文字列:
MTKLKAPAVL AYSRKINPTN ALMFAVNWSD RDNTTAVMVG TKTVAGTQSV RGNPNDADKG NIQTVNFANL PHNKNTLLVK YNVKFVGDV FKAELGGGEY SNTLQTALEN TDFGTLAYRY VYNIAAGRTL WRNRVGAESI ETVITVNDQT FTFSDLLVNE F DEDVDVAE IADMVAGVLS GEGFVTLKVE HYMLLGEGSE VFPSQEFVEN SKLSKQLFDL NGQAAMHDQK IGNAIRTIDT WY EDATTPI AVEPYGSVVR NGVAYRAGNK TDLFTLMDGA VNGKSLTEED QMFVTANLIR GGVFGGGKD

UniProtKB: Csy3

+
分子 #5: Csy4

分子名称: Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 18.73668 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYNTISITVV DADDVGVNFV VSKVLSTLHN KGIFNGEVGV TFPRMDKNVG DIITLFSKTG VDRKVLTSTL NTLTDFIHIG KPKEADKVK TYRKVDTKSK GKLIRRCIKR KGVSAETAES LYGNYKGEKC KLPYIVVNSK STGQRFSMFL EECENSEKFN S YGLCIVSC

UniProtKB: Csy4

+
分子 #9: HD Cas3-type domain-containing protein

分子名称: HD Cas3-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 104.703031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFIRIKCFSK QPIAKKVSRE VSAYLEYTGN NTWEGHISGQ GVSNLQTKLI NVGKGVKVVC NYQDKVLFAI GNVAMSDTGS VPKYTTKKV YKPDDSIFTL KQGLVGVAAL WHDLGKANSY FQRKLRGECN PSDPVRHEWV SGVIVSTFAK GNDWLSDDFI I PEVKHSDN ...文字列:
MFIRIKCFSK QPIAKKVSRE VSAYLEYTGN NTWEGHISGQ GVSNLQTKLI NVGKGVKVVC NYQDKVLFAI GNVAMSDTGS VPKYTTKKV YKPDDSIFTL KQGLVGVAAL WHDLGKANSY FQRKLRGECN PSDPVRHEWV SGVIVSTFAK GNDWLSDDFI I PEVKHSDN VFGDDQVLNA VLWLINTHHK KGLVEDPIYR ATKTMFTETL QCVNVNGGWF NYGDNIDECY KIDTSFITDT YV KQLNRYR KKLLATKHIW FTLGEDQKIA ILQECRVALM LGDSNFSSDL IGGDGSHLYA NLDECGNLKQ TLTQHLLGVT DCA LKALFT INHHKPVKAN FIPTIAEKGE GKFAWQNGVN MVDSSIDNMF CINMASTGKG KTLANLKLLQ HFGNVRCSFG LGMV SLTKQ TAKQFLDMGV DYNSAAMVTG FSKSRFNLGS ESLDQDEVSV EYWGQTSSLS KVFPNNNAGF KNKKLLSAPI LVTTT DHLV KASGVKKGNK QMLPYVRCMH SDLVLDEIDD YGIEDMVVLA RLVYLTACYG NKVIISSATI TPAISNIFYE AYSSGY KVF CANKQTTYKG VNVVWWDEFG IKVEKVTDQF SNLNTRFVNK RITNLLESTP KHKALVVDQD DNMEAVKQSI TTLHNAH NS GGVSFGLIRT TTIKDCVAVT QELQNWETDL SIKILCYHSR FVGDTKAQME EYLSKVLNRK GDEYKKFVDT TTPTAYIV V ATPVVEVGRD FDFDWAIIEP SSERSIVQCA GRVLRHRSST PTTHNIHILK YPFKFYRNSN ICYDVAGYES KGYKLKSKN MLDIYKKESI VNSVNRLQGD AAFYTKSLTA LEHKVLLDKL TTDIADTNVF VGGWQLTANP HEYCKWRRGT KNEDLVLTDG KWSGNVTTT KPIQSKIWRK WQGENGSITV PEYLLDKTIC YNDFYGGYEN E

UniProtKB: HD Cas3-type domain-containing protein

+
分子 #6: RNA (60-MER)

分子名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 19.046227 KDa
配列文字列:
CUUAAAGAGU CAACCCUUUG CUUAUCUUCC CUAUUUAAAU GUUAGCAGCC GCAUAGGCUG

+
分子 #7: DNA (43-MER)

分子名称: DNA (43-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 13.431698 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA) (DA) (DG)(DC)(DC)

+
分子 #8: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 9.346992 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)

+
分子 #10: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio phage ICP1_2004_A (ファージ)
分子量理論値: 6.33812 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)

+
分子 #11: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132865
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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