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- EMDB-36689: alpha-Hemolysin(G122S/K147R/K237C)-SpyTag/SpyCatcher head to head... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36689
タイトルalpha-Hemolysin(G122S/K147R/K237C)-SpyTag/SpyCatcher head to head 14-mer
マップデータB-factor sharpened map with B-factor value of -60.
試料
  • 複合体: heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher and spy-tag
    • タンパク質・ペプチド: alpha hemolysin fused with spy-catcher
    • タンパク質・ペプチド: alpha hemolysin fused with spy-tag
キーワードpore / chimera protein / spy-catcher / spy-tag / dimer / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ishii Y / Naito K / Yokoyama T / Tanaka Y / Matsuura T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: alpha-Hemolysin(G122S/K147R)-SpyTag/SpyCatcher head to head 14-mer
著者: Ishii Y / Naito K / Yokoyama T / Tanaka Y / Matsuura T
履歴
登録2023年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36689.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map with B-factor value of -60.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.7916587 - 1.70467
平均 (標準偏差)0.0021757274 (±0.05315071)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 315.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: One of the half maps.

ファイルemd_36689_half_map_1.map
注釈One of the half maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the half maps.

ファイルemd_36689_half_map_2.map
注釈One of the half maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher ...

全体名称: heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher and spy-tag
要素
  • 複合体: heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher and spy-tag
    • タンパク質・ペプチド: alpha hemolysin fused with spy-catcher
    • タンパク質・ペプチド: alpha hemolysin fused with spy-tag

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超分子 #1: heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher ...

超分子名称: heptameric alpha hemolysin (K237C) pore dimerized by spy-catcher and spy-tag
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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分子 #1: alpha hemolysin fused with spy-catcher

分子名称: alpha hemolysin fused with spy-catcher / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 300-412:SpyCatcher / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 46.977469 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADSDINIKT GTTDIGSNTT VKTGDLVTYD KENGMHKKVF YSFIDDKNHN KKLLVIRTKG TIAGQYRVYS EEGANKSGLA WPSAFKVQL QLPDNEVAQI SDYYPRNSID TKEYMSTLTY GFNSNVTGDD TGKIGGLIGA NVSIGHTLRY VQPDFKTILE S PTDKKVGW ...文字列:
MADSDINIKT GTTDIGSNTT VKTGDLVTYD KENGMHKKVF YSFIDDKNHN KKLLVIRTKG TIAGQYRVYS EEGANKSGLA WPSAFKVQL QLPDNEVAQI SDYYPRNSID TKEYMSTLTY GFNSNVTGDD TGKIGGLIGA NVSIGHTLRY VQPDFKTILE S PTDKKVGW KVIFNNMVNQ NWGPYDRDSW NPVYGNQLFM KTRNGSMKAA DNFLDPNKAS SLLSSGFSPD FATVITMDRC AS KQQTNID VIYERVRDDY QLHWTSTNWK GTNTKDKWTD RSSERYKIDW EKEEMTNGSS GSVTTLSGLS GEQGPSGDMT TEE DSATHI KFSKRDEDGR ELAGATMELR DSSGKTISTW ISDGHVKDFY LYPGKYTFVE TAAPDGYEVA TPIEFTVNED GQVT VDGEA TEGDAHTGGS HHHHHH

UniProtKB: Alpha-hemolysin

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分子 #2: alpha hemolysin fused with spy-tag

分子名称: alpha hemolysin fused with spy-tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: 300-315:SpyTag / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.777898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADSDINIKT GTTDIGSNTT VKTGDLVTYD KENGMHKKVF YSFIDDKNHN KKLLVIRTKG TIAGQYRVYS EEGANKSGLA WPSAFKVQL QLPDNEVAQI SDYYPRNSID TKEYMSTLTY GFNSNVTGDD TGKIGGLIGA NVSIGHTLRY VQPDFKTILE S PTDKKVGW ...文字列:
MADSDINIKT GTTDIGSNTT VKTGDLVTYD KENGMHKKVF YSFIDDKNHN KKLLVIRTKG TIAGQYRVYS EEGANKSGLA WPSAFKVQL QLPDNEVAQI SDYYPRNSID TKEYMSTLTY GFNSNVTGDD TGKIGGLIGA NVSIGHTLRY VQPDFKTILE S PTDKKVGW KVIFNNMVNQ NWGPYDRDSW NPVYGNQLFM KTRNGSMKAA DNFLDPNKAS SLLSSGFSPD FATVITMDRC AS KQQTNID VIYERVRDDY QLHWTSTNWK GTNTKDKWTD RSSERYKIDW EKEEMTNGSS GSRGVPHIVM VDAYKRYKGG SHH HHHH

UniProtKB: Alpha-hemolysin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.58 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES-KOH
50.0 mMPotassium glutamate

詳細: 20mM HEPES-KOH[pH7.6], 50mM Potassium glutamate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 349752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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