PDB-365d: STRUCTURAL BASIS FOR G C RECOGNITION IN THE DNA MINOR GROOVE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 365d

タイトル

STRUCTURAL BASIS FOR G C RECOGNITION IN THE DNA MINOR GROOVE

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*(CBR)P*CP*TP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

IMIDAZOLE-PYRROLE POLYAMIDE / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kielkopf, C.L. / Baird, E.E. / Dervan, P.B. / Rees, D.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural basis for G.C recognition in the DNA minor groove.
著者: Kielkopf, C.L. / Baird, E.E. / Dervan, P.B. / Rees, D.C.

履歴

登録	1997年12月17日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1998年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	365d.cif.gz	25.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb365d.ent.gz	17 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	365d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	365d_validation.pdf.gz	476.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	365d_full_validation.pdf.gz	490.4 KB	表示
XML形式データ	365d_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	365d_validation.cif.gz	5.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/65/365d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/65/365d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	407d-d 286d-d 408d-d 2fk2-d 1cvx-d 334d-d 1cvy-d 307d-2 2fk3-2 1zfm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*(CBR)P*CP*TP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*(CBR)P*CP*TP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

7.55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.396, 38.959, 44.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPAPGPGP(CBR)PCPTPGPG)-3') 分子量: 3124.888 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 化合物	ChemComp-IIP / IMIDAZOLE-PYRROLE POLYAMIDE 分子量: 649.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₁N₁₂O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	1.9	34
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	7.5	pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	7.5	pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	CA ACETATE	1	1
4	TRIS	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2
1	WATER	2	1
2	MPD	2	1
3	CA ACETATE	2	1
4	TRIS	2	1
5	WATER	2	2
6	MPD	2	2

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 34 %

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	Crystal-ID
1	0.6 mM	1
2	1.3 mM	1
3	12 %	1
4	35 mM	1
5	10 mM	1
6	25 %	1

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	103	1
2	103	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
			1
シンクロトロン	SSRL	BL7-1	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IIC	1	IMAGE PLATE	1997年4月4日
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	1997年5月3日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	GRAPHITE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	GRAPHITE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	相対比
1	1
2	1

反射

解像度: 2→18 Å / Num. obs: 4124 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.027

反射

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 18 Å / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.1 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.857	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2→18 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	185	5 %
R_work	0.222	-	-
obs	0.222	3765	91.2 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	404	98	71	573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.03
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	2.2
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 18 Å / σ(F): 0 / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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