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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36489 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PfAgo-guide DNA-target DNA complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | nuclease (ヌクレアーゼ) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス) / Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhuang L | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism for target recognition, dimerization, and activation of Pyrococcus furiosus Argonaute. 著者: Longyu Wang / Wanping Chen / Chendi Zhang / Xiaochen Xie / Fuyong Huang / Miaomiao Chen / Wuxiang Mao / Na Yu / Qiang Wei / Lixin Ma / Zhuang Li / 要旨: The Argonaute nuclease from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus (PfAgo) contributes to host defense and represents a promising biotechnology tool. Here, we report the structure of a PfAgo- ...The Argonaute nuclease from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus (PfAgo) contributes to host defense and represents a promising biotechnology tool. Here, we report the structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA ternary complex at the cleavage-compatible state. The ternary complex is predominantly dimerized, and the dimerization is solely mediated by PfAgo at PIWI-MID, PIWI-PIWI, and PAZ-N interfaces. Additionally, PfAgo accommodates a short 14-bp guide-target DNA duplex with a wedge-type N domain and specifically recognizes 5'-phosphorylated guide DNA. In contrast, the PfAgo-guide DNA binary complex is monomeric, and the engagement of target DNA with 14-bp complementarity induces sufficient dimerization and activation of PfAgo, accompanied by movement of PAZ and N domains. A closely related Argonaute from Thermococcus thioreducens adopts a similar dimerization configuration with an additional zinc finger formed at the dimerization interface. Dimerization of both Argonautes stabilizes the catalytic loops, highlighting the important role of Argonaute dimerization in the activation and target cleavage. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36489.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36489-v30.xml emd-36489.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36489_fsc.xml | 6.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36489.png | 98.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36489.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_36489_half_map_1.map.gz emd_36489_half_map_2.map.gz | 28.2 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36489 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36489 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jpxMC 8wd8C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36489_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36489_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of a PfAgo-guide DNA-target DNA complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス) |
-分子 #1: Protein argonaute
分子 | 名称: Protein argonaute / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス) |
分子量 | 理論値: 90.510094 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKAIVVINLV KINKKIIPDK IYVYRLFNDP EEELQKEGYS IYRLAYENVG IVIDPENLII ATTKELEYEG EFIPEGEISF SELRNDYQS KLVLRLLKEN GIGEYELSKL LRKFRKPKTF GDYKVIPSVE MSVIKHDEDF YLVIHIIHQI QSMKTLWELV N KDPKELEE ...文字列: MKAIVVINLV KINKKIIPDK IYVYRLFNDP EEELQKEGYS IYRLAYENVG IVIDPENLII ATTKELEYEG EFIPEGEISF SELRNDYQS KLVLRLLKEN GIGEYELSKL LRKFRKPKTF GDYKVIPSVE MSVIKHDEDF YLVIHIIHQI QSMKTLWELV N KDPKELEE FLMTHKENLM LKDIASPLKT VYKPCFEEYT KKPKLDHNQE IVKYWYNYHI ERYWNTPEAK LEFYRKFGQV DL KQPAILA KFASKIKKNK NYKIYLLPQL VVPTYNAEQL ESDVAKEILE YTKLMPEERK ELLENILAEV DSDIIDKSLS EIE VEKIAQ ELENKIRVRD DKGNSVPISQ LNVQKSQLLL WTNYSRKYPV ILPYEVPEKF RKIREIPMFI ILDSGLLADI QNFA TNEFR ELVKSMYYSL AKKYNSLAKK ARSTNEIGLP FLDFRGKEKV ITEDLNSDKG IIEVVEQVSS FMKGKELGLA FIAAR NKLS SEKFEEIKRR LFNLNVISQV VNEDTLKNKR DKYDRNRLDL FVRHNLLFQV LSKLGVKYYV LDYRFNYDYI IGIDVA PMK RSEGYIGGSA VMFDSQGYIR KIVPIKIGEQ RGESVDMNEF FKEMVDKFKE FNIKLDNKKI LLLRDGRITN NEEEGLK YI SEMFDIEVVT MDVIKNHPVR AFANMKMYFN LGGAIYLIPH KLKQAKGTPI PIKLAKKRII KNGKVEKQSI TRQDVLDI F ILTRLNYGSI SADMRLPAPV HYAHKFANAI RNEWKIKEEF LAEGFLYFV UniProtKB: Protein argonaute |
-分子 #2: Guide DNA
分子 | 名称: Guide DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) |
分子量 | 理論値: 5.337467 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA) |
-分子 #3: Target DNA
分子 | 名称: Target DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) |
分子量 | 理論値: 5.075327 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT) |
-分子 #4: Excess DNA
分子 | 名称: Excess DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (ピュロコックス・フリオスス) |
分子量 | 理論値: 1.780199 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |