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万見
- EMDB-36410: The cryo-EM structure of insect gustatory receptor Gr43a from Dro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36410
タイトルThe cryo-EM structure of insect gustatory receptor Gr43a from Drosophila melanogaster
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: gustatory receptor Gr43a
    • タンパク質・ペプチド: Gustatory receptor for sugar taste 43a
キーワードgustatory receptor / Gr43a / ligand-gated ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sweet taste receptor activity / ionotropic sweet taste receptor activity / male courtship behavior / regulation of appetite / taste receptor activity / chemosensory behavior / adult feeding behavior / sensory perception of sweet taste / regulation of feeding behavior / cellular response to fructose stimulus ...sweet taste receptor activity / ionotropic sweet taste receptor activity / male courtship behavior / regulation of appetite / taste receptor activity / chemosensory behavior / adult feeding behavior / sensory perception of sweet taste / regulation of feeding behavior / cellular response to fructose stimulus / ligand-gated monoatomic cation channel activity / monoatomic cation transmembrane transport / sensory perception of taste / axon / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
7TM chemoreceptor / 7tm Chemosensory receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
Gustatory receptor for sugar taste 43a
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ma D / Guo J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908501 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Structural basis for sugar perception by gustatory receptors.
著者: Demin Ma / Meiqin Hu / Xiaotong Yang / Qiang Liu / Fan Ye / Weijie Cai / Yong Wang / Ximing Xu / Shenghai Chang / Ruiying Wang / Wei Yang / Sheng Ye / Nannan Su / Minrui Fan / Haoxing Xu / Jiangtao Guo /
要旨: Insects rely on a family of seven transmembrane proteins called gustatory receptors (GRs) to encode different taste modalities, such as sweet and bitter. We report structures of sweet taste ...Insects rely on a family of seven transmembrane proteins called gustatory receptors (GRs) to encode different taste modalities, such as sweet and bitter. We report structures of sweet taste receptors GR43a and GR64a in the apo and sugar-bound states. Both GRs form tetrameric sugar-gated cation channels composed of one central pore domain (PD) and four peripheral ligand-binding domains (LBDs). Whereas GR43a is specifically activated by the monosaccharide fructose that binds to a narrow pocket in LBDs, disaccharides sucrose and maltose selectively activate GR64a by binding to a larger and flatter pocket in LBDs. Sugar binding to LBDs induces local conformational changes, which are subsequently transferred to the PD to cause channel opening. Our studies reveal a structural basis for sugar recognition and activation of GRs.
履歴
登録2023年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36410.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.2 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.2 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0207
最小 - 最大-0.080382906 - 0.15352128
平均 (標準偏差)0.00000439048 (±0.0053141443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 223.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36410_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36410_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : gustatory receptor Gr43a

全体名称: gustatory receptor Gr43a
要素
  • 細胞器官・細胞要素: gustatory receptor Gr43a
    • タンパク質・ペプチド: Gustatory receptor for sugar taste 43a

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超分子 #1: gustatory receptor Gr43a

超分子名称: gustatory receptor Gr43a / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Gustatory receptor for sugar taste 43a

分子名称: Gustatory receptor for sugar taste 43a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 49.309391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEISQPSIGI FYISKVLALA PYATVRNSKG RVEIGRSWLF TVYSATLTVV MVFLTYRGLL FDANSEIPVR MKSATSKVVT ALDVSVVVM AIVSGVYCGL FSLNDTLELN DRLNKIDNTL NAYNNFRRDR WRALGMAAVS LLAISILVGL DVGTWMRIAQ D MNIAQSDT ...文字列:
MEISQPSIGI FYISKVLALA PYATVRNSKG RVEIGRSWLF TVYSATLTVV MVFLTYRGLL FDANSEIPVR MKSATSKVVT ALDVSVVVM AIVSGVYCGL FSLNDTLELN DRLNKIDNTL NAYNNFRRDR WRALGMAAVS LLAISILVGL DVGTWMRIAQ D MNIAQSDT ELNVHWYIPF YSLYFILTGL QVNIANTAYG LGRRFGRLNR MLSSSFLAEN NATSAIKPQK VSTVKNVSVN RP AMPSALH ASLTKLNGET LPSEAAAKNK GLLLKSLADS HESLGKCVHL LSNSFGIAVL FILVSCLLHL VATAYFLFLE LLS KRDNGY LWVQMLWICF HFLRLLMVVE PCHLAARESR KTIQIVCEIE RKVHEPILAE AVKKFWQQLL VVDADFSACG LCRV NRTIL TSFASAIATY LVILIQFQRT NGLEGGSSGG WSHPQFEK

UniProtKB: Gustatory receptor for sugar taste 43a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 263979
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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