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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3630 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia | ||||||||||||
マップデータ | CryoEM Map of FMDV O PanAsia | ||||||||||||
試料 | Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia != Foot-and-mouth disease virus Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia
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キーワード | Foot and Mouth Disease Virus / FMDV / virus / OpanAsia | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport ...icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kotecha A / Stuart D | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus. 著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart / 要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3630.map.gz | 228.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3630-v30.xml emd-3630.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3630_fsc.xml | 14 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3630.png | 286.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3630.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3630 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3630 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3630_validation.pdf.gz | 317.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3630_full_validation.pdf.gz | 316.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3630_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3630 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3630 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5nedMC 3631C 3632C 3633C 3634C 3635C 5ne4C 5nejC 5nemC 5nerC 5netC 5neuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM Map of FMDV O PanAsia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia
全体 | 名称: Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia |
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要素 |
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-超分子 #1: Foot-and-mouth disease virus
超分子 | 名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12110 / 生物種: Foot-and-mouth disease virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 9 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Foot and Mouth Disease virus / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: O PanAsia VP1
分子 | 名称: O PanAsia VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.341467 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: TTSAGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATA YNGNCKYGES HTTNVRGDLQ VLAQKAARTL P TSFNYGAI ...文字列: TTSAGESADP VTATVENYGG ETQVQRRQHT DVSFILDRFV KVTPKDQINV LDLMQTPAHT LVGALLRTAT YYFADLEVAV KHEGNLTWV PNGAPETALD NTTNPTAYHK APLTRLALPY TAPHRVLATA YNGNCKYGES HTTNVRGDLQ VLAQKAARTL P TSFNYGAI KATRVTELLY RMKRAETYCP RPLLAIHPSE ARHKQKIVAP VKQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: O PanAsia VP2
分子 | 名称: O PanAsia VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.389453 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATTE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWV TSDSFGRCHL LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSINKRELYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PFVGVNRY ...文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYATTE DFVSGPNTSG LETRVVQAER FFKTHLFDWV TSDSFGRCHL LELPTDHKG VYGSLTDSYA YMRNGWDVEV TAVGNQFNGG CLLVAMVPEL CSINKRELYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIT V PFVGVNRY DQYKVHKPWT LVVMVVAPLT VNTEGAPQIK VYANIAPTNV HVAGEFPSKE UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: O PanAsia VP3
分子 | 名称: O PanAsia VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.938898 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLRFEGD VPYVTTKTDS DRILAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA ...文字列: GIFPVACSDG YGGLVTTDPK TADPAYGKVF NPPRNMLPGR FTNFLDVAEA CPTFLRFEGD VPYVTTKTDS DRILAQFDLS LAAKHMSNT FLAGLAQYYT QYSGTINLHF MFTGPTDAKA RYMIAYAPPG MEPPKTPEAA AHCIHAEWDT GLNSKFTFSI P YLSAADYA YTASDTAETT NVQGWVCLFQ ITHGKADGDA LVVLASAGKD FELRLPVDAR TQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: O PanAsia VP4
分子 | 名称: O PanAsia VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.791128 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) |
配列 | 文字列: GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSNHTT NTQNNDWFSK LASSAFSGLF GALLA UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 360 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 18.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 120 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-5ned: |