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- PDB-360d: STRUCTURE OF 2,5-BIS{[4-(N-ETHYLAMIDINO)PHENYL]}FURAN COMPLEXED T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 360d
タイトルSTRUCTURE OF 2,5-BIS{[4-(N-ETHYLAMIDINO)PHENYL]}FURAN COMPLEXED TO 5'-D(CPGPCPGPAPAPTPTPCPGPCPG)-3'. A MINOR GROOVE DRUG COMPLEX, SHOWING PATTERNS OF GROOVE HYDRATION
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG
機能・相同性Chem-BPF / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Guerri, A. / Simpson, I.J. / Neidle, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: Visualisation of extensive water ribbons and networks in a DNA minor-groove drug complex.
著者: Guerri, A. / Simpson, I.J. / Neidle, S.
履歴
登録1997年10月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年4月25日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52020年4月8日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.62023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7144
ポリマ－7,3272
非ポリマー3872
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.240, 39.940, 65.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BPF / N,N'-(furan-2,5-diylbis{benzene-4,1-diyl[(Z)-aminomethylylidene]})diethanaminium / DB185 / FURAMIDINE DERIVATIVE


分子量: 362.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 288.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2SODIUM CACODYLATE11
3SPERMINE11
4MGCL211
5MPD11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
23 mMdodecanucleotide1drop
310 mMspermine1drop
43 mMdrug1drop
575 mM1dropMgCl2
625 %(v/w)MPD1drop
730 %(v/w)1reservoir
1sodium cacodylate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日 / 詳細: MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.85→7 Å / Num. obs: 5634 / % possible obs: 91.44 % / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Net I/σ(I): 33.18
反射 シェル解像度: 1.854→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 14.67 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Num. measured all: 36613 / Rmerge(I) obs: 0.034

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY GDL045 (PDB: 289D)

289d


解像度: 1.85→7 Å / Num. parameters: 2904 / Num. restraintsaints: 3734 / 交差検証法: NONE / σ(F): 4
StereochEM target val spec case: STEREOCHEMISTRY OF LIGAND FROM MM CALCULATIONS
立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.166 --
all-5634 -
obs-5386 91.4 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 260 / Occupancy sum non hydrogen: 733
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 28 219 733
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg0.023

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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