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万見
- EMDB-35921: GSK101 bound state of mTRPV4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35921
タイトルGSK101 bound state of mTRPV4
マップデータ
試料
  • 複合体: GSK101 bound state of mTRPV4
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
  • リガンド: N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide
キーワードmTRPV4 / STRUCTURAL PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / hypotonic response / regulation of response to osmotic stress / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic response / cortical microtubule organization / cellular hypotonic salinity response / osmosensory signaling pathway / TRP channels / multicellular organismal-level water homeostasis / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / calcium ion import / cell-cell junction assembly / response to osmotic stress / regulation of aerobic respiration / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of macrophage chemotaxis / cytoplasmic microtubule / diet induced thermogenesis / beta-tubulin binding / microtubule polymerization / alpha-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / energy homeostasis / SH2 domain binding / filopodium / actin filament organization / adherens junction / protein kinase C binding / positive regulation of JNK cascade / calcium ion transmembrane transport / response to insulin / calcium channel activity / cilium / ruffle membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / intracellular calcium ion homeostasis / actin filament binding / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / glucose homeostasis / actin binding / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / response to hypoxia / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Zhen WX / Yang F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122040 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structural basis of ligand activation and inhibition in a mammalian TRPV4 ion channel.
著者: Wenxuan Zhen / Zhijun Zhao / Shenghai Chang / Xiaoying Chen / Yangzhuoqun Wan / Fan Yang /
履歴
登録2023年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35921.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å		0.93 Å/pix.
x 300 pix.
= 279. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.102
最小 - 最大-0.46623006 - 0.819864
平均 (標準偏差)0.00024997187 (±0.02175716)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 279.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35921_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35921_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GSK101 bound state of mTRPV4

全体名称: GSK101 bound state of mTRPV4
要素
  • 複合体: GSK101 bound state of mTRPV4
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
  • リガンド: N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide

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超分子 #1: GSK101 bound state of mTRPV4

超分子名称: GSK101 bound state of mTRPV4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 79.61168 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFAPAPQ PPPILKVFNR PILFDIVSRG STADLDGLLS FLLTHKKRLT DEEFREPST GKTCLPKALL NLSNGRNDTI PVLLDIAERT GNMREFINSP FRDIYYRGQT SLHIAIERRC KHYVELLVAQ G ADVHAQAR ...文字列:
DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFAPAPQ PPPILKVFNR PILFDIVSRG STADLDGLLS FLLTHKKRLT DEEFREPST GKTCLPKALL NLSNGRNDTI PVLLDIAERT GNMREFINSP FRDIYYRGQT SLHIAIERRC KHYVELLVAQ G ADVHAQAR GRFFQPKDEG GYFYFGELPL SLAACTNQPH IVNYLTENPH KKADMRRQDS RGNTVLHALV AIADNTRENT KF VTKMYDL LLLKCSRLFP DSNLETVLNN DGLSPLMMAA KTGKIGVFQH IIRREVTDED TRHLSRKFKD WAYGPVYSSL YDL SSLDTC GEEVSVLEIL VYNSKIENRH EMLAVEPINE LLRDKWRKFG AVSFYINVVS YLCAMVIFTL TAYYQPLEGT PPYP YRTTV DYLRLAGEVI TLFTGVLFFF TSIKDLFTKK CPGVNSLFVD GSFQLLYFIY SVLVVVSAAL YLAGIEAYLA VMVFA LVLG WMNALYFTRG LKLTGTYSIM IQKILFKDLF RFLLVYLLFM IGYASALVTL LNPCTNMKVC DEDQSNCTVP TYPACR DSE TFSAFLLDLF KLTIGMGDLE MLSSAKYPVV FILLLVTYII LTFVLLLNML IALMGETVGQ VSKESKHIWK LQWATTI LD IERSFPVFLR KAFRSGEMVT VGKSSDGTPD RRWCFRVDEV NWSHWNQNLG IINEDPGK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

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分子 #2: N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazi...

分子名称: N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: XQ3
分子量理論値: 655.613 Da
Chemical component information

ChemComp-XQ3:
N-[(2S)-1-{4-[N-(2,4-dichlorobenzene-1-sulfonyl)-L-seryl]piperazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-1-benzothiophene-2-carboxamide / GSK-1016790A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 452263
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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