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万見
- EMDB-35917: Cryo-EPty SPA at CSA of 4.83 mrad -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35917
タイトルCryo-EPty SPA at CSA of 4.83 mrad
マップデータ
試料
  • ウイルス: Rotavirus A (ロタウイルス A)
キーワードComplex / VIRUS
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.6 Å
データ登録者Pei XD / Wang P
資金援助 中国, 英国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11874199 中国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
European Research Council (ERC)101021133European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryogenic electron ptychographic single particle analysis with wide bandwidth information transfer.
著者: Xudong Pei / Liqi Zhou / Chen Huang / Mark Boyce / Judy S Kim / Emanuela Liberti / Yiming Hu / Takeo Sasaki / Peter D Nellist / Peijun Zhang / David I Stuart / Angus I Kirkland / Peng Wang /
要旨: Advances in cryogenic transmission electron microscopy have revolutionised the determination of many macromolecular structures at atomic or near-atomic resolution. This method is based on ...Advances in cryogenic transmission electron microscopy have revolutionised the determination of many macromolecular structures at atomic or near-atomic resolution. This method is based on conventional defocused phase contrast imaging. However, it has limitations of weaker contrast for small biological molecules embedded in vitreous ice, in comparison with cryo-ptychography, which shows increased contrast. Here we report a single-particle analysis based on the use of ptychographic reconstruction data, demonstrating that three dimensional reconstructions with a wide information transfer bandwidth can be recovered by Fourier domain synthesis. Our work suggests future applications in otherwise challenging single particle analyses, including small macromolecules and heterogeneous or flexible particles. In addition structure determination in situ within cells without the requirement for protein purification and expression may be possible.
履歴
登録2023年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35917.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35917.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.65 Å/pix.
x 248 pix.
= 1152.801 Å		4.65 Å/pix.
x 248 pix.
= 1152.801 Å		4.65 Å/pix.
x 248 pix.
= 1152.801 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.64839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.624
最小 - 最大0.0 - 1.0
平均 (標準偏差)0.4997661 (±0.049300298)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ248248248
Spacing248248248
セルA=B=C: 1152.8007 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35917_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35917_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus A

全体名称: Rotavirus A (ロタウイルス A)
要素
  • ウイルス: Rotavirus A (ロタウイルス A)

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超分子 #1: Rotavirus A

超分子名称: Rotavirus A / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 28875 / 生物種: Rotavirus A / Sci species strain: SA 11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Double Layered particles / 直径: 720.0 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 23 / 平均電子線量: 24.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 498
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 80
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 241 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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