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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35877 | |||||||||||||||
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タイトル | Human KCNQ2-CaM in complex with HN37 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | potassium voltage-gated channel / HN37 / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axon initial segment / Voltage gated Potassium channels / node of Ranvier / Interaction between L1 and Ankyrins / ankyrin binding / voltage-gated potassium channel activity / action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / nervous system development ...axon initial segment / Voltage gated Potassium channels / node of Ranvier / Interaction between L1 and Ankyrins / ankyrin binding / voltage-gated potassium channel activity / action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / nervous system development / chemical synaptic transmission / calmodulin binding / synapse / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ma D / Li X / Guo J | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Ligand activation mechanisms of human KCNQ2 channel. 著者: Demin Ma / Yueming Zheng / Xiaoxiao Li / Xiaoyu Zhou / Zhenni Yang / Yan Zhang / Long Wang / Wenbo Zhang / Jiajia Fang / Guohua Zhao / Panpan Hou / Fajun Nan / Wei Yang / Nannan Su / Zhaobing ...著者: Demin Ma / Yueming Zheng / Xiaoxiao Li / Xiaoyu Zhou / Zhenni Yang / Yan Zhang / Long Wang / Wenbo Zhang / Jiajia Fang / Guohua Zhao / Panpan Hou / Fajun Nan / Wei Yang / Nannan Su / Zhaobing Gao / Jiangtao Guo / 要旨: The human voltage-gated potassium channel KCNQ2/KCNQ3 carries the neuronal M-current, which helps to stabilize the membrane potential. KCNQ2 can be activated by analgesics and antiepileptic drugs but ...The human voltage-gated potassium channel KCNQ2/KCNQ3 carries the neuronal M-current, which helps to stabilize the membrane potential. KCNQ2 can be activated by analgesics and antiepileptic drugs but their activation mechanisms remain unclear. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human KCNQ2-CaM in complex with three activators, namely the antiepileptic drug cannabidiol (CBD), the lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP), and HN37 (pynegabine), an antiepileptic drug in the clinical trial, in an either closed or open conformation. The activator-bound structures, along with electrophysiology analyses, reveal the binding modes of two CBD, one PIP, and two HN37 molecules in each KCNQ2 subunit, and elucidate their activation mechanisms on the KCNQ2 channel. These structures may guide the development of antiepileptic drugs and analgesics that target KCNQ2. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35877.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35877-v30.xml emd-35877.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35877.png | 59.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35877.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_35877_half_map_1.map.gz emd_35877_half_map_2.map.gz | 37 MB 37 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35877 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35877 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35877_validation.pdf.gz | 873.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35877_full_validation.pdf.gz | 872.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35877_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35877_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35877 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35877 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8izyMC 8j00C 8j01C 8j02C 8j03C 8j04C 8j05C 8w4uC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35877_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35877_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human KCNQ2-CaM in complex with HN37
全体 | 名称: human KCNQ2-CaM in complex with HN37 |
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要素 |
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-超分子 #1: human KCNQ2-CaM in complex with HN37
超分子 | 名称: human KCNQ2-CaM in complex with HN37 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 2
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.627812 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAGKPPKRNA FYRKLQNFLY NVLERPRGWA FIYHAYVFLL VFSCLVLSVF STIKEYEKSS EGALYILEIV TIVVFGVEYF VRIWAAGCC CRYRGWRGRL KFARKPFCVI DIMVLIASIA VLAAGSQGNV FATSALRSLR FLQILRMIRM DRRGGTWKLL G SVVYAHSK ...文字列: MAGKPPKRNA FYRKLQNFLY NVLERPRGWA FIYHAYVFLL VFSCLVLSVF STIKEYEKSS EGALYILEIV TIVVFGVEYF VRIWAAGCC CRYRGWRGRL KFARKPFCVI DIMVLIASIA VLAAGSQGNV FATSALRSLR FLQILRMIRM DRRGGTWKLL G SVVYAHSK ELVTAWYIGF LCLILASFLV YLAEKGENDH FDTYADALWW GLITLTTIGY GDKYPQTWNG RLLAATFTLI GV SFFALPA GILGSGFALK VQEQHRQKHF EKRRNPAAGL IQSAWRFYAT NLSRTDLHST WQYYERTVTV PMYSSQTQTY GAS RLIPPL NQLELLRNLK SKSGLAFRKD PPPEPSPSKG SPCRGPLCGC CPGRSSQKVS LKDRVFSSPR GVAAKGKGSP QAQT VRRSP SADQSLEDSP SKVPKSWSFG DRSRARQAFR IKGAASRQNS EEASLPGEDI VDDKSCPCEF VTEDLTPGLK VSIRA VCVM RFLVSKRKFK ESLRPYDVMD VIEQYSAGHL DMLSRIKSLQ SRVDQIVGRG PAITDKDRTK GPAEAELPED PSMMGR LGK VEKQVLSMEK KLDFLVNIYM QRMGIPPTET EAYFGAKEPE PAPPYHSPED SREHVDRHGC IVKIVRSSSS TGQKNFS VE GGSSGGWSHP QFEK UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 2 |
-分子 #2: methyl N-[4-[(4-fluorophenyl)methyl-prop-2-ynyl-amino]-2,6-dimeth...
分子 | 名称: methyl N-[4-[(4-fluorophenyl)methyl-prop-2-ynyl-amino]-2,6-dimethyl-phenyl]carbamate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: 9MF |
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分子量 | 理論値: 340.391 Da |
Chemical component information | ChemComp-9MF: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 367290 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |