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- EMDB-35721: Cryo-EM structure of the RC-LH core complex from roseiflexus cast... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35721
タイトルCryo-EM structure of the RC-LH core complex from roseiflexus castenholzii
マップデータ
試料
  • 複合体: RC-LH CORE COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 14種
キーワードRC-LH complex / ROSEIFLEXUS CASTENHOLZII / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Antenna complex alpha/beta subunit / Cytochrome subunit of photosynthetic reaction center / Reaction center protein L chain / Alpha subunit of light-harvesting 1
類似検索 - 構成要素
生物種Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Wang G-L / Qi C-H / Yu L-J
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA0909600 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0904600 中国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: New insights on the photocomplex of Roseiflexus castenholzii revealed from comparisons of native and carotenoid-depleted complexes.
著者: Chen-Hui Qi / Guang-Lei Wang / Fang-Fang Wang / Yueyong Xin / Mei-Juan Zou / Michael T Madigan / Zheng-Yu Wang-Otomo / Fei Ma / Long-Jiang Yu /
要旨: In wild-type phototrophic organisms, carotenoids (Crts) are primarily packed into specific pigment-protein complexes along with (Bacterio)chlorophylls and play important roles in the photosynthesis. ...In wild-type phototrophic organisms, carotenoids (Crts) are primarily packed into specific pigment-protein complexes along with (Bacterio)chlorophylls and play important roles in the photosynthesis. Diphenylamine (DPA) inhibits carotenogenesis but not phototrophic growth of anoxygenic phototrophs and eliminates virtually all Crts from photocomplexes. To investigate the effect of Crts on assembly of the reaction center-light-harvesting (RC-LH) complex from the filamentous anoxygenic phototroph Roseiflexus (Rfl.) castenholzii, we generated carotenoidless (Crt-less) RC-LH complexes by growing cells in the presence of DPA. Here, we present cryo-EM structures of the Rfl. castenholzii native and Crt-less RC-LH complexes with resolutions of 2.86 Å and 2.85 Å, respectively. From the high-quality map obtained, several important but previously unresolved details in the Rfl. castenholzii RC-LH structure were determined unambiguously including the assignment and likely function of three small polypeptides, and the content and spatial arrangement of Crts with bacteriochlorophyll molecules. The overall structures of Crt-containing and Crt-less complexes are similar. However, structural comparisons showed that only five Crts remain in complexes from DPA-treated cells and that the subunit X (TMx) flanked on the N-terminal helix of the Cyt-subunit is missing. Based on these results, the function of Crts in the assembly of the Rfl. castenholzii RC-LH complex and the molecular mechanism of quinone exchange is discussed. These structural details provide a fresh look at the photosynthetic apparatus of an evolutionary ancient phototroph as well as new insights into the importance of Crts for proper assembly and functioning of the RC-LH complex.
履歴
登録2023年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35721.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35721.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.226
最小 - 最大-1.2383652 - 2.066122
平均 (標準偏差)0.0009661202 (±0.047303174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 320.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35721_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35721_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RC-LH CORE COMPLEX

全体名称: RC-LH CORE COMPLEX
要素
  • 複合体: RC-LH CORE COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Alpha subunit of light-harvesting 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome subunit of photosynthetic reaction center
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: TMx polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: reaction center small polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: reaction center unknown polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: reaction center small polypeptide
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E})-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl pentadecanoate
  • リガンド: gamma-Carotene
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione
  • リガンド: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

+
超分子 #1: RC-LH CORE COMPLEX

超分子名称: RC-LH CORE COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)

+
分子 #1: Antenna complex alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 6.432513 KDa
配列文字列:
MTDKPQNDLV PDQWKPLFNN AEWLVHDIVV KTIYGGLIIA VIAHVLCWAW TPWIR

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit

+
分子 #2: Alpha subunit of light-harvesting 1

分子名称: Alpha subunit of light-harvesting 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 4.724656 KDa
配列文字列:
MKDRPFEFRT SVVVSTLLGL VMALLIHFVV LSSGAFNWLR AP

UniProtKB: Alpha subunit of light-harvesting 1

+
分子 #3: Cytochrome subunit of photosynthetic reaction center

分子名称: Cytochrome subunit of photosynthetic reaction center
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 34.923031 KDa
配列文字列: MIQQPPTLFP EITNTVRGRF YIVAGIISVV MAVASIAIFW WIFYTITPAP APPLQNPIYV NYTQEPTDYI SAESLAAMNA YIQANPQPQ AVQVLKGMTT AQISAYMVAQ VSGGLKVDCS YCHNIANFAQ QDGYPNAAKK VTARKMMLMS ADLNQNYTAK L PASVGGYQ ...文字列:
MIQQPPTLFP EITNTVRGRF YIVAGIISVV MAVASIAIFW WIFYTITPAP APPLQNPIYV NYTQEPTDYI SAESLAAMNA YIQANPQPQ AVQVLKGMTT AQISAYMVAQ VSGGLKVDCS YCHNIANFAQ QDGYPNAAKK VTARKMMLMS ADLNQNYTAK L PASVGGYQ ITCATCHNGK AAGLEPYPIE IMNTLPNDWR LPLELDYPGG LVVTGRKDVS NHEVEQNQFA MYHMNVSMGQ GC TFCHNAR YFPSYEIAQK NHSIIMLQMT KHIQETYVAP GGRIADGIMA GKSPSCWLCH QGANIPPGAA KPGQVPAVLS STP

UniProtKB: Cytochrome subunit of photosynthetic reaction center

+
分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 71.707398 KDa
配列文字列: MSAVPRALPL PSGETLPAEA ISSTGSQAAS AEVIPFSIIE EFYKRPGKTL AARFFGVDPF DFWIGRFYVG LFGAISIIGI ILGVAFYLY EGVVNEGTLN ILAMRIEPPP VSQGLNVDPA QPGFFWFLTM VAATIAFVGW LLRQIDISLK LDMGMEVPIA F GAVVSSWI ...文字列:
MSAVPRALPL PSGETLPAEA ISSTGSQAAS AEVIPFSIIE EFYKRPGKTL AARFFGVDPF DFWIGRFYVG LFGAISIIGI ILGVAFYLY EGVVNEGTLN ILAMRIEPPP VSQGLNVDPA QPGFFWFLTM VAATIAFVGW LLRQIDISLK LDMGMEVPIA F GAVVSSWI TLQWLRPIAM GAWGHGFPLG ITHHLDWVSN IGYQYYNFFY NPFHAIGITL LFASTLFLHM HGSAVLSEAK RN ISDQNIH VFWRNILGYS IGEIGIHRVA FWTGAASVLF SNLCIFLSGT FVKDWNAFWG FWDKMPIWNG VGQGALVAGL SLL GVGLVL GRGRETPGPI DLHDEEYRDG LEGTIAKPPG HVGWMQRLLG EGQVGPIYVG LWGVISFITF FASAFIILVD YGRQ VGWNP IIYLREFWNL AVYPPPTEYG LSWNVPWDKG GAWLAATFFL HISVLTWWAR LYTRAKATGV GTQLAWGFAS ALSLY FVIY LFHPLALGNW SAAPGHGFRA ILDWTNYVSI HWGNFYYNPF HMLSIFFLLG STLLLAMHGA TIVATSKWKS EMEFTE MMA EGPGTQRAQL FWRWVMGWNA NSYNIHIWAW WFAAFTAITG AIGLFLSGTL VPDWYAWGET AKIVAPWPNP DWAQYVF R

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #5: TMx polypeptide

分子名称: TMx polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 3.384205 KDa
配列文字列:
MAPFLMAFFT IVLIVATLYF LSMIMSGKPE

+
分子 #6: reaction center small polypeptide

分子名称: reaction center small polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 4.493262 KDa
配列文字列:
MNWIVATFML MFVLVAFLPL VVSLAYTWVT NPETQSTEE

+
分子 #7: reaction center unknown polypeptide

分子名称: reaction center unknown polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 740.804 Da
配列文字列:
AAAPAGAAAA

+
分子 #8: reaction center small polypeptide

分子名称: reaction center small polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 6.927004 KDa
配列文字列:
MDFLILLQAE PSPWPVWSGY ALCFVPLAAV ILGFIIAARF TDKQATSAYL RLDPAKANEP EQG

+
分子 #9: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 48 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #10: [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14...

分子名称: [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E})-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)pentacosa- ...名称: [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E})-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 14 / 式: U42
分子量理論値: 941.411 Da
Chemical component information

ChemComp-U42:
[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E})-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl pentadecanoate

+
分子 #11: gamma-Carotene

分子名称: gamma-Carotene / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 16 / 式: U4Z
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-U4Z:
gamma-Carotene / γ-カロテン

+
分子 #12: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #13: 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 13 / 式: BGL
分子量理論値: 292.369 Da
Chemical component information

ChemComp-BGL:
2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / 可溶化剤*YM

+
分子 #14: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #15: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #16: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 9 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #17: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 17 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #18: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #19: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,...

分子名称: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: MQE
分子量理論値: 921.467 Da

+
分子 #20: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: PEF
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

+
分子 #21: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5yq7

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 639374
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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