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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35678 | ||||||||||||
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タイトル | Apo state of Arabidopsis AZG1 at pH 7.4 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | cytokinin / transporter / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine transport / purine nucleobase transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / adenine transport / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xu L / Guo J | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: Structures and mechanisms of the Arabidopsis cytokinin transporter AZG1. 著者: Lingyi Xu / Wei Jia / Xin Tao / Fan Ye / Yan Zhang / Zhong Jie Ding / Shao Jian Zheng / Shuai Qiao / Nannan Su / Yu Zhang / Shan Wu / Jiangtao Guo / 要旨: Cytokinins are essential for plant growth and development, and their tissue distributions are regulated by transmembrane transport. Recent studies have revealed that members of the 'Aza-Guanine ...Cytokinins are essential for plant growth and development, and their tissue distributions are regulated by transmembrane transport. Recent studies have revealed that members of the 'Aza-Guanine Resistant' (AZG) protein family from Arabidopsis thaliana can mediate cytokinin uptake in roots. Here we present 2.7 to 3.3 Å cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis AZG1 in the apo state and in complex with its substrates trans-zeatin (tZ), 6-benzyleaminopurine (6-BAP) or kinetin. AZG1 forms a homodimer and each subunit shares a similar topology and domain arrangement with the proteins of the nucleobase/ascorbate transporter (NAT) family. These structures, along with functional analyses, reveal the molecular basis for cytokinin recognition. Comparison of the AZG1 structures determined in inward-facing conformations and predicted by AlphaFold2 in the occluded conformation allowed us to propose that AZG1 may carry cytokinins across the membrane through an elevator mechanism. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35678.map.gz | 47.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35678-v30.xml emd-35678.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35678.png | 95.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35678.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_35678_half_map_1.map.gz emd_35678_half_map_2.map.gz | 45.8 MB 46 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35678 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35678 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35678_validation.pdf.gz | 867.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35678_full_validation.pdf.gz | 867 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35678_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35678_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35678 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35678 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8irlMC 8irmC 8irnC 8iroC 8irpC 8wmqC 8wo7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.851 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35678_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35678_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AZG1 dimer
全体 | 名称: AZG1 dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: AZG1 dimer
超分子 | 名称: AZG1 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 131.2 KDa |
-分子 #1: Adenine/guanine permease AZG1
分子 | 名称: Adenine/guanine permease AZG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 65.686703 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEQQQQQQLP STTTRPKPKL LNRLNTYVGS SRVGKRFKLA ERNSTFTTEL RAGTATFLTM AYILAVNASI LSDSGGTCSV SDCIPLCSN PAIEPSQCTG PGLRLIQPDV SCKFNPVNPG YAACVEEIRK DLIVATVAAS LIGCVIMGLM ANLPLALAPG M GTNAYFAY ...文字列: MEQQQQQQLP STTTRPKPKL LNRLNTYVGS SRVGKRFKLA ERNSTFTTEL RAGTATFLTM AYILAVNASI LSDSGGTCSV SDCIPLCSN PAIEPSQCTG PGLRLIQPDV SCKFNPVNPG YAACVEEIRK DLIVATVAAS LIGCVIMGLM ANLPLALAPG M GTNAYFAY TVVGFHGSGS ISYRTALAAV FIEGLIFLFI SAIGFRAKLA KLVPKPVRIS SSAGIGLFLA FIGLQNNQGI GL VGYSPST LVTLAACPAS SRISLAPVIT SANGTVSLLA GGSVSGDIMC IHGRMESPTF WLGIVGFVII AYCLVKNVKG AMI YGIVFV TAVSWFRNTE VTAFPNTSAG DAAHDYFKKI VDVHVIKHTA GALSFSGINK GHFWEALVTF LYVDILDTTG TLYS MARFA GFVDEKGDFA GQYFAFMSDA SAIVIGSLLG TSPVTVFIES STGIREGGRT GLTAITVAVY FLLAMFFTPL LASIP AWAV GPPLILVGVM MMKSVTEIDW EDMREAIPAF VTMILMPLTY SVAYGLIGGI GSYVVLHLWD WGEEGLVKLG FLKRKV KEE DNNNGVVKAS EIDTTVSGRD YKDDDDKWSH PQFEKGGGGS GGSAWSHPQF EK UniProtKB: Adenine/guanine permease AZG1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 292160 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |