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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35640 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of heme transporter CydDC from Mycobacterium smegmatis in the inward facing apo state | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / Heme / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sulfate-transporting ATPase / cysteine transport / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhu C / Li J | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures of a prokaryotic heme transporter CydDC. 著者: Chen Zhu / Yanfeng Shi / Jing Yu / Wenhao Zhao / Lingqiao Li / Jingxi Liang / Xiaolin Yang / Bing Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Xiaobo Chen / Xiuna Yang / Lu Zhang / Luke W Guddat / Lei Liu / ...著者: Chen Zhu / Yanfeng Shi / Jing Yu / Wenhao Zhao / Lingqiao Li / Jingxi Liang / Xiaolin Yang / Bing Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Xiaobo Chen / Xiuna Yang / Lu Zhang / Luke W Guddat / Lei Liu / Haitao Yang / Zihe Rao / Jun Li / | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35640.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35640-v30.xml emd-35640.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35640.png | 62.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35640.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_35640_half_map_1.map.gz emd_35640_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35640 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35640 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35640_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35640_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35640_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35640_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35640 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35640 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35640_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35640_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CydDC
全体 | 名称: CydDC |
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要素 |
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-超分子 #1: CydDC
超分子 | 名称: CydDC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
-分子 #1: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD
分子 | 名称: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sulfate-transporting ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 53.259984 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
配列 | 文字列: SYFQSNVVIA GCTIASAVVL AHIVAGIITN PATALGGETD WAPGLVALAV LWSVRVVAQW FQGRLSQRGA TAVIGELSRQ VLSSVTTSS PRRLAADRDS AAAVVTRGLD GLRPYFTGYL PAVVLAGILT PAALVVMAAY DWQAAAIVVI ALPLIPIFMV L IGLLTAER ...文字列: SYFQSNVVIA GCTIASAVVL AHIVAGIITN PATALGGETD WAPGLVALAV LWSVRVVAQW FQGRLSQRGA TAVIGELSRQ VLSSVTTSS PRRLAADRDS AAAVVTRGLD GLRPYFTGYL PAVVLAGILT PAALVVMAAY DWQAAAIVVI ALPLIPIFMV L IGLLTAER SAAALTAMTT LQGRMLDLIA GIPTLRAVGR AGGSVQRIAE LSASHRRSTM ATLRISFLSA LVLELLATLG VA LVAVSVG LRLVFGDMTL AAGLTALLLA PEVFWPLRRV GAAFHAAQDG KTAAEQALRL CAEPHPPTGH EVVPAGAPVI EVP ALKAVM EPGRVTVLTG PNGVGKSTLL QAILGLQESP CGPILVAGVE VGALDRSAWW GRLAWMPHRP VLVPGTVREN LELL GPVPG LDEVCRSVGF DEVLGELPDG SETPLGRGGV GLSLGQRQRL GLVRALGAPA DVLLLDEPTA HLDGALEDRV LAAIV ARAR AGATVVMVGH RAPVLAAADH VVTMESSLVA P UniProtKB: Transmembrane ATP-binding protein ABC transporter cydD |
-分子 #2: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter...
分子 | 名称: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 54.821535 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
配列 | 文字列: VPLLRHDPLL RLTLELLRPR LGRFLLAAAL GVLSLGSALA LAGISAWLIT RAWQMPPVLD LTVAVVAVRA LGISRGVLGY CQRLASHDS ALRAAANART GLYRKLADAP PDEAMRLPSG ELVARLGPAV DELADVLVRA LLPIVVAVVL GCAAVGVIAV I SPASAAVL ...文字列: VPLLRHDPLL RLTLELLRPR LGRFLLAAAL GVLSLGSALA LAGISAWLIT RAWQMPPVLD LTVAVVAVRA LGISRGVLGY CQRLASHDS ALRAAANART GLYRKLADAP PDEAMRLPSG ELVARLGPAV DELADVLVRA LLPIVVAVVL GCAAVGVIAV I SPASAAVL AVCLVVAGVV APALAARAAH ASETVAAEHR SQRDTAGMLA LEHAPELRVS GRLDSVIATF ERHHRAWGEA AD RAAAPAA VAAAMPTAAM GVSVVGAVIA GIALAPTVAP TTAAILMLLP LSAFEATTAL PDAAAQLMRS RVAARRLLEL TTP TPLRSR PDVATVDLAP GDRLAVVGPS GSGKTTMLMA IADRLNGAGG ETPQRAAVFA EDAHLFDTTV RDNLLVVRGD ATDT ELVAA LDRVGLGEWL AGLPDGLSTV LVGGAAAVSA GQRRRLLIAR ALISAFPVVL LDEPTENLDA GDARQMLEGL LTPGA LFAA DRTVVVATHH LPPGFDCPIV RCTGRLAVAG RYLGGIKAFD YKDDDDK UniProtKB: Component linked with the assembly of cytochrome' ABC transporter ATP-binding protein CydC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 107090 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |