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- EMDB-35405: Paired helical filament from primary age-related tauopathy brain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35405
タイトルPaired helical filament from primary age-related tauopathy brain with PET ligand flortaucipir (+flortaucipir)
マップデータ
試料
  • 組織: Sarkosyl-insoluble fraction from the hippocampus of an individual with primary age-related tauopathy
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau
キーワードPrimary age-related tauopathy / Tau filaments / Paired helical filament / PET ligand / Flortaucipir / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Shi Y / Ghetti B / Goedert M / Scheres SHW
資金援助 英国, スイス, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Innovative Medicines Initiative116060 スイス
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P30-AG010133 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)UO1-NS110437 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1-AG071177 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM Structures of Chronic Traumatic Encephalopathy Tau Filaments with PET Ligand Flortaucipir.
著者: Yang Shi / Bernardino Ghetti / Michel Goedert / Sjors H W Scheres /
要旨: Positron emission tomography (PET) imaging allows monitoring the progression of amyloid aggregation in the living brain. [F]-Flortaucipir is the only approved PET tracer compound for the ...Positron emission tomography (PET) imaging allows monitoring the progression of amyloid aggregation in the living brain. [F]-Flortaucipir is the only approved PET tracer compound for the visualisation of tau aggregation. Here, we describe cryo-EM experiments on tau filaments in the presence and absence of flortaucipir. We used tau filaments isolated from the brain of an individual with Alzheimer's disease (AD), and from the brain of an individual with primary age-related tauopathy (PART) with a co-pathology of chronic traumatic encephalopathy (CTE). Unexpectedly, we were unable to visualise additional cryo-EM density for flortaucipir for AD paired helical or straight filaments (PHFs or SFs), but we did observe density for flortaucipir binding to CTE Type I filaments from the case with PART. In the latter, flortaucipir binds in a 1:1 molecular stoichiometry with tau, adjacent to lysine 353 and aspartate 358. By adopting a tilted geometry with respect to the helical axis, the 4.7 Å distance between neighbouring tau monomers is reconciled with the 3.5 Å distance consistent with π-π-stacking between neighbouring molecules of flortaucipir.
履歴
登録2023年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35405.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.6 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.6 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0174
最小 - 最大-0.029696826 - 0.057037525
平均 (標準偏差)0.00017615502 (±0.003055283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 329.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35405_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35405_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35405_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sarkosyl-insoluble fraction from the hippocampus of an individual...

全体名称: Sarkosyl-insoluble fraction from the hippocampus of an individual with primary age-related tauopathy
要素
  • 組織: Sarkosyl-insoluble fraction from the hippocampus of an individual with primary age-related tauopathy
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau

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超分子 #1: Sarkosyl-insoluble fraction from the hippocampus of an individual...

超分子名称: Sarkosyl-insoluble fraction from the hippocampus of an individual with primary age-related tauopathy
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Microtubule-associated protein tau

分子名称: Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQAA AQPHTEIPEG TTAEEAGIGD TPSLEDEAAG HVTQARMVSK SKDGTGSDDK KAKGADGKTK IATPRGAAPP GQKGQANATR ...文字列:
MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQAA AQPHTEIPEG TTAEEAGIGD TPSLEDEAAG HVTQARMVSK SKDGTGSDDK KAKGADGKTK IATPRGAAPP GQKGQANATR IPAKTPPAPK TPPSSGEPPK SGDRSGYSSP GSPGTPGSRS RTPSLPTPPT REPKKVAVVR TPPKSPSSAK SRLQTAPVPM PDLKNVKSKI GSTENLKHQP GGGKVQIINK KLDLSNVQSK CGSKDNIKHV PGGGSVQIVY KPVDLSKVTS KCGSLGNIHH KPGGGQVEVK SEKLDFKDRV QSKIGSLDNI THVPGGGNKK IETHKLTFRE NAKAKTDHGA EIVYKSPVVS GDTSPRHLSN VSSTGSIDMV DSPQLATLAD EVSASLAKQG L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.37 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.46 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4792
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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