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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3528 | ||||||||||||
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タイトル | nora virus structure | ||||||||||||
マップデータ | nora virus b-factor corrected map. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | nora virus / cryo-em / single particle analysis / capsid / virus | ||||||||||||
機能・相同性 | viral capsid / Capsid protein / ORF4 polyprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Nora virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Laurinmaki P / Shakeel S | ||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Structure of Nora virus at 2.7 Å resolution and implications for receptor binding, capsid stability and taxonomy. 著者: Pasi Laurinmäki / Shabih Shakeel / Jens-Ola Ekström / Pezhman Mohammadi / Dan Hultmark / Sarah J Butcher / 要旨: Nora virus, a virus of Drosophila, encapsidates one of the largest single-stranded RNA virus genomes known. Its taxonomic affinity is uncertain as it has a picornavirus-like cassette of enzymes for ...Nora virus, a virus of Drosophila, encapsidates one of the largest single-stranded RNA virus genomes known. Its taxonomic affinity is uncertain as it has a picornavirus-like cassette of enzymes for virus replication, but the capsid structure was at the time for genome publication unknown. By solving the structure of the virus, and through sequence comparison, we clear up this taxonomic ambiguity in the invertebrate RNA virosphere. Despite the lack of detectable similarity in the amino acid sequences, the 2.7 Å resolution cryoEM map showed Nora virus to have T = 1 symmetry with the characteristic capsid protein β-barrels found in all the viruses in the Picornavirales order. Strikingly, α-helical bundles formed from the extended C-termini of capsid protein VP4B and VP4C protrude from the capsid surface. They are similar to signalling molecule folds and implicated in virus entry. Unlike other viruses of Picornavirales, no intra-pentamer stabilizing annulus was seen, instead the intra-pentamer stability comes from the interaction of VP4C and VP4B N-termini. Finally, intertwining of the N-termini of two-fold symmetry-related VP4A capsid proteins and RNA, provides inter-pentamer stability. Based on its distinct structural elements and the genetic distance to other picorna-like viruses we propose that Nora virus, and a small group of related viruses, should have its own family within the order Picornavirales. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3528.map.gz | 380.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3528-v30.xml emd-3528.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3528_fsc.xml | 16.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3528.png | 68.3 KB | ||
マスクデータ | emd_3528_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-3528.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_3528_additional.map.gz emd_3528_additional_1.map.gz emd_3528_half_map_1.map.gz emd_3528_half_map_2.map.gz | 334.6 MB 334.6 MB 336.4 MB 336.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3528 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3528_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3528_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3528_validation.xml.gz | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_3528_validation.cif.gz | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3528 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5mm2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10088 (タイトル: Single particle dataset of Nora virus / Data size: 3.6 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of Nora virus [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | nora virus b-factor corrected map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3528_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: nora virus, not b-factor corrected
ファイル | emd_3528_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | nora virus, not b-factor corrected | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: nora virus, not b-factor corrected
ファイル | emd_3528_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | nora virus, not b-factor corrected | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3528_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3528_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nora virus
全体 | 名称: Nora virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Nora virus
超分子 | 名称: Nora virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Drosophila Nora virus strain Umea 2007 was derived from an infectious cDNA clone (accession GQ257737). NCBI-ID: 363716 / 生物種: Nora virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: capsid protein VP4C
分子 | 名称: capsid protein VP4C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nora virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 45.258152 KDa |
配列 | 文字列: SLPENAPNAV SNPQQFITPA TALSAEEYNV HEALGETEEL ELDEFPVLVF KGNVPVDSVT SIPLDLATIY DFAWDGEQNA ISQKFQRFA HLIPKSAGGF GPVIGNYTIT ANLPTGVAGR ILHNCLPGDC VDLAVSRIFG LKSLLGVAGT AVSAIGGPLL N GLVNTAAP ...文字列: SLPENAPNAV SNPQQFITPA TALSAEEYNV HEALGETEEL ELDEFPVLVF KGNVPVDSVT SIPLDLATIY DFAWDGEQNA ISQKFQRFA HLIPKSAGGF GPVIGNYTIT ANLPTGVAGR ILHNCLPGDC VDLAVSRIFG LKSLLGVAGT AVSAIGGPLL N GLVNTAAP ILSGAAHAIG GNVVGGLADA VIDIGSNLLT PKEKEQPSAN SSAISGDIPI SRFVEMLKYV KENYQDNPVF PT LLVEPQN FISNAMTALK TIPIEVFANM RNVKVERNLF DRTVVPTVKE ATLADIVIPN HMYGYILRDF LQNKRAFQSG TKQ NVYFQQ FLTVLSQRNI RTHITLNDIT SCSIDSESIA NKIERVKHYL STNSSGETTE EFSRTDTGLL PITTRKIVLG ESKR RTERY VAETVFPSVR Q UniProtKB: ORF4 polyprotein |
-分子 #2: capsid protein VP4B
分子 | 名称: capsid protein VP4B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nora virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.166934 KDa |
配列 | 文字列: ADNEVTAEGG KLVQELVYDH SAIPVAPVVE TQAEQPEVPV SLVATRKNDT GHLATKWYDF AKISLSNPAN MNWTTLTIDP YNNVTLSRD GESMVLPWRR NVWTTGSKSI GYIRTMVAQI NIPRPPQISG VLEVKDSINN SSISLVEFGG KVEIPIIPKV M NGLATTAS ...文字列: ADNEVTAEGG KLVQELVYDH SAIPVAPVVE TQAEQPEVPV SLVATRKNDT GHLATKWYDF AKISLSNPAN MNWTTLTIDP YNNVTLSRD GESMVLPWRR NVWTTGSKSI GYIRTMVAQI NIPRPPQISG VLEVKDSINN SSISLVEFGG KVEIPIIPKV M NGLATTAS LPRHRLNPWM RTAESKVELQ YRIIAFNRTS DIADLNVSVL LRPGDSQFQL PMKPDNNVDT RHFELVEALM YH YDSLRIR GEEQ UniProtKB: ORF4 polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein VP4A
分子 | 名称: Capsid protein VP4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nora virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.019826 KDa |
配列 | 文字列: MQNPTQTMHI YDMPLRVIAG LSTLAKTTEE DDNTSTGIVV SEVGEPQVVN HPAWIDPFVA YQLRAPRKNI TPDFIFGRAD IGNAFSAFL PRRFSAPAVG TRLVVDPVFT YQQRTVLGLY NYFHADFYYI VHVPAPLGTG IYLKIYAPEF DTTTVTRGIR F KPSASPTI ...文字列: MQNPTQTMHI YDMPLRVIAG LSTLAKTTEE DDNTSTGIVV SEVGEPQVVN HPAWIDPFVA YQLRAPRKNI TPDFIFGRAD IGNAFSAFL PRRFSAPAVG TRLVVDPVFT YQQRTVLGLY NYFHADFYYI VHVPAPLGTG IYLKIYAPEF DTTTVTRGIR F KPSASPTI ALSVPWSNDL STVETSVGRV GQSGGSIVIE TIEDNSNETV NTPLSITVWC CMANIKATGY RHADTSAYNE KG MNFIPVP VPKPPVPPTK PITGEEQ UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCl pH 7.4. |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 75 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3516 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-5mm2: |