+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BANAL-20-236 Spike trimer | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | BANAL-20-236 / Bat / Spike trimer / SARS-CoV-2 like / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Wang X / Xu G | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The selective effect of fecal-oral transmission on the S proteins of bat SARS-CoV-2 related coronaviruses in favor of stability over infectivity 著者: Wang X / Xu G | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 190.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 160.9 MB 160.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 814.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 813.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35160_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35160_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : BANAL-20-236 Spike
全体 | 名称: BANAL-20-236 Spike |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: BANAL-20-236 Spike
超分子 | 名称: BANAL-20-236 Spike / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 141.914672 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MLFFFFLCFA SVNSQCVNLT GRATIQPSFT NSSHRGVYYP DTIFRSNSLV LSQGYFLPFY SNISWYYALT KTNGAEKRVD NPILDFKDG IYFAATEKSN IVRGWIFGTT LDNTSQSLLI VNNATNVIIK VCNFQFCYDP YLSGYFHNNK TWSTREFAVY S SYANCTFE ...文字列: MLFFFFLCFA SVNSQCVNLT GRATIQPSFT NSSHRGVYYP DTIFRSNSLV LSQGYFLPFY SNISWYYALT KTNGAEKRVD NPILDFKDG IYFAATEKSN IVRGWIFGTT LDNTSQSLLI VNNATNVIIK VCNFQFCYDP YLSGYFHNNK TWSTREFAVY S SYANCTFE YVSKPFMLDI SGKSGLFDTL REFVFRNVDG YFKIYSKYSP VNVNSNLPSG FSALEPLVEL PAGINITRFR TL LTIHRGD PMPNNGWTVF SAAYYVGYLA PRTFMLKYNE NGTITDAVDC SLDPLSEAKC TLKSFTVEKG IYQTSNFRVQ PTD SIVRFP NITNLCPFGE VFNATTFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN STSFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VVRG DEVRQ IAPGQTGKIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN NLDSKVGGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGSTP CNGVE GFNC YFPLKSYGFH PTNGVGYQPY RVVVLSFELL NAPATVCGPK KSTNLIKNKC VNFNFNGLTG TGVLTESNKK FLPFQQ FGR DIADTTDAVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNASNQ VAVLYQDVNC TEVPVAIHAD QLTPTWRVYS TGSNVFQ TR AGCLIGAEHV NNSYECDIPI GAGICASYQT QTNSRSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILP V SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGSF CTQLNRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPQIKDFGG FNFSQILPD PSKPSKRSFI EDLLFNKVTL ADAGFIKQYG DCLGDIAARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWTF GAGAALQIP FAMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKLIANQF NSAIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS S NFGAISSV LNDILSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YH LMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDV VIGIVN NTVYDPLQPE LDSFKEELDK YFKNHTSPDV DLGDISGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQQLG KYEQ LEGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGRSL EVLFQGPGHH HHHHHHSAWS HPQFEKGGGS GGGGSGGSAW SHPQF EK |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 39 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235303 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |