PDB-8i3w: BANAL-20-236 Spike trimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i3w

タイトル

BANAL-20-236 Spike trimer

要素

Spike glycoprotein

スパイクタンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / BANAL-20-236 /

Bat (コウモリ) / Spike trimer / SARS-CoV-2 like

生物種

unclassified Coronavirinae (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wang, X. / Xu, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The selective effect of fecal-oral transmission on the S proteins of bat SARS-CoV-2 related coronaviruses in favor of stability over infectivity
著者: Wang, X. / Xu, G.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i3w.cif.gz	595.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i3w.ent.gz	491.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	35160MC 35078C 35079C 8hxjC 8hxkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

C: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

441 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質

Spike glycoprotein /

スパイクタンパク質

分子量: 141914.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

unclassified Coronavirinae (ウイルス)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: BANAL-20-236 Spike / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: unclassified Coronavirinae (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 5.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: FEI TITAN
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DARK FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア	名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package
CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 235303 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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