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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35083 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome | |||||||||
マップデータ | EM map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Histone modification binding domain / Histone deacetylase complex / GENE REGULATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Rpd3S complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces (菌類) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Cui H / Wang H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of histone deacetylase complex Rpd3S bound to nucleosome. 著者: Wulong Li / Hengjun Cui / Zhimin Lu / Haibo Wang / 要旨: Crosstalk between histone modifications represents a fundamental epigenetic mechanism in gene regulation. During the transcription elongation process, the histone deacetylase complex Rpd3S is ...Crosstalk between histone modifications represents a fundamental epigenetic mechanism in gene regulation. During the transcription elongation process, the histone deacetylase complex Rpd3S is recruited to H3K36-methylated nucleosomes to suppress cryptic transcription initiation. However, how subunits of Rpd3S are assembled and coordinated to recognize nucleosomal substrates and exert their deacetylation function remains unclear. Here we report the structure of Saccharomyces cerevisiae Rpd3S deacetylase bound to H3K36me3-modified nucleosome at 3.1 Å resolution. It shows that Sin3 and Rco1 subunits orchestrate the assembly of the complex and mediate its contact with nucleosome at multiple sites, with the Sin3-DNA interface as a pivotal anchor. The PHD1 domain of Rco1 recognizes the unmodified H3K4 and places the following H3 tail toward the active site of Rpd3, while the chromodomain of Eaf3 subunit recognizes the H3K36me3 mark and contacts both nucleosomal and linker DNA. The second copy of Eaf3-Rco1 is involved in neighboring nucleosome binding. Our work unravels the structural basis of chromatin targeting and deacetylation by the Rpd3S complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35083.map.gz | 49.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35083-v30.xml emd-35083.xml | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35083_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35083.png | 117.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35083.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_35083_half_map_1.map.gz emd_35083_half_map_2.map.gz | 49.9 MB 49.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35083 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35083_validation.pdf.gz | 860.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35083_full_validation.pdf.gz | 860.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35083_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35083_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35083 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: EM half1 map
ファイル | emd_35083_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM half2 map
ファイル | emd_35083_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eaf3 CHD in complex with nucleosome
全体 | 名称: Eaf3 CHD in complex with nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Eaf3 CHD in complex with nucleosome
超分子 | 名称: Eaf3 CHD in complex with nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces (菌類) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Histone H3
分子 | 名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Cys110 residues of chain A/E were mutated to Ala due to the preparation of ML3-modified nucleosome. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 15.331982 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGV(ML3)KPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQ DFK TDLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL AAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA UniProtKB: Histone H3 |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 11.263231 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG UniProtKB: Histone H4 |
-分子 #3: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 13.978241 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK UniProtKB: Histone H2A |
-分子 #4: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 13.524752 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK UniProtKB: Histone H2B |
-分子 #7: Chromatin modification-related protein EAF3
分子 | 名称: Chromatin modification-related protein EAF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 45.266406 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS ...文字列: MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS GRKSGRSSAN SLHPGSSLRS SSDQNGNDDR RRSSSLSPNM LHHIAGYPTP KISLQIPIKL KSVLVDDWEY VT KDKKICR LPADVTVEMV LNKYEHEVSQ ELESPGSQSQ LSEYCAGLKL YFDKCLGNML LYRLERLQYD ELLKKSSKDQ KPL VPIRIY GAIHLLRLIS VLPELISSTT MDLQSCQLLI KQTEDFLVWL LMHVDEYFND KDPNRSDDAL YVNTSSQYEG VALG M UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF3 |
-分子 #5: DNA (352-MER)
分子 | 名称: DNA (352-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 108.340836 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC) ...文字列: (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT) (DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) |
-分子 #6: DNA (352-MER)
分子 | 名称: DNA (352-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 109.079289 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8hxz: |