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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35047 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AfsR-dependent transcription activation complex with afsS promoter | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / SARP regulator / gene regulation / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / rRNA transcription / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding ...pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / rRNA transcription / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Y / Zheng J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2024 タイトル: Structural and functional characterization of AfsR, an SARP family transcriptional activator of antibiotic biosynthesis in Streptomyces. 著者: Yiqun Wang / Xu Yang / Feng Yu / Zixin Deng / Shuangjun Lin / Jianting Zheng / 要旨: Streptomyces antibiotic regulatory proteins (SARPs) are widely distributed activators of antibiotic biosynthesis. Streptomyces coelicolor AfsR is an SARP regulator with an additional nucleotide- ...Streptomyces antibiotic regulatory proteins (SARPs) are widely distributed activators of antibiotic biosynthesis. Streptomyces coelicolor AfsR is an SARP regulator with an additional nucleotide-binding oligomerization domain (NOD) and a tetratricopeptide repeat (TPR) domain. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures and in vitro assays to demonstrate how the SARP domain activates transcription and how it is modulated by NOD and TPR domains. The structures of transcription initiation complexes (TICs) show that the SARP domain forms a side-by-side dimer to simultaneously engage the afs box overlapping the -35 element and the σHrdB region 4 (R4), resembling a sigma adaptation mechanism. The SARP extensively interacts with the subunits of the RNA polymerase (RNAP) core enzyme including the β-flap tip helix (FTH), the β' zinc-binding domain (ZBD), and the highly flexible C-terminal domain of the α subunit (αCTD). Transcription assays of full-length AfsR and truncated proteins reveal the inhibitory effect of NOD and TPR on SARP transcription activation, which can be eliminated by ATP binding. In vitro phosphorylation hardly affects transcription activation of AfsR, but counteracts the disinhibition of ATP binding. Overall, our results present a detailed molecular view of how AfsR serves to activate transcription. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35047.map.gz | 6.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35047-v30.xml emd-35047.xml | 30.6 KB 30.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35047_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35047.png | 50.6 KB | ||
マスクデータ | emd_35047_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-35047.cif.gz | 9.6 KB | ||
その他 | emd_35047_half_map_1.map.gz emd_35047_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35047 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35047 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35047_validation.pdf.gz | 905.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35047_full_validation.pdf.gz | 905 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35047_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35047_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35047 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35047 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35047_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35047_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35047_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of AfsR-dependent transcription activation comp...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of AfsR-dependent transcription activation comp...
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase principal sigma factor HrdB
+分子 #6: RNA polymerase-binding protein RbpA
+分子 #7: Putative transcriptional factor regulator
+分子 #8: Regulatory protein AfsR
+分子 #9: DNA (65-MER)
+分子 #10: DNA (65-MER)
+分子 #11: MAGNESIUM ION
+分子 #12: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-8hvr: |