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- EMDB-34929: Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34929
タイトルMonkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in a DNA binding form
マップデータPlease use this map
試料
  • 複合体: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • タンパク質・ペプチド: E4R
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
キーワードMonkeypox virus / DNA replication holoenzyme / DNA replication machinery / F8 / A22 / E4 / DNA polymerase / B-family DNA polymerase / uracil-DNA glycosylase / MPXV / orthopoxvirus / poxviridae / F8-A22-E4 complex / DNA processivity factor / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA-templated DNA replication / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / : / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス) / DNA molecule (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Xu Y / Wu Y / Zhang Y / Fan R / Yang Y / Li D / Yang B / Zhang Z / Dong C / Zhang X ...Xu Y / Wu Y / Zhang Y / Fan R / Yang Y / Li D / Yang B / Zhang Z / Dong C / Zhang X / Tang X / Dong H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32250710142 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of human monkeypox viral replication complexes with and without DNA duplex.
著者: Yunxia Xu / Yaqi Wu / Yuanyuan Zhang / Ruixin Fan / Yaxue Yang / Danyang Li / Shimin Zhu / Biao Yang / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong /
履歴
登録2022年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34929.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-1.0484381 - 1.5244185
平均 (標準偏差)0.000056047804 (±0.019532878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Please use this map

ファイルemd_34929_half_map_1.map
注釈Please use this map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: please use this map

ファイルemd_34929_half_map_2.map
注釈please use this map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA

全体名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA
要素
  • 複合体: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • タンパク質・ペプチド: E4R
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')

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超分子 #1: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA

超分子名称: Monkeypox virus replication holoenzyme F8-A22-E4 complex with DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: F8-A22-E4 complex with DNA
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 191 kDa/nm

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分子 #1: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 120.041156 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGMDVRCIN WFESHGENRF LYLKSRCRNG ETVFIRFPHY FYYVVTDEIY QSLSPPPFNA RPMGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FFNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN N GCYHCDDP ...文字列:
MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGMDVRCIN WFESHGENRF LYLKSRCRNG ETVFIRFPHY FYYVVTDEIY QSLSPPPFNA RPMGKMRTI DIDETISYNL DIKDRKCSVA DMWLIEEPKK RSIQNATMDE FFNISWFYIS NGISPDGCYS LDEQYLTKIN N GCYHCDDP RNCFAKEIPR FDIPRSYLFL DIECHFDKKF PSVFINPISH TSYCYIDLSG KRLLFTLINE EMLTEQEIQE AV DRGCLRI QSLMEMDYER ELVLCSEIVL LRIAKQLLEL TFDYVVTFNG HNFDLRYITN RLELLTGEKI IFRSPDKKEA VHL CIYERN QSSHKGVCGM ANTTFHVNNN NGTIFFDLYS FIQKSEKLDS YKLDSISKNA FSCMGKVLNR GVREMTFIGD DTTD AKGKA DTFAKVLTTG NYVTVDEDII CKVIRKDILE NGFKVVLSCP TLPNDIYKLS FGKDDIDLAQ MYKDYNLNIA LDMAR YCIH DACLCQYLWE YYGVETKTDA GAATYVLPQS MVFEYRASTI IKGPLLKLLL ETKTILVRSE TKQKFPYEGG KVFAPK QKM FSNNVLIFDY NSLYPNVCIF GNLSPETLVG VVVSTNRLEE EINNQLLLQK YPPPRYITVH CEPRLPNLIS EIAIFDR SI EGTIPRLLRT FLAERARYKK MLKQATSSTE KAIYDSMQYT YKIVANSVYG LMGFRNSALY SYASAKSCTS IGRRMILY L ESVLNGAELS NGMLRFANTL SNPFYMDDRD INPIVKTSLP IDYRFRFRSV YGDTDSVFTE IDSQDVDKSI EIAKELERL INSRVLFNNF KIEFEAVYKN LIMQSKKKYT TMKYSASSNS KSVPERINKG TSETRRDVSK FHKNMIKTYK TRLSEMLSEG RMNSNQVCI DILRSLETDL RSEFDSRSSP LELFMLSRMH HSNYKSADNP NMYLVTEYNK NNPETIELGE RYYFAYICPA N VPWTKKLV NIKTYETIID RSFKLGSNQR IFYEVYFKRL TSEIVNLLDN KVLCISFFQR MFGSRPTFYE A

UniProtKB: DNA polymerase

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分子 #2: DNA polymerase processivity factor component A20

分子名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 49.203926 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列:
MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E

UniProtKB: DNA polymerase processivity factor

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分子 #3: E4R

分子名称: E4R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 27.883709 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GASMNSVTIS HAPYTITYHD DWEPVMSQLV EFYNEVASWL LRDETSPIPD KFFIQLKQPL RNKRVCVCG IDPYPKDGTG VPFESPNFTK KSIKEIASSI SRLTGVIDYK GYNLNIIDGV IPWNYYLSCK LGETKSHAIY W DKISKLLL ...文字列:
MHHHHHHDYD IPTTENLYFQ GASMNSVTIS HAPYTITYHD DWEPVMSQLV EFYNEVASWL LRDETSPIPD KFFIQLKQPL RNKRVCVCG IDPYPKDGTG VPFESPNFTK KSIKEIASSI SRLTGVIDYK GYNLNIIDGV IPWNYYLSCK LGETKSHAIY W DKISKLLL QHITKHVSVL YCLGKTDFSN IRAKLESPVT TIVGYHPAAR DHQFEKDRSF EIINVLLELD NKTPINWAQG FI Y

UniProtKB: Uracil-DNA glycosylase

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 8.14825 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)

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分子 #5: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: DNA molecule (その他)
分子量理論値: 6.921475 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 25mM HEPES pH 8.0, 300mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, and 1 mM TCEP
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This is a complex of F8-A22-E4 and DNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected movies are corrected with motion correct
粒子像選択詳細: 1063499
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphfold2 prediction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 72237
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8hpa:
Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in a DNA binding form

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る