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- EMDB-34928: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34928
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
マップデータCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2'
    • タンパク質・ペプチド: fab L4.65
    • タンパク質・ペプチド: fab L4.65
    • タンパク質・ペプチド: fab L5.34
    • タンパク質・ペプチド: fab L5.34
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-CoV-2 / Omicron BA.2 S-trimer / Cryo-EM structure / fab / IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Gao GF / Liu S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81991494 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Dosing interval regimen shapes potency and breadth of antibody repertoire after vaccination of SARS-CoV-2 RBD protein subunit vaccine.
著者: Shuxin Guo / Yuxuan Zheng / Zhengrong Gao / Minrun Duan / Sheng Liu / Pan Du / XiaoYu Xu / Kun Xu / Xin Zhao / Yan Chai / Peiyi Wang / Qi Zhao / George F Gao / Lianpan Dai /
要旨: Vaccination with different vaccines has been implemented globally to counter the continuous COVID-19 pandemic. However, the vaccine-elicited antibodies have reduced efficiency against the highly ...Vaccination with different vaccines has been implemented globally to counter the continuous COVID-19 pandemic. However, the vaccine-elicited antibodies have reduced efficiency against the highly mutated Omicron sub-variants. Previously, we developed a protein subunit COVID-19 vaccine called ZF2001, based on the dimeric receptor-binding domain (RBD). This vaccine has been administered using different dosing intervals in real-world setting. Some individuals received three doses of ZF2001, with a one-month interval between each dose, due to urgent clinical requirements. Others had an extended dosing interval of up to five months between the second and third dose, a standard vaccination regimen for the protein subunit vaccine against hepatitis B. In this study, we profile B cell responses in individuals who received three doses of ZF2001, and compared those with long or short dosing intervals. We observed that the long-interval group exhibited higher and broader serologic antibody responses. These responses were associated with the increased size and evolution of vaccine-elicited B-cell receptor repertoires, characterized by the elevation of expanded clonotypes and somatic hypermutations. Both groups of individuals generated substantial amounts of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against various SARS-CoV-2 variants, including Omicron sub-variants such as XBB. These bnAbs target four antigenic sites within the RBD. To determine the vulnerable site of SARS-CoV-2, we employed cryo-electron microscopy to identify the epitopes of highly potent bnAbs that targeted two major sites. Our findings provide immunological insights into the B cell responses elicited by RBD-based vaccine, and suggest that a vaccination regimen of prolonging time interval should be used in practice.
履歴
登録2022年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-4.7568874 - 9.47589
平均 (標準偏差)-0.0011252195 (±0.115331106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 430.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in...

ファイルemd_34928_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in...

ファイルemd_34928_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex ...

全体名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2'
    • タンパク質・ペプチド: fab L4.65
    • タンパク質・ペプチド: fab L4.65
    • タンパク質・ペプチド: fab L5.34
    • タンパク質・ペプチド: fab L5.34
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex ...

超分子名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike protein S2'

分子名称: Spike protein S2' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: Omicron/BA.2
分子量理論値: 125.564453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QCVNLITRTQ SYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLDVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF L MDLEGKQG ...文字列:
QCVNLITRTQ SYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLDVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF L MDLEGKQG NFKNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLGR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SS GWTAGAA AYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLC PFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGNEVSQIAP GQTG NIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP LRSYG FRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAV RDP QTLEILDITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQGVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEYV NN SYECDIPIGA GICASYQTQT NSPRRARSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSV D CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLKRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKYF GGFNFSQILP DPSKPSKRS PIEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQI PFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNHN AQALNTLVKQ LSSKFGAISS V LNDILSRL DPPEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SA PHGVVFL HVTYVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNCDVVIGIV NNT VYDPLQ PELDS

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: fab L4.65

分子名称: fab L4.65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.556061 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSFD SRYLGWYQQK SGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQFGDSPFTF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSFD SRYLGWYQQK SGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQFGDSPFTF GQGTKLEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: fab L4.65

分子名称: fab L4.65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.953938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TSGVGVAWIR QPPGKALEWL ALIYWDNDKR SSPSLNNRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDP EDTATYYCAH FFSHYDSSNY YYGSWFDPWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TSGVGVAWIR QPPGKALEWL ALIYWDNDKR SSPSLNNRLT ITKDTSKNQV VLTMTNMDP EDTATYYCAH FFSHYDSSNY YYGSWFDPWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSC

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分子 #4: fab L5.34

分子名称: fab L5.34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.592424 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASEITVSS NYMNWVRQAP GKGLEWVSVV YPGGSTFYTD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDT AVYYCARESG GFPLAEGAFD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASEITVSS NYMNWVRQAP GKGLEWVSVV YPGGSTFYTD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDT AVYYCARESG GFPLAEGAFD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSC

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分子 #5: fab L5.34

分子名称: fab L5.34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.379928 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVS ITCRASQSIS THLHWYQQKP GKAPKLLISA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTITSLQP EDFATYYCQ QSYSTPRGLS FGGGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVS ITCRASQSIS THLHWYQQKP GKAPKLLISA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTITSLQP EDFATYYCQ QSYSTPRGLS FGGGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 32 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.39 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 588002
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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